| 摘要 | 第4-5页 |
| abstract | 第5-6页 |
| 第一章 绪论 | 第10-18页 |
| 1.1 枯草芽孢杆菌产生的抗菌肽 | 第10-13页 |
| 1.1.1 枯草芽孢杆菌的生防价值 | 第10页 |
| 1.1.2 非核糖体途径合成的抗菌肽 | 第10-12页 |
| 1.1.3 核糖体途径合成的抗菌肽 | 第12-13页 |
| 1.2 羊毛硫细菌素的生物合成 | 第13-15页 |
| 1.2.1 羊毛硫细菌素合成基因 | 第13-14页 |
| 1.2.2 羊毛硫细菌素的生物合成 | 第14-15页 |
| 1.3 基因组数据挖掘(Genome mining) | 第15-16页 |
| 1.3.1 次级代谢产物注释工具antiSMASH | 第15-16页 |
| 1.3.2 细菌素和RiPPPs挖掘工具BAGEL3 | 第16页 |
| 1.4 研究内容及意义 | 第16-18页 |
| 第二章 BSD-2基因组数据挖掘 | 第18-34页 |
| 2.1 引言 | 第18页 |
| 2.2 材料 | 第18页 |
| 2.2.1 数据库 | 第18页 |
| 2.2.2 分析软件 | 第18页 |
| 2.3 方法 | 第18-19页 |
| 2.3.1 基因数据的来源 | 第18-19页 |
| 2.3.2 次级代谢产物合成基因簇挖掘 | 第19页 |
| 2.3.3 细菌素编码基因和RiPPPs挖掘 | 第19页 |
| 2.3.4 部分抗菌物质的挖掘 | 第19页 |
| 2.4 结果与讨论 | 第19-32页 |
| 2.4.1 BSD-2全基因组的获取 | 第19页 |
| 2.4.2 次级代谢产物合成基因簇挖掘 | 第19-22页 |
| 2.4.3 BAGEL分析结果 | 第22-26页 |
| 2.4.4 本地Blast分析结果 | 第26-32页 |
| 2.5 小结 | 第32-34页 |
| 第三章 新型潜在第四类羊毛硫细菌素合成酶分析 | 第34-48页 |
| 3.1 引言 | 第34页 |
| 3.2 材料 | 第34-35页 |
| 3.2.1 数据库 | 第34页 |
| 3.2.2 分析软件 | 第34-35页 |
| 3.3 方法 | 第35-36页 |
| 3.3.1 潜在第四类羊毛硫细菌素合成酶序列的获取与确定 | 第35页 |
| 3.3.2 潜在第四类羊毛硫细菌素合成酶的理化性质分析 | 第35页 |
| 3.3.3 激酶磷酸化修饰为点预测 | 第35-36页 |
| 3.3.4 二级结构及结构域预测 | 第36页 |
| 3.3.5 进化树的建立 | 第36页 |
| 3.3.6 蛋白质三级结构预测 | 第36页 |
| 3.4 结果与讨论 | 第36-45页 |
| 3.4.1 潜在第四类羊毛硫细菌素合成酶序列的获取与确定 | 第36-39页 |
| 3.4.2 第四类羊毛硫肽合成酶的理化性质 | 第39-41页 |
| 3.4.3 第四类羊毛硫肽合成酶的分子进化分析 | 第41-42页 |
| 3.4.4 激酶磷酸化修饰为点预测 | 第42-43页 |
| 3.4.5 二级结构及结构域预测 | 第43-45页 |
| 3.4.6 蛋白质三级结构预测 | 第45页 |
| 3.5 小结 | 第45-48页 |
| 第四章 新型潜在第四类羊毛硫细菌素合成酶基因敲除 | 第48-60页 |
| 4.1 引言 | 第48页 |
| 4.2 材料 | 第48-49页 |
| 4.2.1 菌株和质粒 | 第48页 |
| 4.2.2 主要试剂 | 第48-49页 |
| 4.2.3 主要的仪器设备 | 第49页 |
| 4.2.4 培养基 | 第49页 |
| 4.3 方法 | 第49-54页 |
| 4.3.1 枯草芽胞杆菌BSD-2发酵液的制备 | 第49页 |
| 4.3.2 BSD-2基因组DNA的提取 | 第49页 |
| 4.3.3 第四类羊毛硫肽合成酶基因的扩增 | 第49-50页 |
| 4.3.4 PCR产物回收 | 第50页 |
| 4.3.5 克隆载体的构建 | 第50-51页 |
| 4.3.6 敲除载体的构建 | 第51-52页 |
| 4.3.7 带有同源臂的Kana抗性基因的扩增 | 第52页 |
| 4.3.8 重组质粒的构建 | 第52-54页 |
| 4.4 结果与讨论 | 第54-59页 |
| 4.4.1 新型潜在的第四类羊毛硫细菌素合成酶基因的扩增 | 第54-55页 |
| 4.4.2 克隆载体的构建 | 第55-56页 |
| 4.4.3 敲除载体的构建 | 第56-57页 |
| 4.4.4 带有同源臂的kana抗性基因的扩增 | 第57-58页 |
| 4.4.5 重组质粒的构建 | 第58-59页 |
| 4.5 小结 | 第59-60页 |
| 第五章 枯草芽孢杆菌BSD-2抗菌肽的分离纯化 | 第60-70页 |
| 5.1 引言 | 第60页 |
| 5.2 材料 | 第60-61页 |
| 5.2.1 试剂 | 第60页 |
| 5.2.2 主要仪器 | 第60页 |
| 5.2.3 供试菌株 | 第60页 |
| 5.2.4 培养基 | 第60-61页 |
| 5.3 方法 | 第61-62页 |
| 5.3.1 无菌发酵液的制备 | 第61页 |
| 5.3.2 抗菌物质的粗提 | 第61页 |
| 5.3.3 弱阴离子交换层析分离纯化抗菌物质 | 第61页 |
| 5.3.4 HPLC分离纯化抗菌物质 | 第61-62页 |
| 5.3.5 SDS-PAGE分析 | 第62页 |
| 5.3.6 SDS-PAGE凝胶原位检测抗菌蛋白活性 | 第62页 |
| 5.4 结果与讨论 | 第62-68页 |
| 5.4.1 抗菌物质的粗提 | 第62-64页 |
| 5.4.2 抗菌物质的精提 | 第64-67页 |
| 5.4.4 HPLC分离纯化抗菌物质 | 第67-68页 |
| 5.5 小结 | 第68-70页 |
| 第六章 结论 | 第70-72页 |
| 参考文献 | 第72-80页 |
| 攻读学位期间所取得的相关科研成果 | 第80-82页 |
| 致谢 | 第82页 |
