| 摘要 | 第2-3页 |
| Abstract | 第3-4页 |
| 1 绪论 | 第8-23页 |
| 1.1 引言 | 第8页 |
| 1.2 计算生物学概述 | 第8-9页 |
| 1.3 分子动力学模拟 | 第9-17页 |
| 1.3.1 分子动力学原理 | 第9-10页 |
| 1.3.2 分子间相互作用力 | 第10-11页 |
| 1.3.3 分子力场 | 第11-13页 |
| 1.3.4 积分算法 | 第13-14页 |
| 1.3.5 AMBER软件的介绍 | 第14-16页 |
| 1.3.6 分子动力学初始化 | 第16-17页 |
| 1.4 寻找构象转移路径的方法 | 第17-19页 |
| 1.4.1 靶向分子动力学 | 第17-18页 |
| 1.4.2 轻推弹性带 | 第18-19页 |
| 1.4.3 链增长法 | 第19页 |
| 1.5 酵母絮凝与Flo1p | 第19-21页 |
| 1.6 研究目的和研究内容 | 第21-23页 |
| 1.6.1 研究目的 | 第21页 |
| 1.6.2 研究内容 | 第21-23页 |
| 2 利用不同的方法产生N-Flo1p构象变化的初始路径 | 第23-38页 |
| 2.1 引言 | 第23页 |
| 2.2 研究方法 | 第23-27页 |
| 2.2.1 蛋白质预处理 | 第23-25页 |
| 2.2.2 尝试一：笛卡尔坐标插值 | 第25-26页 |
| 2.2.3 尝试二：骨架笛卡尔坐标插值-侧链平移旋转 | 第26-27页 |
| 2.2.4 尝试三：内坐标插值 | 第27页 |
| 2.3 结果分析 | 第27-37页 |
| 2.3.1 缺失氨基酸的修复及优化 | 第27-31页 |
| 2.3.2 笛卡尔坐标插值的可行性分析 | 第31-32页 |
| 2.3.3 骨架插值-侧链转置的可行性分析 | 第32-35页 |
| 2.3.4 内坐标插值的可行性分析 | 第35-37页 |
| 2.4 小结 | 第37-38页 |
| 3 利用BISO方法产生初始路径 | 第38-51页 |
| 3.1 引言 | 第38页 |
| 3.2 研究方法 | 第38-40页 |
| 3.2.1 骨架的处理 | 第38-39页 |
| 3.2.2 侧链的处理 | 第39页 |
| 3.2.3 侧链与骨架组装 | 第39-40页 |
| 3.2.4 结构优化 | 第40页 |
| 3.3 结果分析 | 第40-49页 |
| 3.3.1 骨架优化方案的制定 | 第40-43页 |
| 3.3.2 二面角插值算法的修正 | 第43-45页 |
| 3.3.3 侧链优化方案的制定 | 第45-49页 |
| 3.4 小结 | 第49-51页 |
| 4 N-Flo1p构象对与甘露糖分子结合的影响 | 第51-63页 |
| 4.1 引言 | 第51-52页 |
| 4.2 研究方法 | 第52-54页 |
| 4.2.1 受体准备 | 第52页 |
| 4.2.2 体系初始化 | 第52-53页 |
| 4.2.3 分子动力学模拟 | 第53页 |
| 4.2.4 溶剂化结合自由能计算 | 第53-54页 |
| 4.2.5 结合自由能的分解 | 第54页 |
| 4.3 结果分析 | 第54-61页 |
| 4.3.1 甘露糖在活性口袋的稳定性分析 | 第54-57页 |
| 4.3.2 结合自由能和分解能的分析 | 第57-59页 |
| 4.3.3 氢键分析 | 第59-61页 |
| 4.4 小结 | 第61-63页 |
| 结论 | 第63-64页 |
| 参考文献 | 第64-70页 |
| 攻读硕士学位期间发表学术论文情况 | 第70-71页 |
| 致谢 | 第71-73页 |