| 摘要 | 第1-7页 |
| ABSTRACT | 第7-9页 |
| 目录 | 第9-12页 |
| 第一章 绪论 | 第12-25页 |
| ·研究背景及意义 | 第12页 |
| ·国内外的研究现状 | 第12-22页 |
| ·生物信息学 | 第12-15页 |
| ·蛋白质相互作用网络 | 第15-19页 |
| ·复杂网络 | 第19-22页 |
| ·论文的研究内容和创新点 | 第22-24页 |
| ·论文的章节安排 | 第24-25页 |
| 第二章 蛋白质相互作用及其网络的综述 | 第25-44页 |
| ·引言 | 第25页 |
| ·协同智能在蛋白质研究的应用 | 第25-32页 |
| ·优化计算方法 | 第25-28页 |
| ·数据挖掘方法 | 第28-32页 |
| ·蛋白质相互作用及其网络的研究现状 | 第32-43页 |
| ·蛋白质组学中研究蛋白质相互作用的方法 | 第32-35页 |
| ·蛋白质相互作用网络的测量 | 第35-36页 |
| ·蛋白质相互作用网络的研究方法 | 第36-37页 |
| ·蛋白质相互作用网络的研究现状和进展 | 第37-38页 |
| ·膜蛋白相互作用的表示方法 | 第38-39页 |
| ·膜蛋白相互作用及其网络的预测算法 | 第39-43页 |
| ·小结 | 第43-44页 |
| 第三章 蛋白质相互作用及其网络的构造方法 | 第44-52页 |
| ·引言 | 第44页 |
| ·背景及相关工作 | 第44-45页 |
| ·材料和方法 | 第45-48页 |
| ·传统的显示方法 | 第45-46页 |
| ·谱分析法 | 第46-47页 |
| ·改进的谱分析法 | 第47-48页 |
| ·结果与讨论 | 第48-50页 |
| ·蛋白质相互作用网络构造的运行界面 | 第48-49页 |
| ·准团(quasi-clique)和准二部图(quasi-bipartite) | 第49-50页 |
| ·小结 | 第50-52页 |
| 第四章 面向蛋白质相互作用及其网络的分析 | 第52-68页 |
| ·引言 | 第52页 |
| ·背景及相关工作 | 第52-53页 |
| ·材料和方法 | 第53-57页 |
| ·测试数据集 | 第53页 |
| ·数据集的分析 | 第53-54页 |
| ·对准团的注释 | 第54-57页 |
| ·结果与讨论 | 第57-67页 |
| ·最初的蛋白质相互作用网络 | 第57-60页 |
| ·具有用最大P值和最小P值的酵母蛋白质节点的去除 | 第60-63页 |
| ·具有用最大P值和最小P值的酵母蛋白质节点的突变 | 第63-66页 |
| ·重要蛋白质节点对于网络的影响 | 第66-67页 |
| ·小结 | 第67-68页 |
| 第五章 面向膜蛋白相互作用及其网络的静态分析 | 第68-82页 |
| ·引言 | 第68页 |
| ·背景及相关工作 | 第68-70页 |
| ·材料和方法 | 第70-73页 |
| ·测试数据集 | 第70-71页 |
| ·K近邻算法 | 第71-72页 |
| ·模糊K近邻算法 | 第72-73页 |
| ·结果与讨论 | 第73-81页 |
| ·小世界网络 | 第74页 |
| ·无尺度分布 | 第74-75页 |
| ·分层模块结构 | 第75-78页 |
| ·膜蛋白相互作用网络中的重要蛋白质节点 | 第78-81页 |
| ·小结 | 第81-82页 |
| 第六章 面向膜蛋白相互作用及其网络的动态分析 | 第82-99页 |
| ·引言 | 第82-83页 |
| ·背景及相关工作 | 第83-85页 |
| ·材料和方法 | 第85-92页 |
| ·测试数据集 | 第85页 |
| ·基因调控网络模型的建立 | 第85-91页 |
| ·膜蛋白相互作用网络的仿真平台 | 第91-92页 |
| ·结果与讨论 | 第92-98页 |
| ·膜蛋白相互作用网络的特性 | 第92-95页 |
| ·膜蛋白相互作用网络的生物意义 | 第95-98页 |
| ·小结 | 第98-99页 |
| 第七章 总结与展望 | 第99-102页 |
| ·总结 | 第99-100页 |
| ·展望 | 第100-102页 |
| 参考文献 | 第102-117页 |
| 致谢 | 第117-119页 |
| 附录 | 第119-123页 |
| 附录A 攻读博士学位期间完成的论文 | 第119-122页 |
| 附录B 攻读博士学位期间所参与的项目 | 第122-123页 |
| 附录C 攻读博士学位期间获得的奖励和荣誉称号 | 第123页 |