| 摘要 | 第6-8页 |
| Abstract | 第8页 |
| 第1章 引言 | 第13-31页 |
| 1.1 蛋白质组研究现状 | 第15-27页 |
| 1.1.1 蛋白质的理化特征及生物功能 | 第15-17页 |
| 1.1.2 鸟枪法蛋白质组学 | 第17-26页 |
| 1.1.3 蛋白质组学研究中的定性及定量分析策略 | 第26-27页 |
| 1.2 新一代测序技术概述 | 第27-31页 |
| 1.2.1 核酸测序技术发展概况 | 第28-29页 |
| 1.2.2 新一代测序技术质控联盟及其工作重心 | 第29-31页 |
| 第2章 人类蛋白质组学数据收集与注释 | 第31-40页 |
| 2.1 研究背景 | 第31-37页 |
| 2.1.1 蛋白质组学数据存储及共享格式规范 | 第31-36页 |
| 2.1.2 蛋白质组学数据格式转化工具 | 第36-37页 |
| 2.2 人类蛋白质组学数据收集及格式转换 | 第37页 |
| 2.3 人类蛋白质组学实验数据注释及初步筛选 | 第37-39页 |
| 2.4 本章小结 | 第39-40页 |
| 第3章 人类蛋白质组参考数据库构建 | 第40-47页 |
| 3.1 研究背景 | 第40-45页 |
| 3.1.1 Swiss-Prot蛋白数据库 | 第40-41页 |
| 3.1.2 TrEMBL蛋白数据库 | 第41-42页 |
| 3.1.3 RefSeq蛋白数据库 | 第42-43页 |
| 3.1.4 AceView蛋白注释资源 | 第43-44页 |
| 3.1.5 ENCODE蛋白注释资源 | 第44-45页 |
| 3.2 人类蛋白组参考数据库构建 | 第45-46页 |
| 3.3 本章小结 | 第46-47页 |
| 第4章 Firmiana高通量自动化蛋白质组学并行分析平台构建 | 第47-66页 |
| 4.1 研究背景 | 第47-57页 |
| 4.1.1 蛋白质理论数据库搜索软件 | 第48-49页 |
| 4.1.2 蛋白质组整合数据分析工具集 | 第49-51页 |
| 4.1.3 MPI环境并行化程序开发与优化 | 第51-55页 |
| 4.1.4 Galaxy综合信息学服务平台 | 第55-57页 |
| 4.2 Firmiana平台架构及工具部署 | 第57-63页 |
| 4.2.1 Firmiana数据模块及技术架构 | 第57-59页 |
| 4.2.2 Galaxy Proteome工具集 | 第59-61页 |
| 4.2.3 Firmiana工作流系统 | 第61-62页 |
| 4.2.4 Gardener数据综合分析及展示工具 | 第62-63页 |
| 4.3 人类蛋白质组学数据分析流程 | 第63-64页 |
| 4.4 本章小结 | 第64-66页 |
| 第5章 蛋白质鉴定结果及质量控制 | 第66-74页 |
| 5.1 研究背景 | 第66-68页 |
| 5.1.1 大规模异质性蛋白质组学数据整合 | 第66-68页 |
| 5.2 蛋白质组学数据分析及质量控制 | 第68-71页 |
| 5.3 蛋白质鉴定结果 | 第71-73页 |
| 5.4 本章小结 | 第73-74页 |
| 第6章 蛋白质综合注释及相关信息学分析 | 第74-86页 |
| 6.1 研究背景 | 第74-80页 |
| 6.1.1 蛋白质功能注释 | 第74-78页 |
| 6.1.2 基因及转录本表达水平注释 | 第78-79页 |
| 6.1.3 罕见基因表达事件 | 第79-80页 |
| 6.2 蛋白质综合注释 | 第80-83页 |
| 6.3 基因表达分析和罕见基因表达事件 | 第83-85页 |
| 6.4 本章小结 | 第85-86页 |
| 第7章 SHuPP在线蛋白质组学服务资源 | 第86-93页 |
| 7.1 研究背景 | 第86-88页 |
| 7.1.1 LAPM架构 | 第86-87页 |
| 7.1.2 SHELL语言环境下的程序调用 | 第87-88页 |
| 7.1.3 HTML语言和基于JAVASCRIPT的交互式应用开发 | 第88页 |
| 7.2 肽段先验数据集和在线质谱数据分析工具 | 第88-89页 |
| 7.3 SHuPP在线蛋白检索注释系统 | 第89-92页 |
| 7.4 本章小结 | 第92-93页 |
| 第8章 结语 | 第93-96页 |
| 8.1 讨论 | 第93-94页 |
| 8.2 展望 | 第94-96页 |
| 附录A 蛋白质鉴定平台相关软件运行参数 | 第96-103页 |
| 附录B 在线分析平台主程序核心框架 | 第103-111页 |
| 参考文献 | 第111-117页 |
| 后记 | 第117页 |
