| 摘要 | 第8-10页 |
| Abstract | 第10-11页 |
| 略语表 | 第15-16页 |
| 第一章 绪论 | 第16-30页 |
| 1.1 耐辐射动球菌 | 第16-19页 |
| 1.1.1 耐辐射动球菌的基本特性 | 第16-17页 |
| 1.1.2 耐辐射动球菌的全基因组序列 | 第17页 |
| 1.1.3 耐辐射动球菌辐射抗性研究 | 第17-18页 |
| 1.1.4 耐辐射动球菌耐干旱性研究 | 第18页 |
| 1.1.5 耐辐射动球菌的研究进展与应用前景 | 第18-19页 |
| 1.2 黄素单核苷酸核糖开关（FMN riboswitch） | 第19-25页 |
| 1.2.1 FMN riboswitch的结构特征 | 第19页 |
| 1.2.2 FMN riboswitch的主要调节机制 | 第19-21页 |
| 1.2.3 FMN riboswitch的研究进展 | 第21-25页 |
| 1.3 Rec BCD蛋白及其相关DNA修复途径 | 第25-27页 |
| 1.4 sRNA及其调控机制 | 第27-28页 |
| 1.5 课题的立题依据及意义 | 第28-30页 |
| 第二章 耐辐射动球菌FMN riboswitch的生物信息学分析 | 第30-35页 |
| 2.1 研究方法 | 第30页 |
| 2.2 结果和分析 | 第30-34页 |
| 2.2.1 FMN riboswitch在耐辐射动球菌基因组中的位置以及基本特性 | 第30-31页 |
| 2.2.2 FMN riboswitch保守序列的分析 | 第31页 |
| 2.2.3 FMN riboswitch物种同源性分析 | 第31-32页 |
| 2.2.4 耐辐射动球菌中FMN riboswitch二级结构的预测与分析 | 第32-33页 |
| 2.2.5 耐辐射动球菌中FMN riboswitch的靶基因预测 | 第33-34页 |
| 2.3 小结 | 第34-35页 |
| 第三章 氧化胁迫下耐辐射动球菌中FMN riboswitch表达变化 | 第35-42页 |
| 3.1 材料与方法 | 第35-38页 |
| 3.1.1 菌种与培养条件 | 第35页 |
| 3.1.2 主要试剂与仪器 | 第35页 |
| 3.1.3 荧光定量引物设计 | 第35页 |
| 3.1.4 耐辐射动球菌的氧化处理 | 第35-36页 |
| 3.1.5 提取耐辐射动球菌RNA | 第36页 |
| 3.1.6 RNA样品中基因组DNA的消除 | 第36-37页 |
| 3.1.7 反转录反应 | 第37-38页 |
| 3.1.8 荧光定量PCR反应检测FMN riboswitch表达差异 | 第38页 |
| 3.2 结果与分析 | 第38-41页 |
| 3.2.1 RNA质量检测结果 | 第38-39页 |
| 3.2.2 荧光定量q RT-PCR检测FMN riboswitch表达差异分析 | 第39-41页 |
| 3.3 小结 | 第41-42页 |
| 第四章 耐辐射动球菌FMN riboswitch缺失突变株的构建 | 第42-53页 |
| 4.1 实验材料 | 第42页 |
| 4.1.1 实验菌种、重组质粒和培养条件 | 第42页 |
| 4.1.2 主要试剂 | 第42页 |
| 4.1.3 主要仪器设备 | 第42页 |
| 4.2 实验方法 | 第42-47页 |
| 4.2.1 构建FMN riboswitch缺失株 | 第42-43页 |
| 4.2.2 重叠延伸PCR引物信息 | 第43-44页 |
| 4.2.3 耐辐射动球菌基因组的提取 | 第44页 |
| 4.2.4 PCR法扩增目的基因片段 | 第44-45页 |
| 4.2.5 目的DNA片段的纯化与回收 | 第45页 |
| 4.2.6 重叠延伸PCR获取连接目的片段 | 第45-46页 |
| 4.2.7 耐辐射动球菌的感受态细胞制备与转化 | 第46-47页 |
| 4.3 实验结果与分析 | 第47-52页 |
| 4.3.1 耐辐射动球菌基因组DNA的浓度与质量 | 第47页 |
| 4.3.2 PCR获得的目的片段 | 第47-51页 |
| 4.3.3 重叠延伸PCR连接各目的片段 | 第51-52页 |
| 4.3.4 筛选突变株 | 第52页 |
| 4.4 小结 | 第52-53页 |
| 第五章 耐辐射动球菌中Rec BCD的生物信息学分析 | 第53-61页 |
| 5.1 材料与方法 | 第53页 |
| 5.2 结果分析 | 第53-60页 |
| 5.2.1 RecBCD在K. radiotolerans基因组中的位置和基本特征 | 第53-54页 |
| 5.2.2 Rec BCD蛋白理化性质分析 | 第54页 |
| 5.2.3 Rec BCD蛋白的疏水性分析 | 第54-56页 |
| 5.2.4 Rec BCD蛋白的二级结构预测与分析 | 第56-57页 |
| 5.2.5 同源模建RecBCD蛋白的三级结构与分析 | 第57-60页 |
| 5.2.6 预测可能参与调控Rec BCD表达的sRNA | 第60页 |
| 5.3 小结 | 第60-61页 |
| 第六章 Rec BCD 与 s KRA 051、s KRA 059 的共表达情况 | 第61-70页 |
| 6.1 材料和试剂 | 第61页 |
| 6.1.1 材料与仪器 | 第61页 |
| 6.1.2 试剂 | 第61页 |
| 6.2 实验方法 | 第61-65页 |
| 6.2.1 菌体活化与辐照处理 | 第61-62页 |
| 6.2.2 q RT-PCR引物设计 | 第62页 |
| 6.2.3 耐辐射动球菌总RNA的制备与质量检测 | 第62-63页 |
| 6.2.4 RNA样品中基因组DNA的消除 | 第63页 |
| 6.2.5 反转录反应 | 第63页 |
| 6.2.6 验证RecB、Rec C、Rec D由同一个操纵子进行基因表达 | 第63-64页 |
| 6.2.7 q RT-PCR分析不同辐照剂量处理下RecBCD与sKRA 051、sKRA 059 的共表达差异情况 | 第64页 |
| 6.2.8 q RT-PCR数据处理方法 | 第64-65页 |
| 6.3 结果分析 | 第65-69页 |
| 6.3.1 总RNA的检测结果 | 第65页 |
| 6.3.2 验证RecB、Rec C、RecD由同一个操纵子进行基因表达实验结果 | 第65-66页 |
| 6.3.3 q RT-PCR分析辐射抗性相关差异表达基因 | 第66-69页 |
| 6.4 小结 | 第69-70页 |
| 第七章 总结与展望 | 第70-72页 |
| 参考文献 | 第72-79页 |
| 附录一 重要试剂配制 | 第79-80页 |
| 附录二 主要生化试剂 | 第80-81页 |
| 附录三 实验用到的仪器设备 | 第81-82页 |
| 附录四 qRT-PCR引物设计 | 第82-83页 |
| 附录五 Nano Drop2000 检测各总RNA的结果 | 第83-84页 |
| 攻读学位期间的科研成果 | 第84-85页 |
| 致谢 | 第85页 |
