| 前言 | 第5-6页 |
| 摘要 | 第6-8页 |
| ABSTRACT | 第8-10页 |
| 第一章 绪论 | 第13-25页 |
| 1.1 代谢复杂性研究与氧浓度上升 | 第13-14页 |
| 1.2 基因复制与生命演化研究 | 第14-16页 |
| 1.2.1 基因复制的研究历史 | 第14-15页 |
| 1.2.2 基因复制在功能演化中的作用 | 第15页 |
| 1.2.3 分子演化和新功能探索 | 第15-16页 |
| 1.3 MCF在细胞代谢中的重要地位 | 第16-19页 |
| 1.3.1 线粒体膜对底物的选择性 | 第16页 |
| 1.3.2 MCF运载的底物 | 第16-17页 |
| 1.3.3 MCF在真核生物中的分布 | 第17-18页 |
| 1.3.4 MCF和人类疾病 | 第18-19页 |
| 1.4 MCF功能与结构研究 | 第19-22页 |
| 1.4.1 MCF的功能研究 | 第19页 |
| 1.4.2 MCF的结构研究 | 第19-22页 |
| 1.5 研究的理论视角、目的和意义 | 第22-25页 |
| 1.5.1 演化与功能研究相结合 | 第22-23页 |
| 1.5.2 MCF基因家族的演化研究 | 第23页 |
| 1.5.3 探寻MCF的结构变化特征 | 第23-25页 |
| 第二章 MCF的底物选择性加强 | 第25-51页 |
| 2.1 材料与方法 | 第26-29页 |
| 2.1.1 演化过程分段及直系同源序列提取 | 第26页 |
| 2.1.2 整体结构区域划分 | 第26-27页 |
| 2.1.3 基因复制事件与自然选择检测 | 第27页 |
| 2.1.4 时间尺度与分子钟估计 | 第27-28页 |
| 2.1.5 MCF结构序列特征分析 | 第28页 |
| 2.1.6 MCs运输底物演化 | 第28-29页 |
| 2.2 结果 | 第29-49页 |
| 2.2.1 MCF的基因复制受到强纯化选择 | 第29-35页 |
| 2.2.2 MCF的分子演化与宏观演化同步 | 第35-38页 |
| 2.2.3 螺旋与螺旋界面区域的疏水性氨基酸显著上升 | 第38-42页 |
| 2.2.4 脊椎动物演化下更加紧密的TR结构 | 第42-46页 |
| 2.2.5 MCF选择底物的能力提高 | 第46-49页 |
| 2.3 讨论 | 第49-50页 |
| 2.3.1 MCF充当多细胞动物的分子化石 | 第49页 |
| 2.3.2 底物选择性提高与氧浓度上升相关 | 第49-50页 |
| 2.4 小结 | 第50-51页 |
| 第三章 MCF介导的质子转运机制 | 第51-72页 |
| 3.1 材料与方法 | 第51-54页 |
| 3.1.1 同源序列获取 | 第51-52页 |
| 3.1.2 功能位点的预测 | 第52页 |
| 3.1.3 导致功能分化的关键性氨基酸检测 | 第52-53页 |
| 3.1.4 分子模拟 | 第53页 |
| 3.1.5 真核生物圆锥穴区域保守度分析 | 第53-54页 |
| 3.1.6 增强H~+运输的模拟实验 | 第54页 |
| 3.2 结果 | 第54-69页 |
| 3.2.1 保守性位点Q与H~+运输相关 | 第54-58页 |
| 3.2.2 MCF充当H~+运输通道 | 第58-60页 |
| 3.2.3 氢键反应阻止氢离子回流 | 第60-66页 |
| 3.2.4 Q_(12)作为真核生物演化的标记之一 | 第66-68页 |
| 3.2.5 H~+运输对真菌的致死效应 | 第68-69页 |
| 3.3 讨论 | 第69-71页 |
| 3.4 小结 | 第71-72页 |
| 参考文献 | 第72-81页 |
| 致谢 | 第81-82页 |
| 附录 | 第82-109页 |
| 附录A：基于PERL语言的编译程序 | 第82-103页 |
| 附录B：基于R语言的编译程序 | 第103-107页 |
| 附录C：本研究采用的软件 | 第107-108页 |
| 附录D：主要缩略词 | 第108-109页 |