| 中文摘要 | 第8-10页 |
| Abstract | 第10-11页 |
| 1 前言 | 第12-21页 |
| 1.1 河口生态及近海海域氮循环 | 第12-14页 |
| 1.1.1 河口及近海海域生态功能与污染现状 | 第12页 |
| 1.1.2 河口及近海海域氮循环的研究意义与主要生物过程 | 第12-14页 |
| 1.2 反硝化作用 | 第14-16页 |
| 1.2.1 反硝化细菌及其反应机理 | 第14-15页 |
| 1.2.1.1 反硝化细菌 | 第14页 |
| 1.2.1.2 反硝化作用机理 | 第14-15页 |
| 1.2.2 反硝化细菌多样性研究进展 | 第15-16页 |
| 1.3 微生物生态学研究方法 | 第16-19页 |
| 1.3.1 基于培养的传统方法 | 第16-17页 |
| 1.3.2 非培养的分子生物学方法 | 第17-19页 |
| 1.3.2.1 实时荧光定量PCR（qPCR) | 第17页 |
| 1.3.2.2 限制性片段长度多态性（RFLP） | 第17页 |
| 1.3.2.3 末端限制性片段长度多态性（T-RFLP） | 第17-18页 |
| 1.3.2.4 克隆文库法 | 第18页 |
| 1.3.2.5 高通量测序法 | 第18-19页 |
| 1.4 黄河入海口及其微生物生态研究现状 | 第19-20页 |
| 1.4.1 黄河入海口地区的生态特点 | 第19页 |
| 1.4.2 黄河入海口微生物生态研究现状 | 第19-20页 |
| 1.5 研究目的及意义 | 第20-21页 |
| 2 材料与方法 | 第21-32页 |
| 2.1 实验材料 | 第21-22页 |
| 2.1.1 样品材料 | 第21页 |
| 2.1.2 菌株 | 第21页 |
| 2.1.3 酶及主要试剂 | 第21页 |
| 2.1.4 实验器材 | 第21页 |
| 2.1.5 相关试剂盒 | 第21-22页 |
| 2.1.6 实验所用引物 | 第22页 |
| 2.2 方法 | 第22-32页 |
| 2.2.1 采样点分布 | 第22-23页 |
| 2.2.2 样品采集与保存 | 第23页 |
| 2.2.3 样品理化性质的测定 | 第23页 |
| 2.2.4 沉积物样品基因组DNA的提取 | 第23-25页 |
| 2.2.5 克隆文库的建立 | 第25-27页 |
| 2.2.5.1 目的基因的扩增 | 第25页 |
| 2.2.5.2 目的片段的回收纯化 | 第25-26页 |
| 2.2.5.3 目的基因的连接与转化 | 第26页 |
| 2.2.5.4 阳性克隆的筛选 | 第26-27页 |
| 2.2.5.5 限制性片段长度多态性（RFLP）分析 | 第27页 |
| 2.2.5.6 目的基因序列提交 | 第27页 |
| 2.2.6 定量PCR | 第27-29页 |
| 2.2.6.1 标准质粒模板的获得 | 第27-28页 |
| 2.2.6.2 定量PCR获得目的基因拷贝数 | 第28-29页 |
| 2.2.7 数据处理与分析 | 第29-32页 |
| 2.2.7.1 数据的初步处理 | 第29页 |
| 2.2.7.2 样品多样性指数（α-多样性）分析 | 第29-30页 |
| 2.2.7.3 样品间比较（β-多样性）分析 | 第30页 |
| 2.2.7.4 Nir K与nirS基因的系统发育分析 | 第30页 |
| 2.2.7.5 反硝化细菌群落与环境因子的相关性分析 | 第30-32页 |
| 3 结果与分析 | 第32-51页 |
| 3.1 黄河入海口沉积物理化因子 | 第32-33页 |
| 3.2 黄河入海口目的基因的扩增及限制性酶切分析 | 第33-34页 |
| 3.2.1 黄河入海口沉积物基因组DNA的提取 | 第33页 |
| 3.2.2 黄河入海口nirK和nirS基因的扩增 | 第33-34页 |
| 3.2.3 Nir K和nirS基因的限制性酶切分析 | 第34页 |
| 3.3 黄河入海口反硝化细菌群落多样性 | 第34-37页 |
| 3.3.1 黄河入海口反硝化细菌群落 α-多样性 | 第35-36页 |
| 3.3.2 黄河入海口反硝化细菌群落 β-多样性 | 第36-37页 |
| 3.4 黄河入海口反硝化细菌系统进化及群落结构 | 第37-45页 |
| 3.4.1 NirK型反硝化细菌系统进化与群落结构 | 第37-41页 |
| 3.4.1.1 NirK型反硝化细菌系统进化分析 | 第37-40页 |
| 3.4.1.2 Nir K型反硝化细菌群落结构分析 | 第40-41页 |
| 3.4.2 Nir S型反硝化细菌系统进化与群落结构 | 第41-45页 |
| 3.4.2.1 Nir S型反硝化细菌系统进化分析 | 第41-44页 |
| 3.4.2.2 Nir S型反硝化细菌群落结构分析 | 第44-45页 |
| 3.5 黄河入海口反硝化细菌丰度 | 第45-46页 |
| 3.6 黄河入海口反硝化细菌群落与理化因子关系 | 第46-51页 |
| 3.6.1 黄河入海口反硝化细菌丰度、多样性及优势OTUs与理化因子的关系 | 第46-48页 |
| 3.6.2 黄河入海口反硝化细菌群落结构与理化因子的关系 | 第48-51页 |
| 4 讨论 | 第51-55页 |
| 4.1 黄河入海口沉积物反硝化细菌丰度分布 | 第51-52页 |
| 4.2 黄河入海口沉积物反硝化细菌多样性、群落结构及影响因素 | 第52-53页 |
| 4.3 黄河入海口沉积物反硝化细菌测序深度分析 | 第53-55页 |
| 5 结论 | 第55-56页 |
| 参考文献 | 第56-62页 |
| 附录 | 第62-75页 |
| 致谢 | 第75-76页 |
| 攻读学位期间发表的论文及成果 | 第76页 |
