| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-8页 |
| 1. 文献综述 | 第11-24页 |
| 1.1 微生物研究与动物遗传育种 | 第11页 |
| 1.2 微生物研究技术发展 | 第11-13页 |
| 1.2.1 培养分离法 | 第11-12页 |
| 1.2.2 现代分子生物学方法 | 第12-13页 |
| 1.3 16S rRNA基因特点及其应用 | 第13-17页 |
| 1.3.1 16S rRNA基因特点 | 第13-14页 |
| 1.3.2 16S rRNA基因在微生物研究中的应用 | 第14-15页 |
| 1.3.3 传统16S rRNA基因分析技术 | 第15-17页 |
| 1.4 16S rRNA基因高通量测序研究进展 | 第17-19页 |
| 1.4.1 高通量测序技术简介 | 第17页 |
| 1.4.2 高通量测序输出格式 | 第17页 |
| 1.4.3 16S rRNA基因的高通量测序 | 第17-19页 |
| 1.5 16S rRNA基因测序数据分析方法 | 第19-23页 |
| 1.5.1 数据分析主要方法 | 第19-20页 |
| 1.5.2 序列错误排除策略 | 第20-21页 |
| 1.5.3 OTUs聚类常用算法和软件 | 第21-22页 |
| 1.5.4 OTUs注释方法和参考数据库 | 第22-23页 |
| 1.6 本课题的研究意义与内容 | 第23-24页 |
| 2. OTUs聚类算法的设计与软件实现 | 第24-35页 |
| 2.1 聚类算法的设计 | 第24-29页 |
| 2.1.1 算法设计概述 | 第24-25页 |
| 2.1.2 序列间遗传距离的算法设计 | 第25-26页 |
| 2.1.3 主要计算过程 | 第26-29页 |
| 2.2 软件的实现 | 第29-30页 |
| 2.2.1 编程语言描述 | 第29-30页 |
| 2.2.2 软件的实现 | 第30页 |
| 2.3 软件的下载与运行环境 | 第30-32页 |
| 2.4 软件的运行与输出 | 第32-35页 |
| 3. 软件OTUs聚类效果的评估 | 第35-46页 |
| 3.1 实验材料 | 第35-36页 |
| 3.1.1 测序数据的选择 | 第35页 |
| 3.1.2 参考序列下载 | 第35页 |
| 3.1.3 主要使用软件 | 第35-36页 |
| 3.2 实验方法 | 第36-40页 |
| 3.2.1 数据预处理 | 第36-37页 |
| 3.2.2 数据分析 | 第37-38页 |
| 3.2.3 OTUs注释到种水平 | 第38-40页 |
| 3.2.4 归一化互信息值计算 | 第40页 |
| 3.3 实验结果与分析 | 第40-46页 |
| 3.3.1 模拟微生物群落测序数据的分析结果 | 第40-44页 |
| 3.3.2 真实微生物群落测序数据的分析结果 | 第44-46页 |
| 4. 讨论 | 第46-51页 |
| 4.1 将序列注释信息用于指导OTUs的聚类 | 第46-48页 |
| 4.2 对潜在的错误序列进行独立处理 | 第48-49页 |
| 4.3 对序列准确度评估方法的优化 | 第49-50页 |
| 4.4 提高嵌合体检测的准确性 | 第50-51页 |
| 4.5 软件使用的便利性设计 | 第51页 |
| 5. 结论 | 第51-52页 |
| 参考文献 | 第52-63页 |
| 致谢 | 第63-64页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 | 第64页 |