| 摘要 | 第1-6页 |
| ABSTRACT | 第6-9页 |
| 第一章 文献综述 | 第9-16页 |
| ·协同进化概述 | 第9-10页 |
| ·研究协同进化的方法 | 第10-12页 |
| ·MADS 家族中血清应答因子（SRF） | 第12页 |
| ·RNA 二级结构的预测 | 第12-15页 |
| ·课题的目的和意义 | 第15-16页 |
| 第二章 血清应答因子与互作蛋白分子间的协同进化研究 | 第16-30页 |
| ·实验材料 | 第16-17页 |
| ·与血清应答因子互作的蛋白因子的信息 | 第16页 |
| ·血清应答因子和互作蛋白因子的蛋白质序列 | 第16-17页 |
| ·试验方法 | 第17-20页 |
| ·序列比对 | 第17页 |
| ·应用互信息的方法筛选位点对 | 第17-18页 |
| ·确定血清应答因子（SRF）和互作蛋白因子的互作区域 | 第18页 |
| ·结合互作区域筛选位点对 | 第18页 |
| ·潜在协同进化位点与系统发育树相结合 | 第18-19页 |
| ·推测祖先序列 | 第19页 |
| ·协同进化分析 | 第19-20页 |
| ·结果与分析 | 第20-29页 |
| ·通过互信息的方法筛选位点对的结果 | 第20页 |
| ·血清应答因子（SRF）和互作蛋白因子的互作区域 | 第20-21页 |
| ·结合互作区域的筛选结果 | 第21-22页 |
| ·协同进化分析 | 第22-29页 |
| ·小结 | 第29-30页 |
| 第三章 血清应答因子m RNA 水平上分子内的协同进化研究 | 第30-42页 |
| ·实验材料 | 第30页 |
| ·实验方法 | 第30-34页 |
| ·序列比对 | 第30页 |
| ·应用滑动窗口方法截取m RNA 序列 | 第30-31页 |
| ·划分m RNA 序列中的保守区段 | 第31页 |
| ·计算RNA 序列的最小自由能（MFE：Minimum Free Energy）和z-score | 第31页 |
| ·寻找有可能形成稳定RNA 二级结构的保守区段 | 第31-32页 |
| ·预测m RNA 的二级结构 | 第32页 |
| ·应用互信息的方法筛选位点对 | 第32-33页 |
| ·结合RNA 二级结构进一步筛选位点对 | 第33页 |
| ·潜在协同进化位点与系统发育树相结合 | 第33页 |
| ·推测祖先序列 | 第33-34页 |
| ·协同进化分析 | 第34页 |
| ·结果与分析 | 第34-41页 |
| ·mRNA 序列中的保守区段 | 第34页 |
| ·有可能形成稳定RNA 二级结构的保守区段 | 第34-35页 |
| ·mRNA 二级结构的预测结果 | 第35页 |
| ·通过互信息方法筛选位点对的结果 | 第35页 |
| ·结合RNA 二级结构的筛选结果 | 第35-36页 |
| ·协同进化分析 | 第36-41页 |
| ·小结 | 第41-42页 |
| 第四章 结论与讨论 | 第42-43页 |
| 参考文献 | 第43-50页 |
| 附图 | 第50-58页 |
| 致谢 | 第58-59页 |
| 作者简介 | 第59页 |
