| 摘要 | 第1-12页 |
| ABSTRACT | 第12-14页 |
| 符号说明 | 第14-15页 |
| 第一章 前言 | 第15-39页 |
| ·细菌与铁 | 第15页 |
| ·铁载体及其转运铁的机制 | 第15-16页 |
| ·结合分枝杆菌及其铁代谢 | 第16-30页 |
| ·结合分枝杆菌的耐药性问题 | 第17-19页 |
| ·结核分枝杆菌的铁载体 | 第19-20页 |
| ·分枝杆菌素的合成 | 第20-24页 |
| ·结核分枝杆菌铁代谢的调控 | 第24-28页 |
| ·SirR蛋白家族的特征 | 第28-29页 |
| ·细菌与锰 | 第29-30页 |
| ·霍乱弧菌及其铁代谢 | 第30-37页 |
| ·铁载体的合成 | 第31-34页 |
| ·铁载体的运输与利用 | 第34-35页 |
| ·PBP家族蛋白的特征 | 第35-36页 |
| ·铁-弧菌素复合物的结构特征 | 第36-37页 |
| ·本课题研究的内容与意义 | 第37-39页 |
| 第二章 蛋白质SirR的表达、纯化及其晶体的获得和优化 | 第39-75页 |
| ·实验材料 | 第39-40页 |
| ·基因组、载体和菌株 | 第39页 |
| ·酶与试剂 | 第39页 |
| ·主要仪器 | 第39-40页 |
| ·实验基本原理 | 第40-46页 |
| ·基因克隆 | 第40-41页 |
| ·蛋白表达分析与优化 | 第41-42页 |
| ·蛋白纯化 | 第42-44页 |
| ·蛋白质结晶 | 第44-46页 |
| ·实验方法 | 第46-54页 |
| ·基因克隆 | 第46-51页 |
| ·蛋白的分离纯化 | 第51-52页 |
| ·蛋白质晶体筛选与优化 | 第52-54页 |
| ·实验结果与讨论 | 第54-75页 |
| ·SirR的二级结构预测与分析 | 第54-55页 |
| ·蛋白质SirR(1-228)的分离与纯化 | 第55-59页 |
| ·SirR片段8irR12-228、SirR15-228及其突变体SirREK64/65AA的分离纯化 | 第59-67页 |
| ·晶体的筛选与优化 | 第67-75页 |
| ·全长SirR蛋白的结晶与优化 | 第67-70页 |
| ·全长SirR蛋白与锰离子的共结晶 | 第70-71页 |
| ·蛋白质SirR12-228与锰离子的共结晶 | 第71-75页 |
| 第三章 蛋白质VctP的表达、纯化及其晶体的获得和优化 | 第75-80页 |
| ·实验材料 | 第75页 |
| ·基因组、载体和菌株 | 第75页 |
| ·酶与试剂 | 第75页 |
| ·主要仪器 | 第75页 |
| ·实验基本原理 | 第75页 |
| ·实验方法 | 第75页 |
| ·基因克隆 | 第75页 |
| ·蛋白的分离纯化 | 第75页 |
| ·蛋白质晶体筛选与优化 | 第75页 |
| ·实验结果 | 第75-80页 |
| ·蛋白质VctP-51-end的分离与纯化 | 第76-78页 |
| ·VctP晶体的筛选与优化 | 第78-80页 |
| 第四章 SirR与VctP晶体结构的解析 | 第80-94页 |
| ·衍射数据的收集与处理 | 第80-86页 |
| ·X-射线衍射的基本原理 | 第80-82页 |
| ·衍射原理 | 第80-81页 |
| ·衍射仪器 | 第81-82页 |
| ·衍射数据的收集 | 第82-84页 |
| ·数据收集的方法 | 第82-83页 |
| ·数据收集的过程 | 第83页 |
| ·数据收集时需要注意的问题 | 第83-84页 |
| ·衍射数据的处理 | 第84-86页 |
| ·数据处理的实施过程 | 第84-85页 |
| ·数据处理的结果 | 第85-86页 |
| ·相角的求解 | 第86-91页 |
| ·分子置换 | 第86-89页 |
| ·分子旋转和平移 | 第87-89页 |
| ·分子置换法的实施过程和结果 | 第89页 |
| ·单波长反常散射法(SAD) | 第89-91页 |
| ·单波长反常散射法的原理 | 第89-91页 |
| ·相位求解的实施方法和结果 | 第91页 |
| ·结构模型的修正与精化 | 第91-94页 |
| ·结构修正的原理 | 第91-92页 |
| ·结构修正的方法 | 第92-93页 |
| ·结构修正的实施过程 | 第93页 |
| ·结构修正的结果 | 第93-94页 |
| 第五章 SirR的结构与功能研究 | 第94-110页 |
| ·SirR与其同源蛋白亲缘关系的分析 | 第94-97页 |
| ·SirR的晶体结构 | 第97-98页 |
| ·SirR的聚集状态分析 | 第98-100页 |
| ·SirR的锰离子结合位点 | 第100-103页 |
| ·SirR与锰离子的结合能力 | 第103-105页 |
| ·软件预测与SirR相互作用的蛋白 | 第105-107页 |
| ·蛋白质SirR与DNA的凝胶迁移实验 | 第107-110页 |
| ·实验原理 | 第107-108页 |
| ·实验过程与方法 | 第108-109页 |
| ·实验结果 | 第109-110页 |
| 第六章 VctP的结构与功能研究 | 第110-116页 |
| ·VctP的晶体结构 | 第110-111页 |
| ·肠菌素与弧菌素的结合口袋 | 第111-112页 |
| ·VctP与其同源蛋白的序列比对 | 第112-116页 |
| 全文总结与展望 | 第116-118页 |
| 附录 | 第118-120页 |
| 参考文献 | 第120-130页 |
| 致谢 | 第130-132页 |
| 学位论文评阅及答辩情况表 | 第132页 |
