| 致谢 | 第7-8页 |
| 摘要 | 第8-10页 |
| Abstract | 第10-12页 |
| 1 文献综述 | 第24-46页 |
| 1.1 引言 | 第24-25页 |
| 1.2 研究背景与现状 | 第25-39页 |
| 1.2.1 土壤微生物多样性与微生物地理学 | 第25-27页 |
| 1.2.2 宏基因组学对微生物多样性和地理学研究的推进 | 第27-29页 |
| 1.2.3 微生物地理学理论的发展 | 第29-34页 |
| 1.2.4 微生物局部与地理分布多样性的影响因素 | 第34-35页 |
| 1.2.5 土壤有机质与微生物——土壤连续模型 | 第35-38页 |
| 1.2.6 DOM化学多样性研究 | 第38-39页 |
| 1.3 研究设想 | 第39-46页 |
| 1.3.1 研究目的与意义 | 第39页 |
| 1.3.2 研究主要内容 | 第39-40页 |
| 1.3.3 研究方法与核心技术 | 第40-45页 |
| 1.3.4 技术路线图 | 第45-46页 |
| 2 我国典型水稻田土壤样品的采集 | 第46-51页 |
| 2.1 典型水稻种植区域的选择 | 第46-48页 |
| 2.2 水稻田土壤样品的采集、运输与储存 | 第48页 |
| 2.3 实时数据采集及地理、气候信息的收集 | 第48-49页 |
| 2.4 基础理化性质测试 | 第49-51页 |
| 3 水稻田土壤微生物群落多样性特征 | 第51-72页 |
| 3.1 引言 | 第51-52页 |
| 3.2 实验材料与方法 | 第52-58页 |
| 3.2.1 采样点信息 | 第52-54页 |
| 3.2.2 16S rRNA基因测序与分析 | 第54-55页 |
| 3.2.3 随机森林模型 | 第55-56页 |
| 3.2.4 统计分析 | 第56-58页 |
| 3.3 研究结果 | 第58-68页 |
| 3.3.1 水稻土微生物群落独特的组成和多样性特征 | 第58-62页 |
| 3.3.2 水稻土细菌群落多样性和物种分类的空间变异性 | 第62页 |
| 3.3.3 生物和非生物因子对微生物群落的影响 | 第62-67页 |
| 3.3.4 水稻土与周边土壤微生物群落的功能潜能差异 | 第67-68页 |
| 3.4 讨论 | 第68-70页 |
| 3.5 本章小结 | 第70-72页 |
| 4 基于网络分析的水稻田土壤菌群结构特征 | 第72-90页 |
| 4.1 引言 | 第72页 |
| 4.2 实验材料与方法 | 第72-74页 |
| 4.2.1 采样点信息 | 第72页 |
| 4.2.2 构建共现网络 | 第72-74页 |
| 4.2.3 共现网络的拓扑特征分析 | 第74页 |
| 4.3 研究结果 | 第74-87页 |
| 4.3.1 水稻土微生物共现网络的构建与基本特征 | 第74-77页 |
| 4.3.2 水稻土微生物共现网络中的交互关系模式分析 | 第77-81页 |
| 4.3.3 水稻土微生物共现网络的模块化分析 | 第81-84页 |
| 4.3.4 环境因子对水稻土微生物共现网络结构的驱动机制 | 第84-87页 |
| 4.4 讨论 | 第87-89页 |
| 4.5 本章小结 | 第89-90页 |
| 5 水稻土溶解性有机质化学多样性 | 第90-108页 |
| 5.1 引言 | 第90-91页 |
| 5.2 材料与方法 | 第91-98页 |
| 5.2.1 采样点信息 | 第91-92页 |
| 5.2.2 土壤样品DOM溶液的提取 | 第92-93页 |
| 5.2.3 FT-ICR-MS进样样品的制备与分析 | 第93-94页 |
| 5.2.4 FT-ICR-MS数据的分析 | 第94-95页 |
| 5.2.5 16S rRNA基因测序和分析 | 第95-96页 |
| 5.2.6 DOM和细菌的多样性计算和多元分析 | 第96-98页 |
| 5.3 研究结果 | 第98-106页 |
| 5.3.1 水稻土微生物的生物地理学分布特征 | 第98-102页 |
| 5.3.2 水稻土DOM的生物地理学分布特征 | 第102-103页 |
| 5.3.3 DOM分子地理学分布的影响因子分析 | 第103-106页 |
| 5.4 讨论 | 第106-107页 |
| 5.5 本章小结 | 第107-108页 |
| 6 微生物多样性与溶解性有机质化学多样性的相关性 | 第108-127页 |
| 6.1 引言 | 第108页 |
| 6.2 材料与方法 | 第108-111页 |
| 6.2.1 采样点信息 | 第108页 |
| 6.2.2 鸟枪法测序,宏基因组拼接与注释 | 第108-111页 |
| 6.2.3 DOM和细菌的多样性计算和多元分析 | 第111页 |
| 6.3 研究结果 | 第111-124页 |
| 6.3.1 表征DOM分子组成和细菌分类学组成的关联性特征 | 第111-114页 |
| 6.3.2 微生物分类单元与DOM分子共变的影响因子 | 第114-115页 |
| 6.3.3 DOM分子组成与微生物功能潜能的相关性分析 | 第115-124页 |
| 6.4 讨论 | 第124-125页 |
| 6.5 本章小结 | 第125-127页 |
| 7 主要结论、创新点及展望 | 第127-131页 |
| 7.1 主要结论 | 第127-128页 |
| 7.2 创新点 | 第128-129页 |
| 7.3 研究展望 | 第129-131页 |
| 参考文献 | 第131-150页 |
| 附录 | 第150-194页 |
| 附表 | 第150-192页 |
| 附图 | 第192-194页 |
| 作者简介 | 第194-196页 |
