| 基金资助 | 第3-8页 |
| 摘要 | 第8-11页 |
| Abstract | 第11-14页 |
| 缩略词表(Abbreviation) | 第15-17页 |
| 第一章 文献综述 | 第17-31页 |
| 1.1 再现及新现主要猪腹泻相关病毒概述 | 第17-24页 |
| 1.1.1 猪流行性腹泻病毒 | 第17-19页 |
| 1.1.2 传染性胃肠炎病毒 | 第19-20页 |
| 1.1.3 轮状病毒 | 第20-21页 |
| 1.1.4 新现猪δ冠状病毒 | 第21-24页 |
| 1.2 高通量测序技术 | 第24-26页 |
| 1.2.1 Roche/454测序平台 | 第25页 |
| 1.2.2 Illumina/Solexa测序平台 | 第25-26页 |
| 1.2.3 SOLiD测序平台 | 第26页 |
| 1.3 宏基因组学研究进展 | 第26-29页 |
| 1.3.1 细菌宏基因组学 | 第27页 |
| 1.3.2 病毒宏基因组学 | 第27-29页 |
| 1.4 本研究目的、意义及技术路线 | 第29-31页 |
| 1.4.1 研究目的 | 第29页 |
| 1.4.2 研究意义 | 第29-30页 |
| 1.4.3 研究技术路线 | 第30-31页 |
| 第二章 江西省猪腹泻病毒的分子流行病学调查及猪流行性腹泻病毒全基因组分析 | 第31-48页 |
| 2.1 前言 | 第31页 |
| 2.2 材料 | 第31-32页 |
| 2.2.1 样品采集 | 第31页 |
| 2.2.2 主要试剂 | 第31-32页 |
| 2.2.3 相关溶液配制 | 第32页 |
| 2.2.4 主要仪器和设备 | 第32页 |
| 2.3 方法 | 第32-37页 |
| 2.3.1 引物设计 | 第32页 |
| 2.3.2 RT-PCR检测 | 第32-33页 |
| 2.3.3 数据分析 | 第33页 |
| 2.3.4 PEDV江西株全基因组测序与分析 | 第33-37页 |
| 2.4 结果与分析 | 第37-45页 |
| 2.4.1 腹泻猪临床症状与病理解剖变化 | 第37页 |
| 2.4.2 腹泻样品中PEDV、TGEV和PoRV的检测结果 | 第37页 |
| 2.4.3 不同地区腹泻样品中腹泻病毒的检测结果 | 第37-38页 |
| 2.4.4 不同猪群及样品中腹泻病毒的检测结果 | 第38-39页 |
| 2.4.5 PEDV江西株全基因组扩增与测序 | 第39页 |
| 2.4.6 PEDV江西株全基因组序列分析 | 第39-45页 |
| 2.5 讨论 | 第45-48页 |
| 2.5.1 三种主要猪腹泻相关病毒的流行病学调查 | 第45-46页 |
| 2.5.2 猪流行性腹泻病毒江西株的遗传变异分析 | 第46-48页 |
| 第三章 新现猪δ冠状病毒检测及全基因组序列分析 | 第48-64页 |
| 3.1 前言 | 第48页 |
| 3.2 材料 | 第48页 |
| 3.2.1 样品 | 第48页 |
| 3.2.2 主要试剂及相关溶液配制 | 第48页 |
| 3.2.3 主要仪器和设备 | 第48页 |
| 3.3 方法 | 第48-51页 |
| 3.3.1 引物设计 | 第48-50页 |
| 3.3.2 病毒RNA提取 | 第50页 |
| 3.3.3 PDCoV检测方法的建立 | 第50页 |
| 3.3.4 腹泻样品中PDCoV检测 | 第50页 |
| 3.3.5 PDCoV江西株全基因组扩增与测序 | 第50页 |
| 3.3.6 PDCoV江西株全基因组序列分析 | 第50-51页 |
| 3.4 结果与分析 | 第51-61页 |
| 3.4.1 PDCoV RT-PCR检测方法的建立 | 第51页 |
| 3.4.2 江西省腹泻猪群中PDCoV的检测结果 | 第51页 |
| 3.4.3 PDCoV与其它腹泻相关病毒的混合感染 | 第51-52页 |
| 3.4.4 PDCoV江西株的全基因组扩增与测序 | 第52-53页 |
| 3.4.5 PDCoV江西株全基因组序列与基因组结构 | 第53页 |
| 3.4.6 PDCoV与其它属冠状病毒的遗传进化关系 | 第53-56页 |
| 3.4.7 PDCoV江西株与参考株遗传进化分析 | 第56-57页 |
| 3.4.8 PDCoV江西株与参考毒株序列同源性 | 第57-59页 |
| 3.4.9 PDCoV江西株5'UTR和3'UTR分子特征 | 第59-61页 |
| 3.5 讨论 | 第61-64页 |
| 第四章 腹泻与健康仔猪肠道宏病毒组学比较研究 | 第64-82页 |
| 4.1 前言 | 第64页 |
| 4.2 材料 | 第64-66页 |
| 4.2.1 试验样品 | 第64-66页 |
| 4.2.2 主要试剂 | 第66页 |
| 4.2.3 主要设备 | 第66页 |
| 4.3 方法 | 第66-70页 |
| 4.3.1 样品处理 | 第66-67页 |
| 4.3.2 病毒核酸提取 | 第67页 |
| 4.3.3 SISPA扩增 | 第67-69页 |
| 4.3.4 DNA文库的构建与测序 | 第69页 |
| 4.3.5 测序数据质控 | 第69页 |
| 4.3.6 生物信息学分析 | 第69-70页 |
| 4.4 结果和分析 | 第70-79页 |
| 4.4.1 Mock病毒测序结果 | 第70-71页 |
| 4.4.2 腹泻样品病毒宏基因组学测序及猪病致病原相关病毒注释结果 | 第71-77页 |
| 4.4.3 母猪与仔猪肠道宏病毒组比较分析 | 第77页 |
| 4.4.4 健康、无症状及腹泻猪肠道宏病毒组的比较分析 | 第77-79页 |
| 4.5 讨论 | 第79-82页 |
| 4.5.1 病毒宏基因组学及其应用 | 第79页 |
| 4.5.2 不同健康水平猪肠道病毒宏基因组 | 第79-82页 |
| 第五章 基于16S rRNA基因序列分析技术仔猪肠道微生物菌落宏基因组学分析 | 第82-100页 |
| 5.1 引言 | 第82页 |
| 5.2 材料 | 第82-83页 |
| 5.2.1 试验样品 | 第82页 |
| 5.2.2 主要试剂 | 第82-83页 |
| 5.2.3 主要仪器和设备 | 第83页 |
| 5.3 方法 | 第83-85页 |
| 5.3.1 细菌基因组DNA提取 | 第83-84页 |
| 5.3.2 16S rRNA V1-V3区PCR扩增 | 第84页 |
| 5.3.3 DNA文库构建及MiSeq测序 | 第84-85页 |
| 5.3.4 MiSeq测序数据处理 | 第85页 |
| 5.3.5 生物信息学分析 | 第85页 |
| 5.3.6 数据统计分析与作图 | 第85页 |
| 5.4 结果与分析 | 第85-96页 |
| 5.4.1 Mock细菌测序数据分析 | 第85-87页 |
| 5.4.2 腹泻样品16S rRNA测序数据 | 第87-89页 |
| 5.4.3 不同健康水平猪群肠道微生物群落多样性分析 | 第89-91页 |
| 5.4.4 不同健康水平猪只肠道微生物群落结构比较分析 | 第91-96页 |
| 5.5 讨论 | 第96-100页 |
| 第六章 健康与腹泻仔猪肠道细菌宏基因组学研究 | 第100-115页 |
| 6.1 引言 | 第100页 |
| 6.2 材料 | 第100-101页 |
| 6.2.1 样品 | 第100页 |
| 6.2.2 主要试剂 | 第100-101页 |
| 6.2.3 主要仪器和设备 | 第101页 |
| 6.3 方法 | 第101-103页 |
| 6.3.1 细菌宏基因组DNA提取与检测 | 第101页 |
| 6.3.2 宏基因组文库的构建与测序 | 第101-102页 |
| 6.3.3 测序数据预处理 | 第102页 |
| 6.3.4 宏基因组组装 | 第102页 |
| 6.3.5 物种注释 | 第102页 |
| 6.3.6 物种丰度聚类 | 第102-103页 |
| 6.3.7 基因预测与丰度分析 | 第103页 |
| 6.3.8 功能注释及丰度分析 | 第103页 |
| 6.4 结果与分析 | 第103-113页 |
| 6.4.1 肠道细菌宏基因组DNA提取结果 | 第103-104页 |
| 6.4.2 肠道细菌宏基因组学测序数据分析 | 第104-105页 |
| 6.4.3 细菌宏基因组学测序数据中微生物组群落成与差异分析 | 第105-107页 |
| 6.4.4 仔猪肠道微生物宏基因组碳水化合物活性酶类注释分析 | 第107-109页 |
| 6.4.5 仔猪肠道微生物宏基因组的COG功能分类比较分析 | 第109-111页 |
| 6.4.6 仔猪肠道微生物宏基因组的KEGG功能分类比较分析 | 第111-113页 |
| 6.5 讨论 | 第113-115页 |
| 全文小结 | 第115-116页 |
| 参考文献 | 第116-130页 |
| 附录 | 第130-147页 |
| 附录Ⅰ 溶液、试剂配制及试剂盒操作步骤 | 第130-132页 |
| 附录Ⅱ 附图与附表 | 第132-147页 |
| 攻读博士学位期间发表论文及获奖情况 | 第147-148页 |
| 致谢 | 第148页 |
