| 学位论文数据集 | 第3-4页 |
| 摘要 | 第4-6页 |
| ABSTRACT | 第6-8页 |
| 符号说明 | 第15-16页 |
| 第一章 绪论 | 第16-22页 |
| 1.1 系统生物学简介 | 第16-17页 |
| 1.2 介观层次的系统行为研究 | 第17页 |
| 1.3 数学模拟方法 | 第17-18页 |
| 1.4 国内外研究现状 | 第18-19页 |
| 1.5 目的和意义 | 第19页 |
| 1.6 本文结构 | 第19-22页 |
| 第二章 介观生化反应体系模型及模拟方法 | 第22-38页 |
| 2.1 生化反应系统的建模 | 第22-28页 |
| 2.1.1 反应速率方程 | 第25-26页 |
| 2.1.2 化学反应主方程 | 第26-28页 |
| 2.2 反应-扩散系统的随机模拟方法 | 第28-33页 |
| 2.2.1 Gillespie的SSA算法 | 第28-30页 |
| 2.2.2 Elf的NSM算法 | 第30-33页 |
| 2.3 算法性能分析 | 第33-38页 |
| 2.3.1 算法说明 | 第33-34页 |
| 2.3.2 Gillespie的SSA改进后的算法与Elf的NSM算法效率及精确性的比较 | 第34-38页 |
| 第三章 空间非均匀双稳体系的时空特征 | 第38-64页 |
| 3.1 MAPK级联反应和双稳性质 | 第38-39页 |
| 3.1.1 模型构建 | 第38-39页 |
| 3.2 双稳性质与体积的关系 | 第39-42页 |
| 3.2.1 距离函数 | 第39-40页 |
| 3.2.2 空间非均匀双稳体系双稳性质与体积的关系 | 第40-41页 |
| 3.2.3 无空间体系双稳性质与体积的关系 | 第41-42页 |
| 3.3 优势体积随扩散系数的关系 | 第42-45页 |
| 3.4 优势体积随维度的关系 | 第45-48页 |
| 3.4.1 优势体积随维度横向的比较 | 第45-47页 |
| 3.4.2 优势体积随维度纵向的比较 | 第47-48页 |
| 3.5 双稳性质与扩散系数的关系 | 第48页 |
| 3.6 优势体积随浓度的关系 | 第48-50页 |
| 3.7 比较优势体积两侧的差异 | 第50-55页 |
| 3.7.1 驻留时间分布算法 | 第50-52页 |
| 3.7.2 滞留时间的分布统计比较 | 第52-54页 |
| 3.7.3 粒子总数处于高态时的空间分布比较 | 第54-55页 |
| 3.7.4 粒子总数处于低态时的空间分布比较 | 第55页 |
| 3.8 比较相变点附近的变化特征变化 | 第55-58页 |
| 3.8.1 滞留时间的分布统计比较 | 第56-57页 |
| 3.8.2 粒子总数处于高态时的空间分布比较 | 第57-58页 |
| 3.9 双稳参数的临界点附近的统计性质 | 第58-62页 |
| 3.9.1 临界值前后粒子浓度随时间的变化的比较 | 第58-60页 |
| 3.9.2 临界值前后系统状态概率分布的比较 | 第60页 |
| 3.9.3 临界值处双稳行为随体积的关系 | 第60-62页 |
| 3.10 本章小结 | 第62-64页 |
| 第四章 三分子反应实验模型 | 第64-76页 |
| 4.1 三分子反应实验模型 | 第64-65页 |
| 4.2 双稳行为的简单分析 | 第65-68页 |
| 4.2.1 粒子浓度随时间的变化 | 第65-66页 |
| 4.2.2 系统状态概率分布的比较 | 第66-68页 |
| 4.3 三分子反应体系双稳性质随体积和扩散系数的关系 | 第68-72页 |
| 4.3.1 距离函数 | 第68页 |
| 4.3.2 双稳性质与体积的关系 | 第68-70页 |
| 4.3.3 双稳性质与扩散系数的关系 | 第70-72页 |
| 4.4 介观尺度下和确定性方程的双稳稳态值差异比较 | 第72-73页 |
| 4.5 本章小结 | 第73-76页 |
| 第五章 总结与展望 | 第76-78页 |
| 5.1 总结 | 第76-77页 |
| 5.2 展望 | 第77-78页 |
| 参考文献 | 第78-82页 |
| 附录 | 第82-84页 |
| 致谢 | 第84-86页 |
| 研究成果及发表的学术论文 | 第86-88页 |
| 作者及导师简介 | 第88-89页 |
| 附件 | 第89-90页 |
