| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 目录 | 第9-13页 |
| 第一章 文献综述 | 第13-29页 |
| 1 胡杨概述 | 第14-17页 |
| 1.1 胡杨特征 | 第14页 |
| 1.2 胡杨林的生态分布 | 第14-15页 |
| 1.3 胡杨树杆内存液 | 第15-16页 |
| 1.4 胡杨微生物多样性国内外研究进展 | 第16-17页 |
| 2 植物内生菌 | 第17-21页 |
| 2.1 植物内生菌的定义 | 第17页 |
| 2.2 植物内生细菌功能多样性 | 第17-19页 |
| 2.3 植物内生菌的应用 | 第19-21页 |
| 2.3.1 促生长作用 | 第19页 |
| 2.3.2 固氮作用 | 第19-20页 |
| 2.3.3 生物防治作用 | 第20页 |
| 2.3.4 生物修复作用 | 第20-21页 |
| 3 植物内生菌群落多样性分析方法 | 第21-23页 |
| 3.1 可培养分析群落结构多样性法（传统培养方法） | 第21页 |
| 3.2 分子生物学方法 | 第21-22页 |
| 3.3 454 高通量测序法 | 第22-23页 |
| 3.4 生物化学方法 | 第23页 |
| 3.5 生物标记（Biomarker）法 | 第23页 |
| 4 对潜在新种的多相分类学研究方法 | 第23-27页 |
| 4.1 表型特征分析法 | 第24-25页 |
| 4.1.1 表达特征 | 第24页 |
| 4.1.2 生理生化特征 | 第24页 |
| 4.1.3 化学分类特征 | 第24-25页 |
| 4.2 遗传学特征分析法 | 第25-26页 |
| 4.2.1 16S rRNA 基因序列分析 | 第25页 |
| 4.2.2 DNA G+C 含量分析 | 第25页 |
| 4.2.3 DNA-DNA 同源性分析 | 第25-26页 |
| 4.3 系统发育分析法 | 第26-27页 |
| 5 研究目的与研究内容 | 第27-28页 |
| 5.1 研究目的 | 第27页 |
| 5.2 研究内容 | 第27-28页 |
| 6 技术路线 | 第28-29页 |
| 第二章 研究若羌县原始胡杨内生可培养细菌的多样性 | 第29-60页 |
| 1 实验材料 | 第29-31页 |
| 1.1 采样位点 | 第29-30页 |
| 1.2 采集样品 | 第30页 |
| 1.2.1 样品特征 | 第30页 |
| 1.2.2 样品预处理 | 第30页 |
| 1.3 实验试剂 | 第30-31页 |
| 1.4 实验仪器 | 第31页 |
| 1.5 引物 | 第31页 |
| 1.6 测序 | 第31页 |
| 2 实验方法 | 第31-37页 |
| 2.1 培养基的配制 | 第31-32页 |
| 2.2 涂布样品 | 第32页 |
| 2.3 菌落形成单位（CFU 值）的计算 | 第32-33页 |
| 2.4 菌株的初步筛选与纯化 | 第33页 |
| 2.5 细胞的形态观察 | 第33-35页 |
| 2.5.1 简单染色 | 第33页 |
| 2.5.2 革兰氏染色 | 第33-34页 |
| 2.5.3 快速革兰氏染色（KOH-Test） | 第34-35页 |
| 2.6 细菌的分子遗传学分析 | 第35-37页 |
| 2.6.1 裂解液法提取细菌基因组 DNA （方法一） | 第35页 |
| 2.6.2 煮沸法（方法二） | 第35-36页 |
| 2.6.3 16S rRNA 基因扩增 | 第36页 |
| 2.6.4 PCR 产物的检测及测序 | 第36页 |
| 2.6.5 16S rRNA 基因序列测定及系统发育分析 | 第36-37页 |
| 2.6.6 培养基优势度的计算 | 第37页 |
| 3 结果 | 第37-57页 |
| 3.1 内生细菌的分离、纯化与菌株的计数 | 第37页 |
| 3.2 表型结果 | 第37-41页 |
| 3.3 培养基的分离效果 | 第41-42页 |
| 3.4 基于 16S rRNA 基因序列基础上的细菌多样性分析 | 第42-52页 |
| 3.4.1 总分离菌的 16S rRNA 基因序列相似性分析 | 第42-51页 |
| 3.4.2 胡杨潜在内生细菌 | 第51-52页 |
| 3.5 可培养内生细菌的系统进化分析 | 第52-57页 |
| 3.5.1 若羌县原始胡杨林分离的胡杨内生细菌总进化树 | 第52-54页 |
| 3.5.2 所分离菌株按其分类类群来建立系统进化树 | 第54-57页 |
| 4 讨论 | 第57-60页 |
| 第三章 利用 454 高通量测序技术对若羌县原始胡杨林胡杨内生细菌的多样性的初步研究 | 第60-98页 |
| 1 实验材料 | 第60-61页 |
| 1.1 采样位点与内存液的采集 | 第60页 |
| 1.2 主要试剂及实验仪器 | 第60-61页 |
| 1.2.1 生化试剂 | 第60页 |
| 1.2.2 实验仪器 | 第60-61页 |
| 2 实验方法 | 第61-69页 |
| 2.1 样品的预处理 | 第61页 |
| 2.2 内存液基因组总 DNA 的提取 | 第61-62页 |
| 2.3 设计并合成引物接头 | 第62页 |
| 2.4 细菌 16S rRNA 基因扩增 | 第62-63页 |
| 2.5 荧光定量 | 第63页 |
| 2.6 emPCR | 第63-64页 |
| 2.7 Roche Genome Sequencer FLX +上机测序 | 第64页 |
| 2.8 标准生物信息学分析 | 第64-66页 |
| 2.8.1 有效测序序列统计 | 第64页 |
| 2.8.2 优质序列统计 | 第64-65页 |
| 2.8.3 OTU 聚类分析 | 第65-66页 |
| 2.9 多样性指数（Alpha-diversity） | 第66-68页 |
| 2.10 稀释性曲线（Rarefaction curve） | 第68页 |
| 2.11 分类学分析（Taxonomy） | 第68-69页 |
| 3 454 高通量分析总路线 | 第69页 |
| 4 结果与分析 | 第69-95页 |
| 4.1 内存液总 DNA 的提取及纯化 | 第69-70页 |
| 4.2 细菌 16S rRNA 基因扩增 | 第70页 |
| 4.3 细菌 16S rRNA 基因测序 | 第70-71页 |
| 4.4 16S rRNA 基因序列的标准生物信息学分析 | 第71-78页 |
| 4.4.1 有效序列和优质序列分析 | 第71页 |
| 4.4.2 OTU 聚类 | 第71-74页 |
| 4.4.3 多样性指数分析（Alpha-diversity） | 第74-76页 |
| 4.4.4 稀释曲线（rarefaction）分析 | 第76页 |
| 4.4.5 Rank_Abuance Curve（丰富度曲线）分析 | 第76-77页 |
| 4.4.6 Shannon 多样性指数曲线 | 第77-78页 |
| 4.5 分类学（Taxonomy）结果 | 第78-95页 |
| 4.5.1 分类学地位 | 第78-94页 |
| 4.5.2 全部属 Bar 条码图谱 | 第94页 |
| 4.5.3 属水平 Heatmap 图谱 | 第94-95页 |
| 5 讨论 | 第95-98页 |
| 第四章 一株假单胞菌新种 Pseudomonas tarimense MA-69T的精确分类学鉴定 | 第98-123页 |
| 1 材料与方法 | 第98-100页 |
| 1.1 样品来源 | 第98页 |
| 1.2 模式菌株 | 第98页 |
| 1.3 培养基 | 第98-99页 |
| 1.4 试剂 | 第99页 |
| 1.5 仪器 | 第99页 |
| 1.6 引物 | 第99-100页 |
| 2 试验方法 | 第100-112页 |
| 2.1 形态和培养特征 | 第100页 |
| 2.2 生长特征 | 第100-101页 |
| 2.3 生理生化特征 | 第101-104页 |
| 2.3.1 API 的测定 | 第101-102页 |
| 2.3.2 Biolog 生理生化特征检测 | 第102-103页 |
| 2.3.3 其它生理生化特性的检测 | 第103-104页 |
| 2.3.4 抗生素敏感性检测 | 第104页 |
| 2.3.5 荧光色素的测定 | 第104页 |
| 2.4 细胞化学组分分析 | 第104-109页 |
| 2.4.1 全细胞脂肪酸分析 | 第104-106页 |
| 2.4.1.1 试剂的配制 | 第105页 |
| 2.4.1.2 提取方法 | 第105-106页 |
| 2.4.1.3 气相色谱测定 | 第106页 |
| 2.4.2 醌组分分析 | 第106-107页 |
| 2.4.2.1 菌体的收集 | 第106页 |
| 2.4.2.2 醌的提取和纯化 | 第106-107页 |
| 2.4.2.3 反相高效液相色谱法（reversed-HPLC）测定醌组分 | 第107页 |
| 2.4.3 细菌细胞膜磷酸类之组分分析 | 第107-109页 |
| 2.5 遗传特征分析 | 第109-112页 |
| 2.5.1 基于 16S rDNA 系统发育分析 | 第109页 |
| 2.5.2 细菌 GC 含量的测定 | 第109-111页 |
| 2.5.3 DNA-DNA 杂交 | 第111-112页 |
| 3 结果 | 第112-121页 |
| 3.1 菌株的分离与保藏 | 第112页 |
| 3.2 形态特征 | 第112页 |
| 3.3 生理特征 | 第112-113页 |
| 3.4 生理生化测定 | 第113-114页 |
| 3.5 细胞化学组分的测定 | 第114-116页 |
| 3.5.1 脂肪酸组分分析 | 第114-115页 |
| 3.5.2 细胞醌组分 | 第115-116页 |
| 3.5.3 极性脂组分分析 | 第116页 |
| 3.6 遗传型特征 | 第116-121页 |
| 3.6.1 16S rRNA 基因序列系统发育分析结果 | 第116-121页 |
| 3.6.2 （G+C）mol%含量的测定结果 | 第121页 |
| 3.6.3 DNA-DNA 分子杂交结果 | 第121页 |
| 4 讨论 | 第121-123页 |
| 第五章 结论与展望 | 第123-127页 |
| 1 结论 | 第123-125页 |
| 2 展望 | 第125-127页 |
| 参考文献 | 第127-135页 |
| 附录 | 第135-138页 |
| 致谢 | 第138-139页 |
| 在读期间发表的期刊论文 | 第139-140页 |
| 作者简介 | 第140页 |
