| 中文摘要 | 第8-10页 |
| Abstract | 第10-11页 |
| 1 前言 | 第12-27页 |
| 1.1 多粘类芽孢杆菌 | 第12-13页 |
| 1.1.1 多粘类芽孢杆菌简介 | 第12页 |
| 1.1.2 多粘类芽孢杆菌产生的抗菌物质 | 第12-13页 |
| 1.2 多粘类芽孢杆菌SC | 第13-14页 |
| 1.3 非核糖体肽合成机制 | 第14-19页 |
| 1.3.1 非核糖体肽合成酶 | 第14-15页 |
| 1.3.2 多粘菌素 | 第15-17页 |
| 1.3.2.1 多粘菌素的分类和结构 | 第15-16页 |
| 1.3.2.2 多粘菌素分子合成机制 | 第16-17页 |
| 1.3.3 杀镰孢菌素 | 第17-19页 |
| 1.3.3.1 杀镰孢菌素的分类和结构 | 第17-18页 |
| 1.3.3.2 杀镰孢菌素分子合成机制 | 第18-19页 |
| 1.4 胞外多糖研究现状 | 第19-20页 |
| 1.5 诱变育种方法 | 第20-23页 |
| 1.5.1 常规诱变育种方法 | 第20-21页 |
| 1.5.2 常压室温等离子体(ARTP)诱变育种技术 | 第21-23页 |
| 1.5.2.1 常压室温等离子体(ARTP)诱变育种仪 | 第21-22页 |
| 1.5.2.2 常压室温等离子体(ARTP)诱变技术优点 | 第22页 |
| 1.5.2.3 常压室温等离子体(ARTP)诱变技术的应用 | 第22-23页 |
| 1.5.2.4 常压室温等离子体(ARTP)诱变条件的选择 | 第23页 |
| 1.6 全基因组重测序和转录组测序 | 第23-25页 |
| 1.6.1 全基因组重测序 | 第23-24页 |
| 1.6.2 转录组测序 | 第24页 |
| 1.6.3 全基因组重测序和转录组测序的应用 | 第24-25页 |
| 1.7 研究目的意义,研究内容,技术路线 | 第25-27页 |
| 1.7.1 研究目的与意义 | 第25页 |
| 1.7.2 研究内容 | 第25-26页 |
| 1.7.3 技术路线 | 第26-27页 |
| 2 材料和方法 | 第27-33页 |
| 2.1 供试菌株 | 第27页 |
| 2.2 培养基 | 第27页 |
| 2.3 仪器与设备 | 第27-28页 |
| 2.4 实验方法 | 第28-33页 |
| 2.4.1 ARTP诱变 | 第28页 |
| 2.4.1.1 诱变菌悬液制备 | 第28页 |
| 2.4.1.2 ARTP诱变实验 | 第28页 |
| 2.4.2 多粘菌素合成突变株的筛选 | 第28-29页 |
| 2.4.2.1 平板对峙法初筛 | 第28-29页 |
| 2.4.2.2 牛津杯法抑菌试验复筛 | 第29页 |
| 2.4.3 胞外多糖合成突变菌株的筛选 | 第29页 |
| 2.4.4 突变株表型性状检测 | 第29-30页 |
| 2.4.4.1 突变株芽孢形成和菌落形态的检测 | 第29页 |
| 2.4.4.2 突变株生长曲线的检测 | 第29页 |
| 2.4.4.3 突变株拮抗真菌能力检测 | 第29-30页 |
| 2.4.4.4 突变株运动性检测 | 第30页 |
| 2.4.5 细菌总DNA提取及16SrDNA序列扩增 | 第30-31页 |
| 2.4.6 突变株基因组重测序 | 第31页 |
| 2.4.7 突变株转录组测序 | 第31-32页 |
| 2.4.8 底物添加验证试验 | 第32-33页 |
| 3 结果与分析 | 第33-56页 |
| 3.1 诱变条件的确定 | 第33页 |
| 3.2 突变株16SrDNA测序 | 第33-34页 |
| 3.3 功能突变株筛选 | 第34-35页 |
| 3.3.1 多粘菌素合成突变株的筛选 | 第34-35页 |
| 3.3.2 胞外多糖合成突变株的筛选 | 第35页 |
| 3.4 突变株与SC2表型性状差异 | 第35-39页 |
| 3.4.1 突变株与SC2菌落形态的差异 | 第35-36页 |
| 3.4.2 突变株与SC2的生长曲线 | 第36-37页 |
| 3.4.3 突变株产芽孢能力检测 | 第37页 |
| 3.4.4 突变株拮抗真菌能力检测 | 第37-38页 |
| 3.4.5 突变株运动性检测 | 第38-39页 |
| 3.5 突变株基因组重测序 | 第39-43页 |
| 3.5.1 碱基测序质量分布和碱基类型分布 | 第39页 |
| 3.5.2 深度分布统计 | 第39-40页 |
| 3.5.3 SV检测 | 第40-41页 |
| 3.5.4 SmallIndel检测 | 第41页 |
| 3.5.5 SNP检测 | 第41-42页 |
| 3.5.6 PM3COG聚类分析 | 第42-43页 |
| 3.6 SC2和PM3转录组测序 | 第43-56页 |
| 3.6.1 最佳测序时间的选择 | 第43-45页 |
| 3.6.2 测序数据过滤 | 第45页 |
| 3.6.3 RNA-Seq相关性检查 | 第45-46页 |
| 3.6.4 PM3和SC2的基因差显表达分析 | 第46-55页 |
| 3.6.4.1 KEGG富集分析 | 第47页 |
| 3.6.4.2 鞭毛形成及细菌趋化 | 第47-48页 |
| 3.6.4.3 膜蛋白的合成 | 第48页 |
| 3.6.4.4 转运系统 | 第48页 |
| 3.6.4.5 转录调节因子 | 第48页 |
| 3.6.4.6 基础代谢 | 第48-55页 |
| 3.6.5 底物添加验证试验结果 | 第55-56页 |
| 4 讨论 | 第56-59页 |
| 5 结论 | 第59-60页 |
| 参考文献 | 第60-69页 |
| 致谢 | 第69页 |
