| 摘要 | 第6-8页 |
| ABSTRACT | 第8-10页 |
| 引言 | 第15-16页 |
| 第一章 文献综述 | 第16-30页 |
| 1.1 荷斯坦奶牛乳腺炎的研究进展 | 第16-20页 |
| 1.1.1 乳腺炎的病因 | 第16页 |
| 1.1.2 乳腺炎的诊断 | 第16-17页 |
| 1.1.3 乳腺炎的治疗 | 第17-18页 |
| 1.1.4 乳腺炎抗性育种与候选基因 | 第18-20页 |
| 1.2 miRNA的研究进展 | 第20-26页 |
| 1.2.1 miRNA的发现 | 第20-21页 |
| 1.2.2 miRNA的生物学合成 | 第21页 |
| 1.2.3 miRNA的生物学作用机制 | 第21-22页 |
| 1.2.4 miRNA的鉴定及检测 | 第22-25页 |
| 1.2.5 miRNA靶基因的预测及鉴定 | 第25-26页 |
| 1.3 miRNA在家畜育种的研究进展 | 第26-28页 |
| 1.4 miRNA对乳腺发育和泌乳的影响 | 第28-29页 |
| 1.5 本研究的目的意义 | 第29-30页 |
| 第二章 荷斯坦奶牛外周血中miRNA的高通量测序 | 第30-37页 |
| 2.1 材料和方法 | 第30-32页 |
| 2.1.1 试验动物及样品采集 | 第30页 |
| 2.1.2 RNA的提取与质量检测 | 第30-31页 |
| 2.1.3 高通量测序 | 第31-32页 |
| 2.1.4 原始序列初步处理 | 第32页 |
| 2.2 结果与分析 | 第32-35页 |
| 2.2.1 RNA样品质量检测 | 第32-33页 |
| 2.2.2 Small RNA文库的高通量测序 | 第33-35页 |
| 2.3 讨论 | 第35-36页 |
| 2.3.1 Solexa高通量测序 | 第35-36页 |
| 2.3.2 荷斯坦奶牛外周血Small RNA文库的质量 | 第36页 |
| 2.3.3 荷斯坦奶牛外周血miRNAs的长度分布与功能 | 第36页 |
| 2.4 小结 | 第36-37页 |
| 第三章 荷斯坦奶牛外周血miRNA的鉴定和特征分析 | 第37-52页 |
| 3.1 材料和方法 | 第37-39页 |
| 3.1.1 数据分析所用数据库和专业网站 | 第37页 |
| 3.1.2 分析序列来源 | 第37页 |
| 3.1.3 生物信息学分析 | 第37-39页 |
| 3.1.4 牛pre-miRNA的染色体定位分析 | 第39页 |
| 3.1.5 牛的pre-miRNA簇分析 | 第39页 |
| 3.2 结果与分析 | 第39-49页 |
| 3.2.1 miRNA分类概述 | 第39-40页 |
| 3.2.2 牛已知的miRNA | 第40-41页 |
| 3.2.3 牛保守的miRNA | 第41-42页 |
| 3.2.4 牛新发现的miRNA | 第42-43页 |
| 3.2.5 牛pre-miRNA的染色体定位 | 第43-46页 |
| 3.2.6 牛的mi RNA簇分析 | 第46-49页 |
| 3.3 讨论 | 第49-51页 |
| 3.3.1 牛外周血中miRNA的特征分析 | 第49-50页 |
| 3.3.2 miRNA在牛基因组中的分布特征 | 第50-51页 |
| 3.4 小结 | 第51-52页 |
| 第四章 荷斯坦奶牛外周血miRNA的验证 | 第52-62页 |
| 4.1 材料和方法 | 第52-57页 |
| 4.1.1 试验动物及样品采集 | 第52页 |
| 4.1.2 RNA的提取 | 第52页 |
| 4.1.3 cDNA的合成 | 第52-53页 |
| 4.1.4 miRNA的选取和引物设计 | 第53-55页 |
| 4.1.5 荷斯坦奶牛miRNA序列的克隆与测序检测 | 第55-57页 |
| 4.2 结果与分析 | 第57-60页 |
| 4.3 讨论 | 第60-61页 |
| 4.4 小结 | 第61-62页 |
| 第五章 乳腺炎相关miRNA的筛选、功能预测及表达分析 | 第62-79页 |
| 5.1 材料和方法 | 第62-65页 |
| 5.1.1 试验动物及样品采集 | 第62页 |
| 5.1.2 RNA的提取与cDNA的合成 | 第62-63页 |
| 5.1.3 差异表达miRNA的筛选 | 第63页 |
| 5.1.4 miRNA在乳腺组织中的实时定量PCR | 第63-64页 |
| 5.1.5 健康和患乳腺炎荷斯坦奶牛表达量高的miRNA | 第64-65页 |
| 5.1.6 差异表达miRNA靶基因的预测 | 第65页 |
| 5.1.7 miRNA靶基因的功能注释 | 第65页 |
| 5.2 结果与分析 | 第65-75页 |
| 5.2.1 miRNA差异表达分析 | 第65-67页 |
| 5.2.2 差异表达miRNA在乳腺组织中的实时定量PCR | 第67-70页 |
| 5.2.3 健康和患乳腺炎荷斯坦奶牛中表达量高的miRNA | 第70-71页 |
| 5.2.4 差异表达miRNA靶基因的预测 | 第71页 |
| 5.2.5 miRNA靶基因的GO分析 | 第71-72页 |
| 5.2.6 miRNA靶基因的KEGG Pathway分析 | 第72-75页 |
| 5.3 讨论 | 第75-78页 |
| 5.3.1 差异表达miRNA的比较分析 | 第75-76页 |
| 5.3.2 miRNA靶基因的预测 | 第76-77页 |
| 5.3.3 靶基因的功能分析 | 第77-78页 |
| 5.4 小结 | 第78-79页 |
| 第六章 乳腺炎相关miRNA靶基因PRMT2的遗传变异研究 | 第79-92页 |
| 6.1 材料和方法 | 第79-83页 |
| 6.1.1 试验材料 | 第79-80页 |
| 6.1.2 方法 | 第80-83页 |
| 6.2 结果与分析 | 第83-90页 |
| 6.2.1 PRMT2基因SNP的筛选 | 第83-84页 |
| 6.2.2 PRMT2基因SNP位点PCR-RFLP检测 | 第84-85页 |
| 6.2.3 PRMT2基因SNP位点群体遗传分析 | 第85-86页 |
| 6.2.4 PRMT2基因SNP位点的关联分析 | 第86页 |
| 6.2.5 PRMT2基因可变剪切体的克隆 | 第86-87页 |
| 6.2.6 PRMT2基因可变剪切体的实时定量 | 第87-90页 |
| 6.3 讨论 | 第90-91页 |
| 6.3.1 PRMT2基因的SNP | 第90页 |
| 6.3.2 PRMT2基因的可变剪切体 | 第90-91页 |
| 6.3.3 PRMT2基因可变剪切体的表达 | 第91页 |
| 6.4 小结 | 第91-92页 |
| 第七章 荷斯坦奶牛miR-146a靶基因的预测和验证 | 第92-105页 |
| 7.1 材料和方法 | 第92-98页 |
| 7.1.1 试验材料 | 第92页 |
| 7.1.2 RNA的提取和cDNA的合成 | 第92页 |
| 7.1.3 miR-146a靶基因的预测 | 第92-93页 |
| 7.1.4 预测基因靶序列的扩增 | 第93页 |
| 7.1.5 预测基因靶序列的克隆 | 第93页 |
| 7.1.6 预测基因靶序列野生型载体的构建 | 第93-97页 |
| 7.1.7 预测基因靶序列突变型载体的构建 | 第97页 |
| 7.1.8 HEK293T细胞培养 | 第97页 |
| 7.1.9 HEK293T细胞转染 | 第97页 |
| 7.1.10 双荧光素酶报告系统检测 | 第97-98页 |
| 7.1.11 数据处理和分析 | 第98页 |
| 7.2 结果和分析 | 第98-102页 |
| 7.2.1 miR-146a靶基因的预测 | 第98页 |
| 7.2.2 野生型psiCHECK-2 载体的构建 | 第98-100页 |
| 7.2.3 突变型psiCHECK-2 载体的构建 | 第100-101页 |
| 7.2.4 miR-146a对不同靶序列的影响 | 第101-102页 |
| 7.3 讨论 | 第102-104页 |
| 7.3.1 miRNA靶基因的预测方法 | 第102-103页 |
| 7.3.2 miRNA靶基因的鉴定 | 第103-104页 |
| 7.4 小结 | 第104-105页 |
| 第八章 结论与创新点 | 第105-107页 |
| 8.1 结论 | 第105-106页 |
| 8.2 创新点 | 第106页 |
| 8.3 进一步研究内容 | 第106-107页 |
| 参考文献 | 第107-120页 |
| 附录Ⅰ 本研究使用的主要试剂和仪器 | 第120-123页 |
| 附录Ⅱ 本研究使用的主要试验方法 | 第123-125页 |
| 附录Ⅲ 存在两条miRNA序列的pre-miRNA | 第125-132页 |
| 附录Ⅳ 牛的miRNA簇分类 | 第132-140页 |
| 附录Ⅴ 差异表达的miRNA序列 | 第140-145页 |
| 附录Ⅵ 重组载体连接的靶序列 | 第145-146页 |
| 附录Ⅶ 转染前后的 293T细胞 | 第146-147页 |
| 致谢 | 第147-148页 |
| 作者简介 | 第148页 |
