| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 英文缩写词 | 第13-15页 |
| 第1章 绪论 | 第15-32页 |
| 1.1 真核生物转录调控概述 | 第16-18页 |
| 1.1.1 真核生物转录调控的基本原理 | 第16-17页 |
| 1.1.2 真核生物转录调控的特点 | 第17页 |
| 1.1.3 转录因子在转录调控中的作用 | 第17-18页 |
| 1.2 转录因子结构与功能 | 第18-20页 |
| 1.3 DBD 结构域特异识别目的 DNA 分子的机理 | 第20页 |
| 1.3.1 DNA 结合的基本特质 | 第20页 |
| 1.3.2 DBD 结构模型 | 第20页 |
| 1.4 转录因子的研究方法 | 第20-22页 |
| 1.5 RFX 蛋白家族研究进展 | 第22-30页 |
| 1.5.1 RFX 蛋白家族分类 | 第22-23页 |
| 1.5.2 RFX 蛋白家族的进化保守性 | 第23-25页 |
| 1.5.3 与 RFX 蛋白相互作用的蛋白 | 第25-26页 |
| 1.5.4 RFX 基因家族的表达水平 | 第26-27页 |
| 1.5.5 RFX 家族基因的功能作用 | 第27页 |
| 1.5.6 RFX 蛋白 DBD 功能域作用方式 | 第27-29页 |
| 1.5.7 RFX1 的研究进展 | 第29-30页 |
| 1.6 本论文研究的构想及意义 | 第30-32页 |
| 1.6.1 本论文研究的构想 | 第30页 |
| 1.6.2 本论文研究的意义 | 第30-32页 |
| 第2章 小鼠基因组中 RFX1 结合位点分析 | 第32-43页 |
| 2.1 材料与方法 | 第32-33页 |
| 2.1.1 实验材料 | 第32-33页 |
| 2.1.2 试验方法 | 第33页 |
| 2.2 实验结果与讨论 | 第33-41页 |
| 2.2.1 RFX1 结合位点的基因组分布概况 | 第33-34页 |
| 2.2.2 RFX1 结合位点在染色体上的分布概况 | 第34-37页 |
| 2.2.3 RFX1 结合位点与目的基因及每条染色体长度的相关性 | 第37-39页 |
| 2.2.4 RFX1 调控的目的基因的功能分类 | 第39-41页 |
| 2.3 小结 | 第41-43页 |
| 第3章 小鼠 NPCRFX1ChIP-Seq 数据分析 | 第43-56页 |
| 3.1 材料与方法 | 第43-44页 |
| 3.1.1 实验材料 | 第43页 |
| 3.1.2 实验方法 | 第43-44页 |
| 3.2 实验结果与讨论 | 第44-54页 |
| 3.2.1 NPC 的 RFX1ChIP-Seq 数据分析 | 第44-47页 |
| 3.2.2 RFX1 调控的基因分析 | 第47-49页 |
| 3.2.3 被 RFX1 上调的基因分析 | 第49-52页 |
| 3.2.4 被 RFX1 下调的基因分析 | 第52-54页 |
| 3.3 小结 | 第54-56页 |
| 第4章 RFX1 因子表达水平分析 | 第56-65页 |
| 4.1 材料与方法 | 第56页 |
| 4.1.1 实验材料 | 第56页 |
| 4.2 实验方法 | 第56-60页 |
| 4.2.1 分子生物学酶、试剂与仪器 | 第56-57页 |
| 4.2.2 RFX1 基因 mRNA 表达水平检测 | 第57-60页 |
| 4.2.3 RFX1 蛋白水平上检测 | 第60页 |
| 4.3 实验结果与讨论 | 第60-64页 |
| 4.3.1 总 RNA 的提取 | 第60-62页 |
| 4.3.2 Q-PCR 结果 | 第62-63页 |
| 4.3.4 RFX1 蛋白质表达水平检测 | 第63-64页 |
| 4.4 小结 | 第64-65页 |
| 第5章 小鼠基因组中 RFX1 结合位点序列分析及验证 | 第65-84页 |
| 5.1 材料与方法 | 第65页 |
| 5.1.1 实验材料 | 第65页 |
| 5.2 实验方法 | 第65-74页 |
| 5.2.1 试剂与仪器 | 第65页 |
| 5.2.2 小鼠基因组中 RFX1 蛋白结构分析 | 第65页 |
| 5.2.3 RFX1 结合位点序列分析 | 第65-66页 |
| 5.2.4 DNA 与蛋白质亲和实验 | 第66-70页 |
| 5.2.5 非变性核蛋白的提取 | 第70-71页 |
| 5.2.6 蛋白质电泳及 western blot 检测 | 第71-74页 |
| 5.3 鼠脑组织中 RBPs 基因启动子中 RFX1 结合位点预测 | 第74-75页 |
| 5.4 实验结果与分析 | 第75-82页 |
| 5.4.1 小鼠基因组中 RFX1 蛋白结构分析 | 第75-77页 |
| 5.4.2 小鼠基因组中 RFX1 结合位点序列分析 | 第77-78页 |
| 5.4.3 DNA 与蛋白亲和实验 | 第78-81页 |
| 5.4.4 RBPs 基因启动子中 RFX1 结合位点预测结果 | 第81-82页 |
| 5.5 小结 | 第82-84页 |
| 第6章 小鼠脑组织 RFX1 染色质免疫沉淀 | 第84-97页 |
| 6.1 材料与方法 | 第85页 |
| 6.1.1 实验材料 | 第85页 |
| 6.2 实验方法 | 第85-91页 |
| 6.2.1 试剂与仪器 | 第85页 |
| 6.2.2 试剂配制 | 第85-86页 |
| 6.2.3 取材 | 第86-87页 |
| 6.2.4 超声 | 第87页 |
| 6.2.5 染色质免疫沉淀 | 第87-88页 |
| 6.2.6 回收 DNA 样品 | 第88页 |
| 6.2.7 ChIP 样品的 PCR 及 Q-PCR 鉴定 | 第88-91页 |
| 6.3 结果 | 第91-96页 |
| 6.3.1 超声结果检测 | 第91-92页 |
| 6.3.2 PCR 检测 ChIP 结果 | 第92-93页 |
| 6.3.3 ChIP 测序数据拟分析流程 | 第93-94页 |
| 6.3.4 ChIP-Seq 的优势 | 第94-96页 |
| 6.4 小结 | 第96-97页 |
| 结论 | 第97-99页 |
| 参考文献 | 第99-112页 |
| 附录 A 攻读学位期间所发表的学术论文目录 | 第112-113页 |
| 附录 B 附表 | 第113-120页 |
| 致谢 | 第120-121页 |
