| 摘要 | 第8-10页 |
| ABSTRACT | 第10-11页 |
| 缩略语表 | 第12-14页 |
| 第一章 噬菌体研究综述 | 第14-39页 |
| 1. 噬菌体的基本特性 | 第14-20页 |
| 1.1 噬菌体的发现 | 第14-15页 |
| 1.2 噬菌体的结构、形态与分类 | 第15-17页 |
| 1.3 噬菌体的生活史 | 第17-20页 |
| 2. 前噬菌体 | 第20-26页 |
| 2.1 前噬菌体的普遍性分布 | 第20-21页 |
| 2.2 前噬菌体的种类 | 第21-23页 |
| 2.3 前噬菌体的进化 | 第23-24页 |
| 2.4 前噬菌体的诱导 | 第24-26页 |
| 3. 噬菌体的穿孔素 | 第26-34页 |
| 3.1 穿孔素的分子及结构特征 | 第27-30页 |
| 3.2 穿孔素蛋白的多样性及分类 | 第30-31页 |
| 3.3 穿孔素的成孔机制 | 第31-33页 |
| 3.4 穿孔素同源蛋白 | 第33-34页 |
| 4. 苏云金芽胞杆菌及其噬菌体研究概述 | 第34-38页 |
| 4.1 苏云金芽胞杆菌概述 | 第34页 |
| 4.2 苏云金芽胞杆菌噬菌体研究历史及现状 | 第34-38页 |
| 5. 本研究的目的与意义 | 第38-39页 |
| 第二章 苏云金芽胞杆菌噬菌体的分离及特征分析 | 第39-70页 |
| 1. 实验材料和方法 | 第40-46页 |
| 1.1 实验材料 | 第40-42页 |
| 1.1.1 菌株 | 第40页 |
| 1.1.2 培养基 | 第40页 |
| 1.1.3 缓冲液及试剂 | 第40-42页 |
| 1.2 实验方法 | 第42-46页 |
| 1.2.1 苏云金芽胞杆菌生长曲线的测定 | 第42页 |
| 1.2.2 溶源性噬菌体的诱导 | 第42页 |
| 1.2.3 土壤中噬菌体的分离纯化 | 第42-43页 |
| 1.2.4 噬菌体效价的测定 | 第43-44页 |
| 1.2.5 噬菌体的浓缩 | 第44页 |
| 1.2.6 噬菌体的电镜观察 | 第44页 |
| 1.2.7 噬菌体的宿主谱检测 | 第44页 |
| 1.2.8 噬菌体DNA的提取 | 第44-45页 |
| 1.2.9 噬菌体基因组测序、组装及注释 | 第45页 |
| 1.2.10 信息学分析 | 第45-46页 |
| 2. 结果与分析 | 第46-68页 |
| 2.1 苏云金芽胞杆菌溶源性噬菌体分离 | 第46-50页 |
| 2.1.1 溶源菌YBT-1765中噬菌体的诱导及检测 | 第46-49页 |
| 2.1.2 苏云金芽胞杆菌溶源菌噬菌体的诱导分离及检测 | 第49-50页 |
| 2.2 苏云金芽胞杆菌烈性噬菌体的分离 | 第50-52页 |
| 2.3 苏云金芽胞杆菌噬菌体的的形态特征 | 第52-53页 |
| 2.4 苏云金芽胞杆菌噬菌体的宿主谱 | 第53-54页 |
| 2.5 苏云金芽胞杆菌噬菌体的基因组测序及分析 | 第54-62页 |
| 2.5.1 噬菌体的测序策略 | 第54-55页 |
| 2.5.2 苏云金芽胞杆菌噬菌体基因组的基本特征 | 第55-58页 |
| 2.5.3 苏云金芽胞杆菌噬菌体的基因组结构 | 第58-62页 |
| 2.6 芽胞杆菌噬菌体间的比较基因组学分析 | 第62-66页 |
| 2.7 苏云金芽胞杆菌标准血清型菌株噬菌体的诱导检测 | 第66-68页 |
| 2.7.1 苏云金芽胞杆菌溶源性噬菌体形态多样 | 第66-67页 |
| 2.7.2 苏云金芽胞杆菌溶源性噬菌体的宏基因组测序及分析 | 第67-68页 |
| 3. 结论与讨论 | 第68-70页 |
| 第三章 低丰度溶源性噬菌体的发现及普遍性研究 | 第70-99页 |
| 1. 实验材料与方法 | 第71-74页 |
| 1.1 实验材料 | 第71页 |
| 1.2 培养基 | 第71-72页 |
| 1.3 实验方法 | 第72-74页 |
| 1.3.1 低丰度reads的组装 | 第72页 |
| 1.3.2 PCR反应及测序 | 第72-73页 |
| 1.3.3 检测CRISPR spacer序列数据库 | 第73-74页 |
| 2. 结果与分析 | 第74-95页 |
| 2.1 低丰度溶源性噬菌体的发现及其普遍性 | 第74-79页 |
| 2.1.1 YBT-1765中溶源性噬菌体BMBtpLA的发现 | 第74-76页 |
| 2.1.2 低丰度溶源性噬菌体在细菌中是普遍存在的 | 第76-79页 |
| 2.2 BMBtpLAs噬菌体的基因组特征 | 第79-84页 |
| 2.2.1 BMBtpLAs噬菌体的基因组基本特征 | 第79-83页 |
| 2.2.2 BMBtpLAs噬菌体基因组中的新基因 | 第83-84页 |
| 2.3 BMBtpLAs噬菌体基因组编码的特殊蛋白 | 第84-86页 |
| 2.4 BMBtpLAs噬菌体的宿主谱预测 | 第86-88页 |
| 2.5 BMBtpLAs噬菌体代表了3个新的芽胞杆菌噬菌体类群 | 第88-93页 |
| 2.6 BMBtpLAs噬菌体在 cereus群细菌基因组中普遍存在 | 第93-95页 |
| 3. 结论和讨论 | 第95-99页 |
| 第四章 新型噬菌体穿孔素蛋白Bth1的功能鉴定 | 第99-142页 |
| 1. 实验材料和方法 | 第101-117页 |
| 1.1 实验材料 | 第101-106页 |
| 1.1.1 噬菌体、菌株、质粒和引物 | 第101-103页 |
| 1.1.2 培养基 | 第103页 |
| 1.1.3 试剂 | 第103-106页 |
| 1.2 实验方法 | 第106-117页 |
| 1.2.1 DNA及RNA相关操作 | 第106-111页 |
| 1.2.2 质粒转化 | 第111-112页 |
| 1.2.3 蛋白相关操作 | 第112-114页 |
| 1.2.4 β-半乳糖苷酶酶活检测 | 第114-115页 |
| 1.2.5 大肠杆菌细胞电镜样品制备 | 第115页 |
| 1.2.6 荧光观察 | 第115页 |
| 1.2.7 生物膜检测 | 第115-116页 |
| 1.2.8 苏云金芽胞杆菌群游及抗逆性检测 | 第116-117页 |
| 2. 结果与分析 | 第117-139页 |
| 2.1 噬菌体BMBtp1的基因组分析 | 第117-119页 |
| 2.2 Bth1的结构分析及验证 | 第119-120页 |
| 2.3 Bth1在大肠杆菌中具有噬菌体穿孔素的功能 | 第120-128页 |
| 2.3.1 Bth1的克隆与蛋白表达 | 第120-121页 |
| 2.3.2 Bth1的表达抑制细胞生长 | 第121-123页 |
| 2.3.3 Bth1的表达使细胞β-半乳糖苷酶产生渗漏 | 第123-125页 |
| 2.3.4 Bth1在大肠杆菌中定位于细胞膜上 | 第125-127页 |
| 2.3.5 Bth1可形成寡聚体 | 第127-128页 |
| 2.4 Bth1蛋白在苏云金芽胞杆菌中的功能验证 | 第128-132页 |
| 2.4.1 Bth1功能缺失后阻碍噬菌体BMBtp1的释放 | 第128-130页 |
| 2.4.2 Bth1在苏云金芽胞杆菌中定位于细胞膜上 | 第130-132页 |
| 2.5 Bth1-like蛋白普遍存在于细菌及噬菌体基因组中 | 第132-134页 |
| 2.6 Bth1类基因对宿主的影响 | 第134-139页 |
| 2.6.1 Bth2基因的转录检测 | 第134-135页 |
| 2.6.2 Bth1-like基因与生物膜的形成 | 第135-136页 |
| 2.6.3 Bth1-1ike基因对细菌抗逆性的影响 | 第136-138页 |
| 2.6.4 Bth2基因对BMBtp1诱导的影响 | 第138-139页 |
| 3. 结论与讨论 | 第139-142页 |
| 总结 | 第142-144页 |
| 参考文献 | 第144-157页 |
| 附录 | 第157-162页 |
| 附表1 BMBtpLAs所编码的特殊ORF在2024个已知噬菌体中的分布 | 第157-159页 |
| 附图1 BMBtpLAs的ORF在nr和env_nr库中的同源序列统计 | 第159-162页 |
| 已发表和待发表的学术论文 | 第162-163页 |
| 致谢 | 第163-164页 |
