| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 1 绪论 | 第10-15页 |
| 1.1 引言 | 第10-11页 |
| 1.2 寄生虫病的简介 | 第11-12页 |
| 1.2.1 线虫的特点 | 第11页 |
| 1.2.2 绦虫的特点 | 第11-12页 |
| 1.2.3 吸虫的特点 | 第12页 |
| 1.2.4 原虫的特点 | 第12页 |
| 1.3 肠道微生物与寄生虫相互关系的简介 | 第12-14页 |
| 1.3.1 分子测序技术的发展 | 第13页 |
| 1.3.2 肠道微生物与寄生虫关系的研究 | 第13-14页 |
| 1.4 研究目的与意义 | 第14-15页 |
| 2 野生东北虎、东北豹粪便寄生虫的研究 | 第15-26页 |
| 2.1 试验材料 | 第15-16页 |
| 2.1.1 试验试剂 | 第15页 |
| 2.1.2 主要仪器 | 第15页 |
| 2.1.3 试验样品 | 第15-16页 |
| 2.2 寄生虫形态学及分子鉴定试验方法 | 第16-19页 |
| 2.2.1 虫卵的形态学观察 | 第16页 |
| 2.2.2 虫卵核酸的提取 | 第16-17页 |
| 2.2.3 PCR反应及条件 | 第17页 |
| 2.2.4 胶回收 | 第17-18页 |
| 2.2.5 感受态细胞的制备 | 第18页 |
| 2.2.6 18S、ITS-1和5.8S基因与pMD-18T载体的连接 | 第18页 |
| 2.2.7 连接产物的转化 | 第18-19页 |
| 2.3 试验结果 | 第19-26页 |
| 2.3.1 野生东北虎、东北豹肠道寄生虫虫卵种类统计与形态学观察 | 第19-21页 |
| 2.3.2 野生东北虎粪便中寄生虫PCR反应结果 | 第21页 |
| 2.3.3 野生东北虎粪便中寄生虫的测序结果 | 第21-22页 |
| 2.3.4 基于部分18S、ITS-1及5.8S序列的同源性比较及进化分析 | 第22-23页 |
| 2.3.5 野生东北虎、东北豹肠道寄生虫虫卵的平均感染强度及感染率 | 第23-25页 |
| 2.3.6 讨论 | 第25-26页 |
| 3 野生东北虎、豹肠道寄生虫与肠道微生物区系特征研究 | 第26-51页 |
| 3.1 试验材料 | 第26页 |
| 3.2 肠道微生物样品的预处理 | 第26-28页 |
| 3.2.1 核酸的提取 | 第26页 |
| 3.2.2 PCR扩增 | 第26-27页 |
| 3.2.3 DNA纯化回收 | 第27-28页 |
| 3.2.4 定量混合 | 第28页 |
| 3.3 数据的统计和分析方法 | 第28-29页 |
| 3.3.1 测序数据预处理 | 第28页 |
| 3.3.2 数据优化统计 | 第28页 |
| 3.3.3 去除嵌合体及靶区域外序列 | 第28页 |
| 3.3.4 操作分类单元(OTU)分类 | 第28页 |
| 3.3.5 赋予物种分类单元 | 第28-29页 |
| 3.3.6 主成分分析PCA | 第29页 |
| 3.3.7 非度量多维尺度分析NMDS | 第29页 |
| 3.3.8 Uni Frac分析 | 第29页 |
| 3.3.9 基于Uni Frac的heatmap图 | 第29页 |
| 3.3.10 相似性分析 (Anosim) | 第29页 |
| 3.4 试验结果 | 第29-51页 |
| 3.4.1 测序基本数据分析 | 第29-30页 |
| 3.4.2 OTU丰度等基本信息分析 | 第30-31页 |
| 3.4.3 Alpha多样性分析 | 第31-33页 |
| 3.4.4 细菌组成分析 | 第33-45页 |
| 3.4.4.1 细菌门（Phylum）的组成与丰富度 | 第33-35页 |
| 3.4.4.2 细菌门分类下纲（Class）的组成及丰富度 | 第35-38页 |
| 3.4.4.3 细菌门分类下目（Order）的组成及丰富度 | 第38-40页 |
| 3.4.4.4 细菌门分类下科（Family）的组成及丰富度 | 第40-43页 |
| 3.4.4.5 细菌门分类下属（Genus）的组成及丰富度 | 第43-45页 |
| 3.4.5 Beta多样性分析 | 第45-48页 |
| 3.4.5.1 主成分分析（PCA） | 第45-46页 |
| 3.4.5.2 非度量多维尺度分析（NMDS） | 第46-47页 |
| 3.4.5.3 基于UniFrac分析样品距离矩阵及距离热图 | 第47-48页 |
| 3.4.6 讨论 | 第48-51页 |
| 结论 | 第51-52页 |
| 参考文献 | 第52-56页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 | 第56-57页 |
| 致谢 | 第57-58页 |
