| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-7页 |
| 目录 | 第8-10页 |
| 第一章 研究背景 | 第10-23页 |
| 1.1 农作物生产中线虫的危害及其防治方法 | 第10-12页 |
| 1.2 生物防治及生防微生物的研究进展 | 第12-15页 |
| 1.3 杀线虫芽孢杆菌B16的研究现状 | 第15-18页 |
| 1.4 测序方法介绍 | 第18-21页 |
| 1.5 本研究的目的和意义 | 第21-23页 |
| 第二章 基因组和比较基因组的研究 | 第23-32页 |
| 2.1 实验材料 | 第23页 |
| 2.2 基因组分析 | 第23-32页 |
| 2.2.1 基本成分统计 | 第23-24页 |
| 2.2.2 RNA、信号肽、插入序列的预测 | 第24页 |
| 2.2.3 基因预测 | 第24页 |
| 2.2.4 基因功能注释 | 第24-25页 |
| 2.2.5 系统发育树的建立 | 第25-27页 |
| 2.2.6 毒力因子的预测 | 第27-28页 |
| 2.2.7 比较基因组的分析 | 第28-32页 |
| 2.2.7.1 共有基因和特有基因的分析 | 第29-30页 |
| 2.2.7.2 GO富集和KEGG富集分析 | 第30页 |
| 2.2.7.3 基因家族的扩增分析 | 第30-32页 |
| 第三章 结果与分析 | 第32-54页 |
| 3.1 B16基因组组分的基本统计 | 第32-34页 |
| 3.2 B16基因的预测 | 第34-41页 |
| 3.2.1 B16的基因组长度统计 | 第34-35页 |
| 3.2.2 B16基因组注释 | 第35-36页 |
| 3.2.3 B16的COG数据库的注释 | 第36-37页 |
| 3.2.4 B16的GO数据库的注释 | 第37-39页 |
| 3.2.5 B16的KEGG数据库的注释 | 第39-40页 |
| 3.2.6 B16的nr数据库和INterpro数据库注释 | 第40-41页 |
| 3.3 B16的进化发育分析 | 第41-44页 |
| 3.4 B16毒力因子的预测和分析 | 第44-47页 |
| 3.5 B16比较基因组学的分析 | 第47-54页 |
| 3.5.1 B16和其余五株芽孢杆菌的共有基因和特有基因分析 | 第47-51页 |
| 3.5.2 B16家族聚类中扩增基因和减少基因的分析 | 第51-54页 |
| 第四章 B16的结果讨论与展望 | 第54-57页 |
| 4.1 杀线虫芽孢杆菌B16的结果与讨论 | 第54-56页 |
| 4.2 杀线虫芽孢杆菌B16的未来展望 | 第56-57页 |
| 参考文献 | 第57-62页 |
| 附录 | 第62-98页 |
| 附录一 B16的GO注释和富集 | 第62-66页 |
| 附录二 B16的KEGG注释和富集 | 第66-95页 |
| 附录三 B16的毒力因子预测 | 第95-98页 |
| 致谢 | 第98-99页 |
