| 摘要 | 第9-11页 |
| ABSTRACT | 第11-12页 |
| 缩略词（ABBREVIATION） | 第13-14页 |
| 第一章 文献综述 | 第14-34页 |
| 1.1 骨骼肌概论 | 第14-15页 |
| 1.1.1 骨骼肌基本结构 | 第14页 |
| 1.1.2 骨骼肌的生长发育 | 第14-15页 |
| 1.2 肌纤维 | 第15-25页 |
| 1.2.1 肌纤维的分类 | 第15-16页 |
| 1.2.2 肌纤维的分布 | 第16页 |
| 1.2.3 不同肌纤维类型的特性 | 第16-18页 |
| 1.2.4 肌纤维类型与肉质的关系 | 第18-20页 |
| 1.2.5 调控肌纤维类型的关键信号通路 | 第20-25页 |
| 1.3 PGC1α 的研究进展 | 第25-30页 |
| 1.3.1 PGC1α 的结构特征和生物学特性 | 第25-26页 |
| 1.3.2 PGC1α 的生物学功能 | 第26-30页 |
| 1.4 转录组测序的研究概况 | 第30-33页 |
| 1.4.1 RNA-seq的基本原理及技术流程 | 第30-31页 |
| 1.4.2 RNA-seq的优势与应用范围 | 第31-32页 |
| 1.4.3 转录组测序在猪转录组学研究中的应用 | 第32-33页 |
| 1.5 研究的目的与意义 | 第33-34页 |
| 第二章 材料与方法 | 第34-54页 |
| 2.1 材料 | 第34-38页 |
| 2.1.1 转基因猪材料 | 第34页 |
| 2.1.2 主要仪器和设备 | 第34-36页 |
| 2.1.3 主要试剂及试剂盒 | 第36页 |
| 2.1.4 常用化学试剂及其配制 | 第36-38页 |
| 2.1.5 主要分子生物学软件及数据库 | 第38页 |
| 2.2 转基因猪的制备扩繁和表型检测方法 | 第38-46页 |
| 2.2.1 转基因猪的制备扩繁 | 第38-39页 |
| 2.2.2 转基因猪基因组DNA水平的检测 | 第39-40页 |
| 2.2.3 转基因猪组织样品RNA水平的检测 | 第40-41页 |
| 2.2.4 转基因猪组织中相关基因蛋白水平的检测 | 第41-43页 |
| 2.2.5 转基因猪组织样品的形态学检测 | 第43-46页 |
| 2.2.6 转基因猪的肉质测定 | 第46页 |
| 2.3 转基因猪的RNA-seq | 第46-53页 |
| 2.3.1 RNA的提取 | 第46页 |
| 2.3.2 RNA的质检方法 | 第46-47页 |
| 2.3.3 cDNA文库的建立 | 第47-50页 |
| 2.3.4 测序结果的分析 | 第50-53页 |
| 2.4 数据统计分析方法 | 第53-54页 |
| 第三章 结果与分析 | 第54-86页 |
| 3.1 PGC1α 转基因猪群的扩繁 | 第54-55页 |
| 3.2 不同月龄F1代转基因猪的PCR鉴定 | 第55页 |
| 3.3 转基因猪的性能测定 | 第55-56页 |
| 3.4 转基因猪的组织形态学检测分析 | 第56-65页 |
| 3.4.1 PGC1α 转基因猪的外观形态分析 | 第56-58页 |
| 3.4.2 PGC1α 转基因猪的HE染色 | 第58-61页 |
| 3.4.3 PGC1α 转基因猪的ATP酶染色结果 | 第61-63页 |
| 3.4.4 PGC1α 转基因猪的免疫组化 | 第63-65页 |
| 3.5 PGC1α 在F1代不同月龄转基因猪各个组织中的表达情况 | 第65-66页 |
| 3.6 转基因猪不同肌肉组织中肌纤维类型形成相关基因的转录水平表达分析 | 第66-70页 |
| 3.6.1 3月龄转基因猪腓肠肌中的肌纤维类型形成相关基因的表达分析 | 第66-67页 |
| 3.6.2 6月龄转基因猪腓肠肌中的肌纤维类型形成相关基因的表达分析 | 第67-68页 |
| 3.6.3 3月龄转基因猪背最长肌中的肌纤维类型形成相关基因的表达分析 | 第68-69页 |
| 3.6.4 6月龄转基因猪背最长肌中的肌纤维类型形成相关基因的表达分析 | 第69-70页 |
| 3.7 转基因猪腓肠肌中相关蛋白表达量的分析 | 第70-72页 |
| 3.7.1 3月龄转基因猪腓肠肌中相关蛋白表达量的分析 | 第70-71页 |
| 3.7.2 6月龄转基因猪腓肠肌中相关蛋白表达量的分析 | 第71-72页 |
| 3.8 3月龄PGC1α 转基因猪肌肉转录组测序分析结果 | 第72-86页 |
| 3.8.1 总RNA的质量检测 | 第73页 |
| 3.8.2 测序数据的评估 | 第73-74页 |
| 3.8.3 测序数据与参考序列的比对 | 第74-75页 |
| 3.8.4 基因的表达定量 | 第75-77页 |
| 3.8.5 差异表达基因筛选 | 第77-81页 |
| 3.8.6 可变剪接的分析 | 第81-83页 |
| 3.8.7 新转录本的发现 | 第83-84页 |
| 3.8.8 基因结构的优化 | 第84-86页 |
| 第四章 讨论 | 第86-91页 |
| 4.1 PGC1α 基因对肌纤维类型转化的影响 | 第86-87页 |
| 4.2 PGC1α 基因与PPAR信号通路的关系 | 第87页 |
| 4.3 PGC1α 基因与FOXO1基因的关系 | 第87-88页 |
| 4.4 PGC1α 基因与Myostatin基因的关系 | 第88-89页 |
| 4.5 PGC1α 基因与Myog基因的关系 | 第89-90页 |
| 4.6 不同月龄PGC1α 转基因猪的表型与基因表达差异 | 第90-91页 |
| 第五章 结论 | 第91-93页 |
| 5.1 主要研究成果 | 第91-92页 |
| 5.2 主要创新点 | 第92页 |
| 5.3 本研究的不足之处 | 第92页 |
| 5.4 下一步工作 | 第92-93页 |
| 参考文献 | 第93-108页 |
| 附表1 转基因猪Q-PCR引物 | 第108-109页 |
| 附表2 总RNA的各项指标 | 第109-110页 |
| 附表3 差异表达基因 | 第110-121页 |
| 附表4 GO分析中富集的基因 | 第121-128页 |
| 附表5 pathway富集基因统计表 | 第128-129页 |
| 附图1 3月龄猪腓肠肌总RNA检测图 | 第129-130页 |
| 附图2 Clean data碱基分布图 | 第130-131页 |
| 附图3 Clean data质量分布图 | 第131-132页 |
| 附图4 样品基因覆盖度 | 第132-133页 |
| 附图5 差异表达基因聚类图 | 第133-134页 |
| 附图6 ECM-receptor interaction信号通路图 | 第134-135页 |
| 附图7 PPAR信号通路图 | 第135-136页 |
| 附图8 Adipocytokine信号通路图 | 第136-137页 |
| 附图9 Insulin信号通路图 | 第137-138页 |
| 在读学位期间发表文章 | 第138-139页 |
| 致谢 | 第139-141页 |
