| 致谢 | 第4-9页 |
| 第一部分 文献综述 | 第9-37页 |
| 第一章 EST在植物基因克隆和基因表达谱研究中的应用 | 第10-14页 |
| 1 EST技术的原理和方法 | 第10-11页 |
| 2 EST在发现新基因中的应用 | 第11-13页 |
| 3 EST在转录表达谱研究中的应用 | 第13页 |
| 4 结论 | 第13-14页 |
| 第二章 cDNA微阵列技术及其应用 | 第14-23页 |
| 1 cDNA微阵列技术的生物学基础 | 第14-15页 |
| 2 cDNA微阵列技术原理 | 第15页 |
| 3 cDNA微阵列的制备 | 第15-17页 |
| 4 靶基因的标记及杂交检测 | 第17页 |
| 5 图像分析及数据提取 | 第17-18页 |
| 6 cDNA微阵列杂交结果的分析 | 第18-19页 |
| 7 cDNA微阵列的应用 | 第19-21页 |
| 7．1 基因表达检测 | 第19-20页 |
| 7．2 鉴定基因功能 | 第20-21页 |
| 7．3 用于药物开发与疾病诊断 | 第21页 |
| 8 cDNA微阵列与其它基因差异分析技术的相互补充 | 第21-22页 |
| 9 结语 | 第22-23页 |
| 第三章 谷类作物基因组的共线性 | 第23-37页 |
| 1 比较遗传学的历史回顾 | 第23-24页 |
| 2 禾本科 | 第24页 |
| 3 谷类作物基因组的结构特点 | 第24-27页 |
| 3．1 谷类作物基因组所含基因的保守性 | 第24-25页 |
| 3．2 谷类作物基因组间的共线性 | 第25-26页 |
| 3．2．1 Triticeae与水稻基因组的共线性 | 第25页 |
| 3．2．2 Panicoideae亚科与水稻基因组的共线性 | 第25-26页 |
| 3．3 谷类作物基因组非保守区域 | 第26页 |
| 3．4 谷类作物基因组中的富含基因区和“基因空洞”区 | 第26-27页 |
| 4 谷类作物基因组的进化 | 第27-28页 |
| 5 禾本科的模式植物 | 第28-29页 |
| 6 禾谷类作物共线性的利用 | 第29-30页 |
| 文献综述参考文献 | 第30-37页 |
| 第二部分 研究报告 | 第37-149页 |
| 第一章 水稻胚乳基因表达谱研究—水稻胚乳cDNA文库大规模测序及分析 | 第38-112页 |
| 中文摘要 | 第38-39页 |
| 前言 | 第39-41页 |
| 1 试验材料与方法 | 第41-43页 |
| 1．1 胚乳cDNA文库 | 第41页 |
| 1．2 质粒提取 | 第41-42页 |
| 1．3 cDNA序列测定 | 第42页 |
| 1．4 序列分析及数据库搜索 | 第42-43页 |
| 1．5 所用试剂和材料 | 第43页 |
| 2 试验结果与讨论 | 第43-79页 |
| 2．1 测序结果概况 | 第43-44页 |
| 2．2 水稻胚乳cDNA文库中功能已知基因分类 | 第44-46页 |
| 2．3 水稻胚乳ESTs文库中表达丰度较高的已知基因 | 第46-47页 |
| 2．4 胚乳贮藏淀粉的生物合成 | 第47-53页 |
| 2．4．1 细胞质中的碳代谢 | 第47-49页 |
| 2．4．2 造粉体中淀粉的合成 | 第49-53页 |
| 2．5 水稻胚乳ESTs文库中参与蛋白质合成和降解的基因 | 第53-57页 |
| 2．5．1 胚乳中的贮藏蛋白质基因 | 第53-54页 |
| 2．5．2 编码参与翻译机制的蛋白因子基因 | 第54-55页 |
| 2．5．3 编码参与肽链折叠的蛋白因子的基因 | 第55页 |
| 2．5．4 编码与蛋白降解有关的基因 | 第55-56页 |
| 2．5．5 氨基酸代谢有关基因 | 第56-57页 |
| 2．5．6 核糖体蛋白和核糖体RNA基因 | 第57页 |
| 2．6 水稻胚乳中表达的适应温度逆境的基因 | 第57-60页 |
| 2．6．1 耐低温胁迫基因 | 第57-58页 |
| 2．6．2 水稻胚乳中耐高温胁迫的基因 | 第58-60页 |
| 2．7 氧自由基清除有关基因 | 第60-62页 |
| 2．8 水稻胚乳ESTs文库中的防卫基因 | 第62-65页 |
| 2．8．1 过敏性蛋白和蛋白酶抑制因子基因 | 第62-63页 |
| 2．8．2 细胞壁对病原菌的防卫作用 | 第63-64页 |
| 2．8．3 病程相关蛋白 | 第64-65页 |
| 2．8．4 次生代谢物质的防卫反应 | 第65页 |
| 2．9 水稻胚乳ESTs文库中的重金属解毒蛋白基因和抗水胁迫基因 | 第65-66页 |
| 2．9．1 重金属解毒蛋白基因 | 第65页 |
| 2．9．2 水胁迫诱导基因 | 第65-66页 |
| 2．10 水稻胚乳ESTs文库中的转录因子基因 | 第66-69页 |
| 2．11 水稻胚乳ESTs文库中的信号转导因子基因 | 第69-73页 |
| 2．12 胚乳ESTs文库中的细胞壁和细胞质骨架蛋白基因 | 第73-74页 |
| 2．13 胚乳ESTs文库中的膜传递蛋白基因 | 第74-76页 |
| 2．14 胚乳ESTs文库中的组蛋白基因 | 第76页 |
| 2．15 胚乳ESTs文库中部分编码细胞器蛋白的基因 | 第76-79页 |
| 2．15．1 叶绿体蛋白基因 | 第76-78页 |
| 2．15．2 线粒体蛋白基因 | 第78-79页 |
| 2．15．3 液泡和油体蛋白基因 | 第79页 |
| 3 结语 | 第79-81页 |
| 4 参考文献 | 第81-88页 |
| 英文摘要 | 第88页 |
| 第一章 表格 | 第91-112页 |
| 第二章 cDNA微阵列检测萌发期水稻幼苗基因表达谱 | 第112-149页 |
| 摘要 | 第112-113页 |
| 前言 | 第113-114页 |
| 1 材料与方法 | 第114-117页 |
| 1．1 水稻品种及表型处理 | 第114页 |
| 1．2 酶及主要试剂 | 第114页 |
| 1．3 甲醛变性凝胶及主要的缓冲液的配制 | 第114页 |
| 1．4 总RNA提取 | 第114-115页 |
| 1．5 探针标记 | 第115-116页 |
| 1．6 cDNA微阵列制备 | 第116页 |
| 1．7 cDNA微阵列杂交 | 第116-117页 |
| 1．8 cDNA微阵列杂交数据提取 | 第117页 |
| 2 试验结果与讨论 | 第117-124页 |
| 2．1 转录表达谱分析 | 第117-118页 |
| 2．2 胚轴特异表达的已知基因 | 第118-119页 |
| 2．3 胚芽特异表达的已知基因 | 第119-120页 |
| 2．4 胚根特异表达的已知基因 | 第120-121页 |
| 2．5 胚芽、胚根中共同表达上调的部分已知基因 | 第121页 |
| 2．6 与糖代谢相关的已知基因 | 第121-122页 |
| 2．7 高丰度表达的已知基因 | 第122-124页 |
| 2．8 功能未知基因的表达 | 第124页 |
| 3 主要结论 | 第124-125页 |
| 4 参考文献 | 第125-127页 |
| 英文摘要 | 第127-129页 |
| 第二章 图、表 | 第129-149页 |
