基于NMR数据计算蛋白质结构的新方法
| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6页 |
| 第1章 绪论 | 第9-16页 |
| 1.1 引言 | 第9页 |
| 1.2 蛋白质NMR结构计算 | 第9-15页 |
| 1.2.1 欧氏距离信息恢复方法 | 第11-13页 |
| 1.2.2 全局优化与局域优化方法 | 第13-14页 |
| 1.2.3 分子动力学和模拟退火 | 第14-15页 |
| 1.3 本文的研究意义 | 第15-16页 |
| 第2章 计算方法 | 第16-28页 |
| 2.1 蛋白质结构模型 | 第16-18页 |
| 2.2 核磁共振方法测定蛋白质结构 | 第18-20页 |
| 2.2.1 核磁共振的原理和信息处理 | 第18页 |
| 2.2.2 化学位移 | 第18-19页 |
| 2.2.3 耦合常数 | 第19页 |
| 2.2.4 NOE效应 | 第19-20页 |
| 2.2.5 NMR测定蛋白质结构 | 第20页 |
| 2.3 分子的距离几何学 | 第20-23页 |
| 2.3.1 欧几里得空间 | 第20-21页 |
| 2.3.2 欧几里得距离矩阵 | 第21-23页 |
| 2.4 信息恢复方法 | 第23-24页 |
| 2.5 三角形约束 | 第24页 |
| 2.6 加速近端梯度下降算法 | 第24-26页 |
| 2.7 均方根偏差 | 第26-28页 |
| 第3章 两步法计算蛋白质NMR结构 | 第28-39页 |
| 3.1 蛋白质NMR结构模型 | 第28-31页 |
| 3.1.1 蛋白质结构模型的构建依据 | 第28页 |
| 3.1.2 蛋白质NMR结构模型的建立 | 第28-31页 |
| 3.2 两步法计算蛋白质NMR结构 | 第31-39页 |
| 3.2.1 两步法的理论依据 | 第31-33页 |
| 3.2.2 准确估计的NMR结构计算 | 第33-36页 |
| 3.2.3 三角形约束估计的NMR结构计算 | 第36-39页 |
| 第4章 两步法计算结果的RMSD分析 | 第39-44页 |
| 4.1 误差分析的由来 | 第39-40页 |
| 4.2 噪声模型的构建 | 第40-41页 |
| 4.3 噪声模型的恢复结果 | 第41-42页 |
| 4.4 两步法的恢复结果分析 | 第42-44页 |
| 第5章 SPROS计算蛋白质结构模型 | 第44-51页 |
| 5.1 SPROS方法的构建基础 | 第44页 |
| 5.2 公式化表达 | 第44-47页 |
| 5.3 SPROS的计算过程 | 第47-51页 |
| 结论和展望 | 第51-53页 |
| 参考文献 | 第53-58页 |
| 攻读学位期间发表论文与研究成果清单 | 第58-59页 |
| 致谢 | 第59页 |
