| 英文缩略词 | 第10-12页 |
| 中文摘要 | 第12-16页 |
| Abstract | 第16-20页 |
| 第一部分 胃癌变相关分子事件研究 | 第21-85页 |
| 前言 | 第21-25页 |
| 第一章 胃癌前病变及胃癌全基因组表达谱研究 | 第25-62页 |
| 材料与方法 | 第25-35页 |
| 1. 实验材料 | 第25-28页 |
| 1.1 胃癌前病变及胃癌活检组织样本 | 第25-26页 |
| 1.1.1 新鲜冻存组织样本 | 第25页 |
| 1.1.2 FFPE组织样本 | 第25-26页 |
| 1.2 抗体 | 第26页 |
| 1.3 主要试剂及耗材 | 第26-27页 |
| 1.4 主要仪器 | 第27页 |
| 1.5 主要生物信息学分析软件或网站 | 第27-28页 |
| 2. 实验方法 | 第28-35页 |
| 2.1 RNA提取 | 第28页 |
| 2.2 RNA完整性鉴定 | 第28-29页 |
| 2.3 基因芯片检测mRNA表达谱 | 第29-32页 |
| 2.3.1 cDNA合成 | 第29-30页 |
| 2.3.2 cRNA的合成和荧光标记 | 第30页 |
| 2.3.3 cRNA的纯化 | 第30-31页 |
| 2.3.4 纯化后的cRNA的定量和质控 | 第31页 |
| 2.3.5 芯片杂交 | 第31-32页 |
| 2.3.6 芯片清洗 | 第32页 |
| 2.3.7 芯片扫描和数据提取 | 第32页 |
| 2.4 数据预处理和标准化 | 第32-33页 |
| 2.5 胃癌前病变和癌阶段差异表达基因分析 | 第33页 |
| 2.6 胃癌变关键基因挖掘 | 第33页 |
| 2.7 搜寻潜在的胃癌早期诊断标志物 | 第33-35页 |
| 2.7.1 识别在胃癌变过程中持续上调的基因 | 第33-34页 |
| 2.7.2 IHC、评分及统计分析 | 第34页 |
| 2.7.3 利用ROC曲线评估各指标的诊断准确性 | 第34-35页 |
| 结果 | 第35-57页 |
| 1. 入组样本基本临床病理信息 | 第35-37页 |
| 1.1 用于mRNA表达谱芯片的胃癌前病变及胃癌新鲜组织样本 | 第35-36页 |
| 1.2 用于免疫组化验证的FFPE组织样本 | 第36-37页 |
| 2. 胃癌发生发展过程中分子表达谱变化特征 | 第37-43页 |
| 3. 识别胃癌变相关基因 | 第43-44页 |
| 4. 识别胃癌变关键基因 | 第44-48页 |
| 5. 胃癌早期诊断标志物鉴定 | 第48-53页 |
| 6. 利用ROC曲线评估各指标的诊断价值 | 第53-57页 |
| 讨论 | 第57-62页 |
| 第二章 胃癌前病变及胃癌TCR免疫组库研究 | 第62-85页 |
| 材料和方法 | 第62-70页 |
| 1. 实验材料 | 第62-64页 |
| 1.1 胃癌前病变及胃癌活检组织样本 | 第62页 |
| 1.2 主要试剂及配制方法 | 第62-63页 |
| 1.3 主要仪器设备 | 第63-64页 |
| 1.4 主要生物信息学分析软件及网站 | 第64页 |
| 2. 实验方法 | 第64-70页 |
| 2.1 RNA提取和完整性鉴定 | 第64页 |
| 2.2 TCRβ高通量测序 | 第64-69页 |
| 2.3 基因芯片检测mRNA表达谱 | 第69页 |
| 2.4 TCR测序数据分析 | 第69页 |
| 2.5 鉴定TCR免疫组库变异指数(TCR repertoire variation index,TVI)相关基因的预后价值 | 第69-70页 |
| 2.6 统计分析 | 第70页 |
| 结果 | 第70-82页 |
| 1. 研究对象的基本临床资料 | 第70-71页 |
| 2. TCR免疫组库测序基本统计数据 | 第71-73页 |
| 3. TCR免疫组库频率分布特征 | 第73-76页 |
| 4. 病变组织和配对邻近组织TCR免疫组库的重叠分析 | 第76页 |
| 5. 病变组织的TOP100克隆和配对邻近组织TCR免疫组库的重叠分析 | 第76-77页 |
| 6. 病变组织和配对邻近组织“top100共有T细胞克隆”的频率相似性分析 | 第77-78页 |
| 7. 识别TVI显著相关基因 | 第78-80页 |
| 8. 基于网络构建的方法筛选与胃癌总生存显著相关的基因模块 | 第80-82页 |
| 讨论 | 第82-85页 |
| 第二部分 SMC4在肺腺癌中的功能及相关分子机制研究 | 第85-120页 |
| 前言 | 第85-91页 |
| 材料与方法 | 第91-104页 |
| 1. 实验材料 | 第91-96页 |
| 1.1 人肺腺癌和配对癌旁组织样本 | 第91页 |
| 1.1.1 新鲜冻存组织样本 | 第91页 |
| 1.1.2 福尔马林固定石蜡包埋样本 | 第91页 |
| 1.2 细胞系 | 第91页 |
| 1.3 抗体 | 第91-92页 |
| 1.4 主要试剂及耗材 | 第92-95页 |
| 1.4.1 总RNA提取 | 第92页 |
| 1.4.2 实时荧光定量PCR | 第92-93页 |
| 1.4.3 免疫组织化学染色 | 第93页 |
| 1.4.4 细胞免疫荧光染色 | 第93页 |
| 1.4.5 总蛋白提取和定量 | 第93页 |
| 1.4.6 蛋白质免疫共沉淀(Western blot) | 第93-94页 |
| 1.4.7 细胞实验 | 第94-95页 |
| 1.5 常用试剂配制方法 | 第95-96页 |
| 1.6 主要仪器 | 第96页 |
| 1.7 主要分析软件 | 第96页 |
| 2. 实验方法 | 第96-104页 |
| 2.1 总RNA的提取 | 第96-97页 |
| 2.2 实时荧光定量PCR | 第97-98页 |
| 2.2.1 RNA逆转录为cDNA | 第97页 |
| 2.2.2 实时荧光定量PCR的反应体系和反应条件 | 第97-98页 |
| 2.2.3 绘制标准曲线 | 第98页 |
| 2.2.4 样本检测 | 第98页 |
| 2.3 IHC及评分 | 第98-99页 |
| 2.4 细胞生物学实验 | 第99-100页 |
| 2.4.1 细胞复苏 | 第99页 |
| 2.4.2 细胞传代 | 第99页 |
| 2.4.3 细胞冻存 | 第99页 |
| 2.4.5 细胞小干扰RNA(siRNA)瞬时转染 | 第99-100页 |
| 2.4.6 细胞增殖实验 | 第100页 |
| 2.4.7 细胞侵袭实验 | 第100页 |
| 2.5 蛋白质提取和定量 | 第100-101页 |
| 2.5.1 总蛋白提取 | 第100-101页 |
| 2.5.2 核浆分提 | 第101页 |
| 2.5.3 蛋白质浓度测定 | 第101页 |
| 2.6 免疫印迹试验Western blot | 第101-102页 |
| 2.6.1 SDS-聚丙烯凝胶电泳(SDS-PAGE) | 第101-102页 |
| 2.6.2 湿法蛋白转印 | 第102页 |
| 2.6.3 抗体孵育 | 第102页 |
| 2.6.4 化学发光成像 | 第102页 |
| 2.7 免疫共沉淀 | 第102-103页 |
| 2.8 细胞免疫荧光染色 | 第103页 |
| 2.9 统计分析 | 第103-104页 |
| 结果 | 第104-115页 |
| 1. SMC4在肺腺癌组织中表达量显著高于相应癌旁组织 | 第104-108页 |
| 2. SMC4蛋白高表达是肺腺癌独立的预后不良因素 | 第108-109页 |
| 3. SMC4敲降显著抑制A549细胞的增殖和侵袭 | 第109-112页 |
| 4. SMC4和剪切体组分DDX46存在相互作用 | 第112-115页 |
| 讨论 | 第115-120页 |
| 参考文献 | 第120-138页 |
| 基金资助 | 第138-139页 |
| 已发表与学位论文相关的英文论文 | 第139-140页 |
| 文献综述 | 第140-147页 |
| 致谢 | 第147-148页 |
