| 摘要 | 第1-15页 |
| Abstract | 第15-21页 |
| 第一章 前言 | 第21-33页 |
| ·甘蔗黑穗病 | 第21-24页 |
| ·甘蔗黑穗病的发生与危害 | 第21页 |
| ·甘蔗与黑穗病菌互作的分子机制研究 | 第21-23页 |
| ·甘蔗黑穗病防控技术 | 第23-24页 |
| ·建立灵敏高效的病原菌检测技术 | 第23-24页 |
| ·利用基因工程技术培育甘蔗黑穗病抗性品种 | 第24页 |
| ·转录组和蛋白组 | 第24-27页 |
| ·转录组学研究 | 第24-25页 |
| ·蛋白组学研究 | 第25-27页 |
| ·转录组学与蛋白组学的整合研究 | 第27页 |
| ·植物抗病机制研究进展 | 第27-31页 |
| ·β-1,3-葡聚糖酶 | 第28页 |
| ·几丁质酶 | 第28-30页 |
| ·植物转几丁质酶基因和β-1,3-葡聚糖酶基因的研究 | 第30页 |
| ·过氧化氢酶 | 第30-31页 |
| ·立题依据和研究意义 | 第31-32页 |
| ·技术路线图 | 第32-33页 |
| 第二章 基于实时荧光定量PCR检测甘蔗黑穗病菌研究 | 第33-46页 |
| ·材料与方法 | 第33-37页 |
| ·甘蔗黑穗病菌菌株分离及其基因组DNA提取 | 第33页 |
| ·甘蔗基因组DNA提取 | 第33页 |
| ·甘蔗黑穗病菌bE基因特异引物与TaqMan探针合成 | 第33-34页 |
| ·TaqMan实时荧光定量PCR检测体系建立与结果判定 | 第34页 |
| ·标准品的制备、质粒拷贝数浓度换算及标准曲线构建 | 第34-35页 |
| ·引物探针的特异性检测 | 第35页 |
| ·TaqMan实时荧光定量PCR和传统PCR的灵敏度比较 | 第35-36页 |
| ·阳性质粒检出限对比实验 | 第35页 |
| ·甘蔗样品检出限对比实验 | 第35-36页 |
| ·甘蔗黑穗病菌冬孢子萌发观察及生长曲线测定 | 第36页 |
| ·甘蔗组培苗接种黑穗病菌的TaqMan实时荧光定量PCR检测 | 第36页 |
| ·利用TaqMan实时荧光定量PCR技术评价甘蔗抗黑穗病性 | 第36页 |
| ·实验数据的统计方法 | 第36-37页 |
| ·结果与分析 | 第37-43页 |
| ·引物及探针特异性检测 | 第37页 |
| ·标准曲线制作 | 第37-38页 |
| ·TaqMan实时荧光定量PCR检测灵敏性 | 第38-40页 |
| ·阳性质粒检出限对比实验 | 第38-39页 |
| ·甘蔗样品检出限对比实验 | 第39-40页 |
| ·甘蔗黑穗病菌冬孢子萌发观察及生长曲线测定 | 第40-41页 |
| ·甘蔗组培苗接种黑穗病菌的TaqMan实时荧光定量PCR检测 | 第41-42页 |
| ·不同基因型甘蔗植株黑穗病菌数量分析 | 第42-43页 |
| ·讨论 | 第43-46页 |
| 第三章 甘蔗应答黑穗病菌侵染的转录组分析 | 第46-89页 |
| ·材料与方法 | 第46-54页 |
| ·植物材料与病原菌接种 | 第46页 |
| ·总RNA提取、cDNA文库构建及Illumina测序 | 第46-48页 |
| ·mRNA纯化 | 第47页 |
| ·打断mRNA | 第47-48页 |
| ·cDNA的合成 | 第48页 |
| ·片段选择 | 第48页 |
| ·PCR扩增 | 第48页 |
| ·上机测序 | 第48页 |
| ·数据基本处理与分析 | 第48-52页 |
| ·样品Unigene聚类 | 第49页 |
| ·基因结构注释 | 第49-50页 |
| ·基因表达分析 | 第50-51页 |
| ·基因功能注释 | 第51-52页 |
| ·数据个性化分析 | 第52-54页 |
| ·不同甘蔗基因型不同接种时间点差异基因分析(两分组分析) | 第52页 |
| ·同一甘蔗基因型不同接种时间点差异基因分析(多分组分析) | 第52-54页 |
| ·实时荧光定量PCR验证 | 第54页 |
| ·结果与分析 | 第54-82页 |
| ·样品总RNA提取质量分析 | 第54-57页 |
| ·测序结果统计 | 第57页 |
| ·组装结果统计及Unigene的功能注释 | 第57-58页 |
| ·分样品组装结果统计 | 第57页 |
| ·合并组装结果统计 | 第57-58页 |
| ·Unigene的功能注释 | 第58页 |
| ·SSR及SNP分析 | 第58-59页 |
| ·不同甘蔗基因型不同接种时间点差异基因分析(两分组分析) | 第59-70页 |
| ·黑穗病菌接种后两分组差异基因筛选 | 第59-60页 |
| ·差异基因功能注释及分类(COG/GO分析) | 第60-68页 |
| ·代谢通路分析 | 第68-70页 |
| ·同一甘蔗基因型不同接种时间点差异基因分析(多分组分析) | 第70-80页 |
| ·黑穗病菌侵染后的多分组差异基因筛选 | 第70-74页 |
| ·同一甘蔗基因型不同接种时间点差异基因动态表达模式分析 | 第74-80页 |
| ·Q-PCR验证 | 第80-82页 |
| ·讨论 | 第82-89页 |
| ·关于Illumina测序技术在转录组研究中的应用 | 第82页 |
| ·关于Unigene的生物信息学注释问题 | 第82-83页 |
| ·抗性相关代谢途径及基因分析 | 第83-89页 |
| ·植物激素信号转导途径 | 第84-85页 |
| ·类黄酮生物合成途径 | 第85页 |
| ·植物与病原菌互作途径 | 第85-86页 |
| ·细胞壁防御途径 | 第86页 |
| ·抗性相关转录因子 | 第86-89页 |
| 第四章 甘蔗应答黑穗病菌侵染的蛋白质组研究 | 第89-111页 |
| ·材料与方法 | 第89-92页 |
| ·材料 | 第89页 |
| ·蛋白质提取 | 第89页 |
| ·蛋白质量检测 | 第89页 |
| ·蛋白质酶解 | 第89页 |
| ·iTRAQ标记 | 第89-90页 |
| ·SCX分离 | 第90页 |
| ·基于Triple TOF 5600的LC-ESI-MS/MS分析 | 第90-91页 |
| ·生物信息学分析 | 第91-92页 |
| ·数据库的选择与搜索 | 第91页 |
| ·蛋白质鉴定信息统计 | 第91页 |
| ·GO注释 | 第91页 |
| ·COG注释 | 第91页 |
| ·Pathway代谢通路注释 | 第91页 |
| ·差异蛋白的GO及Pathway富集分析 | 第91-92页 |
| ·结果与分析 | 第92-102页 |
| ·蛋白质检测 | 第92页 |
| ·蛋白质鉴定 | 第92-95页 |
| ·肽段质量监督评估 | 第92-93页 |
| ·基本鉴定信息 | 第93-94页 |
| ·蛋白组的整体分布分析 | 第94-95页 |
| ·蛋白注释 | 第95-97页 |
| ·GO分析 | 第95-96页 |
| ·COG分析 | 第96页 |
| ·Pathway分析 | 第96-97页 |
| ·差异蛋白统计分析 | 第97-99页 |
| ·差异蛋白GO富集分析 | 第97-98页 |
| ·差异蛋白的Pathway富集分析 | 第98-99页 |
| ·蛋白质组与转录组的关联分析 | 第99-102页 |
| ·蛋白质组与转录组关联数量关系 | 第99-100页 |
| ·蛋白质组与转录组关联表达相关性 | 第100页 |
| ·关联差异蛋白分析 | 第100-102页 |
| ·讨论 | 第102-111页 |
| 第五章 甘蔗β-1,3-葡聚糖酶基因ScGluA1和ScGluD1的克隆与鉴定 | 第111-136页 |
| ·材料与方法 | 第111-118页 |
| ·实验材料与处理 | 第111-112页 |
| ·β-1,3-葡聚糖酶酶活测定 | 第112页 |
| ·DNA、RNA提取及cDNA合成 | 第112页 |
| ·甘蔗β-1,3-葡聚糖酶基因的电子克隆 | 第112-113页 |
| ·甘蔗β-1,3-葡聚糖酶基因的实验克隆 | 第113-114页 |
| ·序列生物信息学分析 | 第114页 |
| ·ScGluA1-GFP和ScGluD1-GFP融合蛋白的亚细胞定位 | 第114-115页 |
| ·原核表达载体构建与表达分析 | 第115页 |
| ·原核表达菌株外源胁迫验证 | 第115-116页 |
| ·基因表达模式分析 | 第116页 |
| ·ScGluA1和ScGluD1在烟草中过表达对病原菌防御反应的效应分析 | 第116页 |
| ·ScGluA1和ScGluD1过表达载体的烟草遗传转化 | 第116-118页 |
| ·烟草无菌苗的准备 | 第116-117页 |
| ·转基因烟草的获得 | 第117页 |
| ·转基因阳性苗的鉴定 | 第117页 |
| ·ScGluA1和ScGluD1转基因烟草的体外抑菌活性验证 | 第117-118页 |
| ·结果与分析 | 第118-132页 |
| ·甘蔗β-1,3-葡聚糖酶酶活测定 | 第118页 |
| ·β-1,3-葡聚糖酶基因的克隆 | 第118-120页 |
| ·ScGluA1和ScGluD1基因的生物信息学分析 | 第120-123页 |
| ·亚细胞定位 | 第123-124页 |
| ·原核表达载体构建与蛋白表达分析 | 第124-126页 |
| ·原核表达载体外源胁迫验证 | 第126-128页 |
| ·基因表达模式分析 | 第128-130页 |
| ·ScGluA1和ScGluD1在烟草中过表达对病原菌防御反应的效应分析 | 第130页 |
| ·转ScGluA1和ScGluD1烟草阳性苗鉴定 | 第130-131页 |
| ·转ScGluA1烟草的体外抑菌活性验证 | 第131-132页 |
| ·讨论 | 第132-136页 |
| 第六章 甘蔗几丁质酶基因ScChi的克隆与鉴定 | 第136-158页 |
| ·材料与方法 | 第136-142页 |
| ·实验材料与处理 | 第136页 |
| ·几丁质酶活测定 | 第136-137页 |
| ·RNA提取和cDNA合成 | 第137页 |
| ·甘蔗几丁质酶ScChi基因克隆与序列分析 | 第137-139页 |
| ·亚细胞定位分析 | 第139页 |
| ·原核表达分析 | 第139-140页 |
| ·ScChi在不同甘蔗组织和外源胁迫下的基因表达模式分析 | 第140页 |
| ·ScChi瞬时表达分析 | 第140-141页 |
| ·组织化学分析 | 第141页 |
| ·电导率测定 | 第141页 |
| ·ScChi在烟草中过表达对病原菌防御反应的效应分析 | 第141-142页 |
| ·ScChi过表达载体的烟草遗传转化 | 第142页 |
| ·转ScChi基因烟草的体外抑菌活性验证 | 第142页 |
| ·结果与分析 | 第142-155页 |
| ·几丁质酶酶活测定 | 第142-143页 |
| ·甘蔗几丁质酶基因ScChi的克隆与序列分析 | 第143-146页 |
| ·ScChi亚细胞定位分析 | 第146-147页 |
| ·ScChi基因原核表达分析 | 第147-148页 |
| ·不同非生物胁迫下ScChi在大肠杆菌细胞中的表达分析 | 第148-149页 |
| ·ScChi组织特异性表达分析 | 第149页 |
| ·不同胁迫条件下ScChi的基因表达模式分析 | 第149-151页 |
| ·瞬时表达ScChi诱发本氏烟的防御反应 | 第151-153页 |
| ·ScChi在烟草中过表达对病原菌防御反应的效应分析 | 第153-154页 |
| ·转ScChi烟草阳性苗鉴定 | 第154页 |
| ·转ScChi烟草的体外抑菌活性验证 | 第154-155页 |
| ·讨论 | 第155-158页 |
| 第七章 甘蔗过氧化氢酶基因ScCAT1的克隆与鉴定 | 第158-176页 |
| ·材料与方法 | 第158-162页 |
| ·植物材料与处理 | 第158页 |
| ·过氧化氢酶酶活分析 | 第158-159页 |
| ·植物总RNA提取 | 第159页 |
| ·甘蔗过氧化氢酶基因的克隆 | 第159-160页 |
| ·ScCAT1蛋白结构分析与系统发育树构建 | 第160页 |
| ·亚细胞定位分析 | 第160-161页 |
| ·原核表达分析 | 第161页 |
| ·Q-PCR分析ScCAT1基因表达模式 | 第161-162页 |
| ·组织化学分析 | 第162页 |
| ·DAB染色法 | 第162页 |
| ·台盼蓝染色法 | 第162页 |
| ·电导率测定 | 第162页 |
| ·结果与分析 | 第162-172页 |
| ·过氧化氢酶酶活测定 | 第162-163页 |
| ·ScCAT1基因的克隆与序列分析 | 第163-165页 |
| ·ScCAT1亚细胞定位分析 | 第165-166页 |
| ·ScCAT1基因原核表达分析 | 第166-169页 |
| ·ScCAT1的组织特异性表达分析 | 第169-170页 |
| ·不同胁迫条件下ScCAT1的基因表达模式分析 | 第170-171页 |
| ·ScCAT1在本氏烟中瞬时表达诱发植物的过敏反应 | 第171-172页 |
| ·讨论 | 第172-176页 |
| 第八章 结论与创新点 | 第176-178页 |
| ·结论 | 第176页 |
| ·主要创新点 | 第176-177页 |
| ·下阶段计划 | 第177-178页 |
| 参考文献 | 第178-190页 |
| 致谢 | 第190-191页 |
| 作者简介 | 第191页 |
