| 中文摘要 | 第1-11页 |
| Abstract | 第11-15页 |
| 缩略词索引 | 第15-16页 |
| 第一章 文献综述 | 第16-36页 |
| ·结核分枝杆菌复合群的型别 | 第17-20页 |
| ·结核病的分子流行病学研究 | 第20-23页 |
| ·结核分枝杆菌的传播与人类迁徙关系的研究分析 | 第23-26页 |
| ·结核分枝杆菌的耐药性情况 | 第26-28页 |
| ·结核分枝杆菌的耐药机制研究 | 第28-33页 |
| ·利福平的耐药基因 | 第29页 |
| ·异烟肼的耐药基因 | 第29-30页 |
| ·乙胺丁醇的耐药基因 | 第30页 |
| ·链霉素的耐药基因 | 第30-31页 |
| ·卡那霉素,阿米卡星,紫霉素和卷曲霉素的耐药基因 | 第31页 |
| ·喹诺酮类的耐药基因 | 第31页 |
| ·乙硫异烟胺的耐药基因 | 第31-32页 |
| ·补偿突变 | 第32页 |
| ·外排泵等其他潜在机制 | 第32-33页 |
| ·二代高通量测序应用 | 第33-36页 |
| 第二章 中国地区菌株的收集和全基因组测序 | 第36-56页 |
| ·引言 | 第36-37页 |
| ·材料与方法 | 第37-44页 |
| ·标本来源(161菌株) | 第37页 |
| ·试验试剂 | 第37-38页 |
| ·试验仪器 | 第38页 |
| ·菌株药敏试验、收集和测序方法 | 第38-44页 |
| ·结果与分析 | 第44-54页 |
| ·菌株的地理分布和药物间的关联 | 第44-49页 |
| ·菌株DNA的提取 | 第49页 |
| ·菌株的全基因组测序和单核苷酸多态性初步分析 | 第49-54页 |
| ·讨论 | 第54-55页 |
| ·小结 | 第55-56页 |
| 第三章 中国结核分枝杆菌的群体结构分布 | 第56-69页 |
| ·引言 | 第56页 |
| ·材料与方法 | 第56-58页 |
| ·公共序列数据(21 株已知分型和全基因组数据的结核分枝杆菌复合群) | 第56-57页 |
| ·系统发育树的构建 | 第57页 |
| ·祖先序列的估计 | 第57页 |
| ·基因COG的富集分析 | 第57页 |
| ·SIFT突变预测分析 | 第57-58页 |
| ·统计分析 | 第58页 |
| ·结果与分析 | 第58-67页 |
| ·SNP位点数目中跟群体型别之间的关系 | 第59-61页 |
| ·亚型相关的SNPs统计 | 第61-63页 |
| ·L2型和L4型亚型相关的非同义突变基因的功能富集分析 | 第63-67页 |
| ·讨论 | 第67-68页 |
| ·小结 | 第68-69页 |
| 第四章 中国结核分枝杆菌的起源和进化历程 | 第69-83页 |
| ·引言 | 第69-70页 |
| ·材料与方法 | 第70-71页 |
| ·测序数据分析 | 第70页 |
| ·贝叶斯进化分析 | 第70-71页 |
| ·结果与分析 | 第71-79页 |
| ·L2型和L4型系统发育树构建 | 第71-73页 |
| ·L2型和L4型中国的地理分布情况 | 第73-74页 |
| ·L2型和L4型共同祖先的分歧年代推测 | 第74-78页 |
| ·结核分枝杆菌突变速率的推测 | 第78-79页 |
| ·讨论 | 第79-82页 |
| ·不同结核分枝杆菌型别在全球的进化起源和迁徙路线 | 第79-80页 |
| ·L2和L4型在中国境内的可能迁徙路线和进化过程 | 第80-82页 |
| ·小结 | 第82-83页 |
| 第五章 基因组水平的结核分枝杆菌耐药相关分析 | 第83-126页 |
| ·引言 | 第83页 |
| ·材料与方法 | 第83-88页 |
| ·过滤系统发育树进化相关位点 | 第83-84页 |
| ·基因水平的突变菌株统计方式 | 第84页 |
| ·筛选耐药菌株中易发生多样突变位点的基因和间隔区 | 第84-85页 |
| ·筛选耐药菌株中易突变的基因和间隔区 | 第85-86页 |
| ·技术路线图 | 第86页 |
| ·相关性统计分析 | 第86-87页 |
| ·STITCH数据库分析 | 第87页 |
| ·启动子区域的预测 | 第87页 |
| ·dN/dS计算 | 第87-88页 |
| ·结果与分析 | 第88-123页 |
| ·过滤系统发育树相关SNPs | 第88-89页 |
| ·耐药关联的统计分析结果 | 第89-102页 |
| ·已知报道耐药基因/间隔区的突变情况 | 第102-113页 |
| ·候选耐药相关基因/间隔区的突变关系 | 第113-123页 |
| ·讨论 | 第123-125页 |
| ·候选耐药相关基因/间隔区的挖掘 | 第123页 |
| ·已知耐药相关基因/间隔区的突变情况 | 第123-124页 |
| ·候选耐药相关基因/间隔区的整体特征 | 第124-125页 |
| ·小结 | 第125-126页 |
| 第六章 全文的讨论与结论 | 第126-133页 |
| ·讨论 | 第126-130页 |
| ·进化方面的分析 | 第126-128页 |
| ·耐药方面的分析 | 第128-130页 |
| ·结论 | 第130-131页 |
| ·展望 | 第131-133页 |
| 附录 | 第133-159页 |
| 附录1 161个中国地区临床结核分枝杆菌的背景 | 第133-137页 |
| 附录2 L2与L4型别相关的SNPS | 第137-148页 |
| 附录3 COG分类缩写对应名称 | 第148-149页 |
| 附录4 85基因与32间隔区对应泊松分布概率与一线药物对应的正态分布概率 | 第149-152页 |
| 附录5 85基因与32间隔区二线药物对应正态分布的右侧累积概率 | 第152-155页 |
| 附录6 每个菌株在不同基因分类的dN/dS | 第155-159页 |
| 参考文献 | 第159-168页 |
| 致谢 | 第168-169页 |
| 攻读博士期间发表的相关论文 | 第169页 |
