| 摘要 | 第1-7页 |
| ABSTRACT | 第7-11页 |
| 第一章 文献综述 | 第11-25页 |
| ·棉花纤维的发育过程 | 第11-15页 |
| ·纤维分化与突起 | 第12-13页 |
| ·纤维伸长期及初生壁合成期 | 第13-14页 |
| ·纤维次生壁加厚期 | 第14页 |
| ·纤维脱水成熟期 | 第14-15页 |
| ·棉花纤维发育相关基因的研究进展 | 第15-19页 |
| ·转录组学研究进展 | 第19-24页 |
| ·转录组学研究方法 | 第19-22页 |
| ·棉花纤维转录组测序研究进展 | 第22-24页 |
| ·本研究的目的意义和研究内容 | 第24-25页 |
| 第二章 转录组测序结果的初步分析 | 第25-44页 |
| ·材料与方法 | 第25-29页 |
| ·植物材料 | 第25页 |
| ·RNA 的提取与质量检测 | 第25-26页 |
| ·文库构建 | 第26页 |
| ·数据分析 | 第26-29页 |
| ·结果与分析 | 第29-42页 |
| ·RNA 质量检测 | 第29-30页 |
| ·测序质量评估 | 第30-31页 |
| ·Trinity 组装 | 第31-35页 |
| ·Unigene 功能注释 | 第35-40页 |
| ·Unigene 序列方向的预测 | 第40-41页 |
| ·Unigene 编码蛋白框（CDS）的预测 | 第41-42页 |
| ·讨论 | 第42-44页 |
| 第三章 不同材料棉纤维伸长期基因的差异比较分析 | 第44-58页 |
| ·材料与方法 | 第44-46页 |
| ·植物材料 | 第44页 |
| ·RNA 的提取与质量检测 | 第44页 |
| ·基因表达量注释 | 第44页 |
| ·基因差异比较 | 第44页 |
| ·差异表达基因的 GO 功能显著性富集分析 | 第44页 |
| ·差异表达基因的 Pathway 显著性富集分析 | 第44页 |
| ·qRT-PCR | 第44-46页 |
| ·结果与分析 | 第46-54页 |
| ·差异表达基因的获得 | 第46-47页 |
| ·RNA-Seq 数据的可靠性验证 | 第47-48页 |
| ·10 DPA 纤维的差异比较分析 | 第48-54页 |
| ·讨论 | 第54-58页 |
| ·同一发育时期差异表达基因的比较分析 | 第54页 |
| ·RNA-Seq 转录组数据的可靠性验证 | 第54-55页 |
| ·10 DPA 时差异表达基因的时空表达模式分析 | 第55-58页 |
| 第四章 同一材料纤维不同发育时期基因的差异比较分析 | 第58-71页 |
| ·材料与方法 | 第58-59页 |
| ·植物材料 | 第58页 |
| ·RNA 的提取与质量检测 | 第58页 |
| ·差异比较分析 | 第58页 |
| ·差异表达基因的表达模式分析 | 第58-59页 |
| ·差异表达基因的 Pathway 显著性富集分析 | 第59页 |
| ·qRT-PCR | 第59页 |
| ·结果与分析 | 第59-67页 |
| ·不同发育时期差异表达基因的获得 | 第59页 |
| ·差异表达基因的 Pathway 分析 | 第59-60页 |
| ·差异表达基因的表达模式聚类分析 | 第60-66页 |
| ·差异表达基因的时空表达模式分析 | 第66-67页 |
| ·讨论 | 第67-71页 |
| ·不同发育时期差异表达基因的比较分析 | 第67-68页 |
| ·差异表达基因的时空表达模式分析 | 第68-71页 |
| 第五章 结论 | 第71-73页 |
| 参考文献 | 第73-81页 |
| 附录 | 第81-85页 |
| 致谢 | 第85-86页 |
| 作者简介 | 第86页 |