| 摘要 | 第1-14页 |
| ABSTRACT | 第14-17页 |
| 资源家系测定性状的英文缩写 | 第17-18页 |
| 缩略表 | 第18-19页 |
| 第一章 文献综述 | 第19-34页 |
| 1 前言 | 第19页 |
| 2 猪基因组研究现状 | 第19-20页 |
| 3 新基因的克隆方法 | 第20页 |
| 4.MRNA差异显示技术 | 第20-24页 |
| ·原理 | 第20-21页 |
| ·DD-PCR的技术改进 | 第21-22页 |
| ·有序差异显示 | 第21-22页 |
| ·PACS法 | 第22页 |
| ·差异显示基因差异表达的阳性验证 | 第22-24页 |
| ·核酸分子杂交 | 第22-23页 |
| ·PCR技术 | 第23-24页 |
| ·半定量PCR | 第23页 |
| ·实时荧光定量PCR | 第23-24页 |
| 5 拟研究的差异表达基因 | 第24-28页 |
| ·SMNDC1基因 | 第24-25页 |
| ·HOXA5基因 | 第25-26页 |
| ·TIAF1基因 | 第26-27页 |
| ·MYO18A基因 | 第27页 |
| ·POLDIP2基因 | 第27-28页 |
| ·PHKG2基因 | 第28页 |
| 6 基因启动子的研究进展 | 第28-34页 |
| ·启动子的定义及其研究的目的意义 | 第28-29页 |
| ·启动子的结构 | 第29-30页 |
| ·原核生物启动子的结构模型 | 第29页 |
| ·真核生物启动子的结构模型 | 第29-30页 |
| ·启动子的分类 | 第30页 |
| ·启动子克隆方法 | 第30-33页 |
| ·T-DNA标签技术 | 第30-31页 |
| ·基因组文库筛选 | 第31页 |
| ·利用PCR技术克隆启动子 | 第31-33页 |
| ·启动子结构与功能的研究策略 | 第33-34页 |
| 第二章 研究的目的和意义 | 第34-35页 |
| 第三章 材料与方法 | 第35-59页 |
| 1 材料 | 第35-40页 |
| ·试验样品与性状测定 | 第35页 |
| ·DNA样品 | 第35页 |
| ·用于总RNA提取的组织样品 | 第35页 |
| ·性状测定 | 第35页 |
| ·主要仪器与设备 | 第35-36页 |
| ·主要试剂与试剂盒 | 第36-37页 |
| ·常用试剂及其配制 | 第37-38页 |
| ·培养基配制 | 第37页 |
| ·其他主要化学试剂配制 | 第37-38页 |
| ·载体和菌株 | 第38-40页 |
| ·主要分子生物学软件和数据库 | 第40页 |
| 2 试验方法 | 第40-59页 |
| ·猪基因组DNA的提取 | 第40-41页 |
| ·组织总RNA的提取、浓度测定、质量检测 | 第41-42页 |
| ·组织总RNA的提取 | 第41-42页 |
| ·总RNA浓度的测定和质量检测 | 第42页 |
| ·DD-PCR | 第42-44页 |
| ·cDNA的制备 | 第42页 |
| ·差异显示PCR | 第42-44页 |
| ·SMART双链cDNA的合成 | 第44页 |
| ·差异显示EST重扩增、克隆与测序 | 第44-46页 |
| ·差异显示EST重扩增与回收 | 第44-45页 |
| ·差异显示EST的克隆和测序 | 第45-46页 |
| ·所用的菌株和克隆载体 | 第45页 |
| ·感受态细胞的制备 | 第45页 |
| ·纯化PCR产物与载体的连接 | 第45页 |
| ·连接产物的转化 | 第45-46页 |
| ·阳性克隆子的鉴定及序列测定 | 第46页 |
| ·差异显示EST的半定量RT-PCR鉴定 | 第46页 |
| ·基于差异表达EST的cDNA全长的克隆 | 第46-48页 |
| ·生物信息学克隆 | 第46页 |
| ·RACE-PCR | 第46-48页 |
| ·差异基因的表达分析 | 第48-49页 |
| ·Real-Time PCR引物设计 | 第48-49页 |
| ·差异表达基因的进一步鉴定 | 第49页 |
| ·差异表达基因的组织表达谱分析 | 第49页 |
| ·差异表达基因的基因结构分析 | 第49-52页 |
| ·差异基因启动子区的序列分离、鉴定及功能分析 | 第52-54页 |
| ·基因组步移库的构建 | 第52-54页 |
| ·基因组DNA的质量检测 | 第52-53页 |
| ·基因组DNA的消化 | 第53页 |
| ·基因组DNA消化后的纯化 | 第53页 |
| ·连接接头 | 第53-54页 |
| ·基因组PCR步移 | 第54页 |
| ·启动子功能分析 | 第54-58页 |
| ·引物设计 | 第54-55页 |
| ·目的片段的双酶切 | 第55页 |
| ·连接 | 第55-56页 |
| ·重组质粒的原核表达及鉴定 | 第56页 |
| ·质粒抽提及双酶切鉴定 | 第56页 |
| ·细胞培养和转染 | 第56-57页 |
| ·细胞培养 | 第56页 |
| ·瞬时转染 | 第56-57页 |
| ·细胞冻存与复苏 | 第57页 |
| ·荧光素酶相对活性测定与分析 | 第57-58页 |
| ·差异表达基因多态性分析和SNP与性状的关联分析 | 第58-59页 |
| 第四章 结果与分析 | 第59-116页 |
| 1 猪基因组DNA、总RNA的提取、cDNA的制备与检测结果 | 第59-60页 |
| ·基因组DNA、总RNA的提取与检测 | 第59页 |
| ·cDNA的制备与检测 | 第59-60页 |
| 2 SMART cDNA的合成 | 第60页 |
| 3 差异显示结果 | 第60-61页 |
| 4 差异显示EST | 第61-64页 |
| ·差异显示EST的重扩增 | 第61页 |
| ·差异显示EST序列的同源性比对 | 第61-64页 |
| 5 基因差异表达的半定量RT-PCR验证 | 第64-65页 |
| 6 差异基因的分离、序列鉴定以及表达分析 | 第65-106页 |
| ·P83(SMNDC1:Survival motor neuron domain containing1) | 第65-76页 |
| ·猪SMNDC1基因片段的克隆、测序及序列分析 | 第65-69页 |
| ·猪SMNDC1基因的时空表达谱分析 | 第69-71页 |
| ·猪SMNDC1基因的组织表达谱分析 | 第69页 |
| ·猪SMNDC1基因在骨骼肌不同发育时期的表达谱分析结果 | 第69页 |
| ·猪SMNDC1基因在不同品种猪骨骼肌各发育时期的比较表达谱分析 | 第69-71页 |
| ·猪SMNDC1基因启动子的克隆、生物信息学以及功能的初步分析 | 第71-76页 |
| ·猪SMNDC1基因5'侧翼序列的获得 | 第71-72页 |
| ·生物信息学预测SMNDC1基因核心启动子区及转录因子结合位点 | 第72页 |
| ·猪SMNDC1基因启动子区真核表达载体的构建 | 第72-74页 |
| ·猪SMNDC1基因启动子重组质粒的活性测定与分析 | 第74-76页 |
| ·P110(HOXA5:Homeobox A5) | 第76-84页 |
| ·猪HOXA5基因片段的克隆、测序及序列分析 | 第76-78页 |
| ·猪HOXA5基因的时空表达谱分析 | 第78-81页 |
| ·猪HOXA5基因的组织表达谱分析 | 第78页 |
| ·猪HOXA5基因在骨骼肌不同发育时期的表达谱分析 | 第78-81页 |
| ·HOXA5基因多态性与性状的关联分析 | 第81-84页 |
| ·猪HOXA5基因多态性扫描及分型方法的建立 | 第81-82页 |
| ·猪HOXA5基因C1817A位点在不同品种猪群中的基因型及基因频率分布 | 第82页 |
| ·HOXA5基因C1817A位点与猪胴体、肉质性状的关联分析 | 第82-84页 |
| ·P167(TIAF1:TGFB1-induced anti-apoptotic factor 1) | 第84-94页 |
| ·猪TIAF1基因片段的克隆、测序及序列分析 | 第84-86页 |
| ·猪TIAF1基因的表达谱分析 | 第86-89页 |
| ·猪TIAF1基因的组织表达谱分析 | 第86页 |
| ·猪TIAF1基因在骨骼肌不同发育时期的表达谱分析结果 | 第86页 |
| ·猪TIAF1基因在大白猪和梅山猪不同组织的比较表达谱分析 | 第86-89页 |
| ·TIAF1基因多态性与性状的关联分析 | 第89-94页 |
| ·猪TIAF1基因多态性扫描及分型方法的建立 | 第89-90页 |
| ·猪TIAF1基因缺失突变位点(PCR-Eco47 I-RFLP)多态性等位基因在大白猪和梅山猪不同组织中的表达谱分析 | 第90页 |
| ·猪TIAF1基因缺失突变位点(PCR-Eco47 I-RFLP)与胴体、肉质性状的关联分析 | 第90-94页 |
| ·P167(MYO18A:Myosin ⅩⅧa) | 第94-98页 |
| ·猪MYO18A基因片段的克隆、测序及序列分析 | 第94页 |
| ·猪MYO18A基因的组织表达谱分析 | 第94-98页 |
| ·P114(POLDIP2:Polymerase(DNA-directed),delta interacting protein 2) | 第98-106页 |
| ·猪POLDIP2基因片段的克隆、测序及序列分析 | 第98-102页 |
| ·猪POLDIP2基因的组织表达谱分析 | 第102页 |
| ·POLDIP2基因多态性与性状的关联分析 | 第102-106页 |
| ·猪POLDIP2基因多态性扫描及分型方法的建立 | 第102-103页 |
| ·猪POLDIP2基因C306A位点(PCR-BsuR I-RFLP)在不同品种猪群中的基因型及基因频率分布 | 第103页 |
| ·猪POLDIP2基因C306A位点(PCR-BsuR I-RFLP)与胴体、肉质性状的关联分析 | 第103-106页 |
| 7 候选差异基因PHKG2的分离、序列鉴定以及表达分析 | 第106-116页 |
| ·猪PHKG2基因片段的克隆、测序及序列分析 | 第106-108页 |
| ·猪PHKG2基因的组织表达谱分析 | 第108-109页 |
| ·PHKG2基因多态性与性状的关联分析 | 第109-116页 |
| ·猪PHKG2基因多态性扫描及分型方法的建立 | 第109页 |
| ·猪PHKG2基因G785A、G866A和G875A三个突变位点在不同品种猪群中的基因型及基因频率分布 | 第109-110页 |
| ·猪PHKG2基因G785A、G866A和G875A三个多态位点组成的单倍型分析 | 第110页 |
| ·猪PHKG2基因G785A、G866A和G875A三个多态位点与胴体、肉质性状的关联分析 | 第110-116页 |
| 第五章 讨论 | 第116-124页 |
| 1 肝脏的重要生理功能 | 第116页 |
| 2 关于MRNA差异显示技术 | 第116-117页 |
| 3 关于差异表达基因的鉴定 | 第117-118页 |
| 4 关于猪新基因的时空表达谱分析 | 第118-120页 |
| ·猪SMNDC1基因的表达谱分析 | 第118页 |
| ·猪HOXA5基因的表达谱分析 | 第118-119页 |
| ·猪TIAF1基因的表达谱分析 | 第119页 |
| ·猪MYO18A、POLDIP2和PHKG2基因的表达谱分析 | 第119-120页 |
| 5 关于启动子的克隆方法 | 第120页 |
| 6 关于猪SMNDC1基因启动子区真核表达载体的构建 | 第120-121页 |
| 7 关于双荧光素酶报告基因检测系统 | 第121页 |
| 8 关于分子标记的遗传效应 | 第121-123页 |
| ·HOXA5基因内含子C1817A-Bpu1102 I-RFLP遗传效应分析 | 第121-122页 |
| ·TIAF1基因外显子缺失突变(PCR-Eco47 I-RFLP)遗传效应分析 | 第122页 |
| ·POLDIP2基因第3外显子C306A-BsuR I-RFLP遗传效应分析 | 第122页 |
| ·PHKG2基因多态的遗传效应分析 | 第122-123页 |
| 9 下一步工作 | 第123-124页 |
| 小结 | 第124-125页 |
| 参考文献 | 第125-135页 |
| 附录 | 第135-138页 |
| 部分差异表达EST序列 | 第135-138页 |
| 在读期间已发表和投稿论文及申请专利 | 第138-139页 |
| 致谢 | 第139页 |
