基于PBIL算法的蛋白质二级结构预测方法研究
| 摘要 | 第1-10页 |
| ABSTRACT | 第10-11页 |
| 第一章 绪论 | 第11-29页 |
| ·引言 | 第11-12页 |
| ·进化计算 | 第12-18页 |
| ·进化计算的生物学基础 | 第13-14页 |
| ·进化计算的主要分支 | 第14-16页 |
| ·进化计算的主要特点和基本特征 | 第16-17页 |
| ·进化计算的主要应用 | 第17-18页 |
| ·蛋白质二级结构预测 | 第18-27页 |
| ·蛋白质结构基础与蛋白质结构预测 | 第18-21页 |
| ·常用蛋白质二级结构预测方法介绍 | 第21-25页 |
| ·基于统计的方法 | 第21-22页 |
| ·基于知识的方法 | 第22-23页 |
| ·混合预测方法 | 第23-25页 |
| ·几个常用的数据库介绍 | 第25-27页 |
| ·本文研究内容 | 第27页 |
| ·主要研究成果 | 第27-28页 |
| ·论文结构 | 第28-29页 |
| 第二章 PBIL进化算法研究 | 第29-50页 |
| ·PBIL进化算法基本原理 | 第29-32页 |
| ·PBIL进化算法基本原理 | 第29-30页 |
| ·PBIL算法同遗传算法的关系 | 第30页 |
| ·对PBIL算法的分析 | 第30-32页 |
| ·D-PBIL算法 | 第32-35页 |
| ·相关定义 | 第32页 |
| ·概率的初始化及进化过程中概率的采样 | 第32-34页 |
| ·等位基因概率的修正及进化结束条件 | 第34页 |
| ·算法描述 | 第34-35页 |
| ·D-PBIL算法与PBIL算法的对比测试与分析 | 第35-40页 |
| ·测试内容 | 第35页 |
| ·测试结果与分析 | 第35-39页 |
| ·结论 | 第39-40页 |
| ·D-PBIL算法的实例仿真与分析 | 第40-48页 |
| ·JSP测试 | 第40-42页 |
| ·7×3规模测试 | 第41页 |
| ·30×10规模测试 | 第41-42页 |
| ·结论 | 第42页 |
| ·FJSP测试 | 第42-48页 |
| ·参数对算法的影响 | 第44-46页 |
| ·测试的结果与分析 | 第46-48页 |
| ·结论 | 第48页 |
| ·本章小结 | 第48-50页 |
| 第三章 基于D-PBIL算法的蛋白质二级结构预测 | 第50-66页 |
| ·蛋白质数据的获取与处理 | 第50-54页 |
| ·蛋白质数据的获取与初步处理 | 第50-51页 |
| ·蛋白质数据的统计分析 | 第51-54页 |
| ·基于D-PBIL算法的蛋白质二级结构预测 | 第54-57页 |
| ·PPDPsec方法的基本思想与具体流程 | 第54-55页 |
| ·初始概率矩阵的构造 | 第55页 |
| ·初始种群的产生以及适应度函数F的构造 | 第55-56页 |
| ·适应度函数的改进 | 第56-57页 |
| ·概率矩阵的修正 | 第57页 |
| ·PPDPsec方法的预测结果及其分析 | 第57-64页 |
| ·对已知结构蛋白质的预测 | 第58-60页 |
| ·CASP4中蛋白质的测试结果及分析 | 第60-63页 |
| ·在CASP4蛋白质预测中与其它算法的比较 | 第63-64页 |
| ·本章小结 | 第64-66页 |
| 第四章 总结与展望 | 第66-68页 |
| 致谢 | 第68-69页 |
| 参考文献 | 第69-72页 |
| 附录Ⅰ 攻读硕士期间发表的论文 | 第72-73页 |
| 附录Ⅱ 三残基概率统计表(部分) | 第73页 |
