| 作者简介 | 第1-4页 |
| 摘要 | 第4-6页 |
| ABSTRACT | 第6-12页 |
| 第一章 绪论 | 第12-28页 |
| ·研究背景 | 第12-18页 |
| ·蛋白质网络 | 第12-14页 |
| ·蛋白质网络计算分析 | 第14-18页 |
| ·研究意义 | 第18-19页 |
| ·相关研究工作 | 第19-24页 |
| ·基于层次聚类的算法 | 第19-21页 |
| ·基于图划分的聚类算法 | 第21-22页 |
| ·基于密度的聚类算法 | 第22-23页 |
| ·基于网络比对算法 | 第23页 |
| ·其他聚类算法 | 第23-24页 |
| ·本文主要研究工作 | 第24-25页 |
| ·本文的组织结构 | 第25-28页 |
| 第二章 基于GN和MCODE组合算法识别蛋白质复合体 | 第28-40页 |
| ·相关定义 | 第28-30页 |
| ·蛋白质网络的图表示 | 第28-29页 |
| ·模块结构过滤标准 | 第29-30页 |
| ·组合算法CMG | 第30-32页 |
| ·MCODE和GN算法分析 | 第30-31页 |
| ·组合算法CMG | 第31-32页 |
| ·实验结果与分析 | 第32-38页 |
| ·实验数据 | 第32-33页 |
| ·CMG算法结果评估 | 第33-35页 |
| ·CMG与MCODE和GN算法比较 | 第35-37页 |
| ·参数对聚类结果的影响 | 第37-38页 |
| ·本章小结 | 第38-40页 |
| 第三章 基于局部密度和随机游走识别蛋白质复合体算法 | 第40-52页 |
| ·相关定义 | 第40-42页 |
| ·图的相关定义 | 第40-41页 |
| ·蛋白质复合体评估标准 | 第41-42页 |
| ·基于局部密度和随机游走算法LDRM | 第42-45页 |
| ·挖掘蛋白质复合体的核 | 第42-43页 |
| ·形成核-附件结构蛋白质复合体 | 第43-45页 |
| ·实验结果和分析 | 第45-49页 |
| ·实验数据 | 第45页 |
| ·查全率和查准率分析 | 第45-46页 |
| ·基因匹配率和p-value分析 | 第46页 |
| ·敏感性、阳性预测值和准确性分析 | 第46-47页 |
| ·复合体实例分析 | 第47-49页 |
| ·有权图中的比较分析 | 第49页 |
| ·本章小结 | 第49-52页 |
| 第四章 基于最大频繁模式识别蛋白质复合体算法 | 第52-64页 |
| ·相关定义 | 第53-54页 |
| ·蛋白质候选核 | 第53页 |
| ·蛋白质复合体评估标准 | 第53-54页 |
| ·基于最大频繁模式算法CCIMFP | 第54-58页 |
| ·识别蛋白质复合体的核 | 第55-56页 |
| ·形成核-附件结构蛋白质复合体 | 第56-58页 |
| ·实验结果和分析 | 第58-62页 |
| ·实验数据 | 第58页 |
| ·结果比较及分析 | 第58-61页 |
| ·蛋白质复合体功能分析 | 第61-62页 |
| ·本章小结 | 第62-64页 |
| 第五章 基于度分布的层次凝聚算法识别蛋白质复合体 | 第64-78页 |
| ·模块衡量标准 | 第64页 |
| ·层次凝聚算法ADHAC | 第64-66页 |
| ·基于度分布定义功能模块 | 第64-65页 |
| ·定量函数AVGD | 第65页 |
| ·层次凝聚算法ADHAC | 第65-66页 |
| ·实验结果与分析 | 第66-77页 |
| ·实验数据 | 第66-67页 |
| ·与MIPS和GO数据库中已知蛋白质复合体比较 | 第67-72页 |
| ·无权网络中算法比较及分析 | 第72-73页 |
| ·有权网路中算法比较及分析 | 第73-77页 |
| ·参数ω对聚类结果的影响 | 第77页 |
| ·本章小结 | 第77-78页 |
| 第六章 复杂网络模块划分评价函数 | 第78-92页 |
| ·度模块性函数DQ定义 | 第79-80页 |
| ·DQ改进模块性Q的分解极限 | 第80-83页 |
| ·DQ分解完全连通图 | 第80-81页 |
| ·DQ分解完全连通图环网络 | 第81-82页 |
| ·DQ分解不同规模完全连通图 | 第82-83页 |
| ·实验结果与分析 | 第83-90页 |
| ·人工网络 | 第83-84页 |
| ·Zachary跆拳道俱乐部网络 | 第84-85页 |
| ·足球俱乐部网络 | 第85-86页 |
| ·蛋白质网络 | 第86-90页 |
| ·本章小结 | 第90-92页 |
| 第七章 结束语 | 第92-96页 |
| ·总结 | 第92-93页 |
| ·展望 | 第93-96页 |
| 致谢 | 第96-98页 |
| 参考文献 | 第98-112页 |
| 攻读博士学位期间的研究成果 | 第112-113页 |
| 学术论文 | 第112页 |
| 参加研究的科研项目 | 第112-113页 |