| 摘要 | 第7-9页 |
| ABSTRACT | 第9-11页 |
| 符号说明 | 第12-14页 |
| 第一部分 文献综述 | 第14-33页 |
| 第一章 文献综述 | 第14-33页 |
| 1 被子植物的多样性 | 第14-15页 |
| 1.1 种子贮藏物质的差异 | 第14页 |
| 1.2 豆科植物与根瘤菌共生固氮 | 第14-15页 |
| 2 植物油脂合成的研究进展 | 第15-20页 |
| 2.1 油脂合成途径 | 第15-18页 |
| 2.1.1 脂肪酸合成 | 第15-16页 |
| 2.1.2 三酰甘油的合成 | 第16-17页 |
| 2.1.3 油体的形成 | 第17-18页 |
| 2.2 油脂合成途径的转录调控 | 第18-19页 |
| 2.3 油脂合成途径研究的存在问题 | 第19-20页 |
| 3 豆科植物根瘤固氮的研究进展 | 第20-22页 |
| 3.1 根瘤的形成及生物固氮的分子基础 | 第20-21页 |
| 3.2 豆科植物根瘤固氮研究的存在问题 | 第21-22页 |
| 4 生物信息学研究 | 第22-32页 |
| 4.1 比较基因组学及其应用 | 第22-23页 |
| 4.2 转录组学及其应用 | 第23-27页 |
| 4.2.1 转录组学基本研究方法 | 第23-24页 |
| 4.2.2 RNA-seq在植物研究中的应用 | 第24-27页 |
| 4.3 蛋白质-蛋白质互作研究 | 第27-32页 |
| 4.3.1 蛋白质-蛋白质互作的研究方法 | 第28-30页 |
| 4.3.2 常用的蛋白质互作数据库 | 第30页 |
| 4.3.3 蛋白质互作关系的验证 | 第30-31页 |
| 4.3.4 物种间的蛋白质互作网络构建 | 第31-32页 |
| 5 本研究的目的与研究内容 | 第32-33页 |
| 第二部分 研究报告 | 第33-86页 |
| 第二章 高油植物油脂合成相关基因的生物信息学挖掘 | 第34-60页 |
| 1 引言 | 第34-36页 |
| 2 材料与方法 | 第36-38页 |
| 2.1 数据来源 | 第36页 |
| 2.2 GO注释和富集分析 | 第36-37页 |
| 2.3 OrthoMCL分析和物种特有基因的鉴定 | 第37页 |
| 2.4 鉴定大豆中参与油脂代谢的基因 | 第37页 |
| 2.5 基于表达的聚类分析和PLC网络分析 | 第37-38页 |
| 2.6 大豆高油和低油品种间转录组数据分析 | 第38页 |
| 2.7 进化树构建和正选择分析 | 第38页 |
| 3 结果 | 第38-53页 |
| 3.1 4个高油植物特有基因的鉴定和GO富集分析 | 第38-39页 |
| 3.2 4个高油植物特有基因在种子发育时期的表达模式 | 第39-40页 |
| 3.3 大豆中鉴定与种子油分含量相关的基因 | 第40-52页 |
| 3.3.1 直接参与油脂代谢的高油植物特有基因 | 第40页 |
| 3.3.2 通过PLC网络分析鉴定参与油脂代谢的高油植物特有基因 | 第40-42页 |
| 3.3.3 重要油脂合成酶的表达模式分析 | 第42-45页 |
| 3.3.4 鉴定调控种子油脂合成的转录因子 | 第45-52页 |
| 3.4 高油和低油大豆品种间基因差异表达分析 | 第52-53页 |
| 4 讨论 | 第53-60页 |
| 4.1 碳水化合物的降解和转运 | 第54-55页 |
| 4.2 脂肪酸合成和种子油脂积累的调控 | 第55-56页 |
| 4.2.1 参与脂肪酸合成过程的高油植物特有基因 | 第55页 |
| 4.2.2 脂肪酸合成过程中表达上调的基因 | 第55-56页 |
| 4.3 脂肪酸的转运、三酰甘油的合成和油体形成 | 第56-57页 |
| 4.3.1 脂肪酸的转运 | 第56页 |
| 4.3.2 三酰甘油的合成和油体形成 | 第56-57页 |
| 4.4 信号转导和其他影响脂质代谢的因素 | 第57-60页 |
| 4.4.1 信号转导 | 第57-58页 |
| 4.4.2 影响脂质代谢的其他因素 | 第58-60页 |
| 第三章 利用大豆与大豆慢生型根瘤菌USDA 110的蛋白质互作网络预测大豆根瘤固氮基因 | 第60-84页 |
| 1 引言 | 第61-62页 |
| 2 材料与方法 | 第62-65页 |
| 2.1 数据来源 | 第62页 |
| 2.2 PPI预测方法 | 第62-63页 |
| 2.3 鉴定B.drazoefficients USDA110中的跨膜蛋白和分泌蛋白 | 第63页 |
| 2.4 GO注释和功能相似性计算 | 第63-64页 |
| 2.5 共表达分析 | 第64-65页 |
| 3 结果 | 第65-81页 |
| 3.1 PPI网络构建 | 第65-67页 |
| 3.2 PPI网络的准确性评估 | 第67-69页 |
| 3.2.1 根瘤组织中表达水平分析 | 第67页 |
| 3.2.2 大豆内部PPI网络GO分析 | 第67-69页 |
| 3.2.3 大豆内部PPI网络共表达分析 | 第69页 |
| 3.3 蛋白质互作网络中蛋白质功能分析 | 第69-73页 |
| 3.3.1 B. drazoefficients USDA 110蛋白 | 第69-72页 |
| 3.3.2 大豆蛋白 | 第72-73页 |
| 3.4 高网络连接度蛋白 | 第73-75页 |
| 3.5 保守的蛋白质-蛋白质互作 | 第75-76页 |
| 3.6 互利共生相关子网络分析 | 第76-81页 |
| 3.6.1 双组份信号转导系统调控根瘤固氮 | 第76-78页 |
| 3.6.2 大豆SNARE蛋白参与调控根瘤菌离子转运 | 第78-79页 |
| 3.6.2 大豆14-3-3蛋白参与调控根瘤菌二羧酸的转运 | 第79-81页 |
| 4 讨论 | 第81-84页 |
| 4.1 大豆高网络连接度蛋白在根瘤固氮过程中发挥作用 | 第81-82页 |
| 4.2 大豆与B.drazoefficients USDA 110在众多生物过程中存在蛋白质相互作用 | 第82-84页 |
| 第四章 全文结论和创新点 | 第84-86页 |
| 1 全文结论 | 第84页 |
| 2 创新点 | 第84-86页 |
| 参考文献 | 第86-110页 |
| 附录 | 第110-128页 |
| 致谢 | 第128-130页 |
| 攻读博士学位期间发表及待发表的论文 | 第130页 |
