| 缩略词对照表（List of abbreviation） | 第6-7页 |
| 中文摘要 | 第7-8页 |
| Abstract | 第8-9页 |
| 第一章 绪论 | 第10-20页 |
| 1 生物冶金概况 | 第10页 |
| 2 生物冶金中微生物的氧化处理作用 | 第10-14页 |
| 2.1 生物冶金常用微生物 | 第10-11页 |
| 2.2 嗜酸氧化亚铁硫杆菌在生物冶金中的重要性及生物学特性 | 第11-13页 |
| 2.3 嗜酸氧化亚铁硫杆菌在生物冶金中发挥的直接和间接作用 | 第13页 |
| 2.4 影响生物冶金中微生物氧化处理的因素 | 第13-14页 |
| 3 环境中的金属离子对浸矿微生物的影响 | 第14-15页 |
| 4 嗜酸氧化亚铁硫杆菌的金属抗性机制研究进展 | 第15-16页 |
| 4.1 嗜酸氧化亚铁硫杆菌金属解毒机制 | 第15页 |
| 4.2 嗜酸氧化亚铁硫杆菌通过蛋白的生化作用发挥抗性作用 | 第15-16页 |
| 5 砷胁迫条件下嗜酸氧化亚铁硫杆菌蛋白质组学研究进展 | 第16-17页 |
| 5.1 含砷矿产环境对生物浸矿的影响 | 第16页 |
| 5.2 蛋白质组学技术在浸矿微生物中的研究应用 | 第16-17页 |
| 6 立论依据 | 第17-20页 |
| 第二章 嗜酸氧化亚铁硫杆菌金属相关蛋白数据库的构建与分析 | 第20-25页 |
| 1 前言 | 第20-21页 |
| 2 材料与方法 | 第21-22页 |
| 2.1 数据收集 | 第21页 |
| 2.2 数据整理、加工 | 第21页 |
| 2.3 数据的导入 | 第21-22页 |
| 3 结果与讨论 | 第22-24页 |
| 3.1 数据库基本信息 | 第22页 |
| 3.2 主页 | 第22-23页 |
| 3.3 数据展示页 | 第23-24页 |
| 4 小结 | 第24-25页 |
| 第三章 嗜酸氧化亚铁硫杆菌砷响应蛋白序列进化分析 | 第25-34页 |
| 1 前言 | 第25-26页 |
| 2 材料 | 第26页 |
| 2.1 数据来源 | 第26页 |
| 2.2 数据库以及软件 | 第26页 |
| 3 砷响应蛋白基本性质的研究 | 第26-31页 |
| 3.1 砷响应蛋白基本性质分析 | 第26-28页 |
| 3.2 砷响应蛋白的序列分析 | 第28-31页 |
| 4 砷响应蛋白进化分析 | 第31-33页 |
| 4.1 砷酸盐抗性蛋白进化树 | 第31页 |
| 4.2 砷酸盐膜泵蛋白进化树 | 第31-33页 |
| 5 小结 | 第33-34页 |
| 第四章 砷胁迫条件下嗜酸氧化亚铁硫杆菌蛋白组学基础 | 第34-44页 |
| 1 前言 | 第34-35页 |
| 2 实验材料与方法 | 第35-40页 |
| 2.1 菌种及菌株的驯化 | 第35-36页 |
| 2.2 材料与主要仪器 | 第36页 |
| 2.3 实验方法 | 第36-40页 |
| 3 结果与讨论 | 第40-43页 |
| 3.1 嗜酸氧化亚铁硫杆菌耐砷驯化实验结果 | 第40页 |
| 3.2 耐砷菌株与出发菌株的差异蛋白组比较分析 | 第40-41页 |
| 3.3 差异蛋白点的质谱检测、识别及分类 | 第41-42页 |
| 3.5 嗜酸氧化亚铁硫杆菌的耐砷机制 | 第42-43页 |
| 4 小结 | 第43-44页 |
| 第五章 嗜酸氧化亚铁硫杆菌相关蛋白序列的代谢模型重建 | 第44-57页 |
| 1 前言 | 第44-48页 |
| 1.1 嗜酸氧化亚铁硫杆菌基因组范围的代谢模型研究概况 | 第44-45页 |
| 1.2 嗜酸氧化亚铁硫杆菌的亚铁和硫氧化机制 | 第45-48页 |
| 1.3 嗜酸氧化亚铁硫杆菌的金属离子抗性机制 | 第48页 |
| 2 嗜酸氧化亚铁硫杆菌相关蛋白序列的代谢重建 | 第48-53页 |
| 2.1 嗜酸氧化亚铁硫杆菌的亚铁氧化代谢途径重建 | 第48-49页 |
| 2.2 嗜酸氧化亚铁硫杆菌的硫相关蛋白代谢途径构建 | 第49-51页 |
| 2.3 嗜酸氧化亚铁硫杆菌的砷相关蛋白代谢途径重建 | 第51-53页 |
| 3 小结 | 第53-57页 |
| 3.1 嗜酸氧化亚铁硫杆菌的能量代谢路径 | 第53-55页 |
| 3.2 嗜酸氧化亚铁硫杆菌的金属离子抗性代谢路径 | 第55-57页 |
| 结论 | 第57-58页 |
| 参考文献 | 第58-62页 |
| 附录 | 第62-63页 |
| 在学期间的研究成果 | 第63-64页 |
| 致谢 | 第64页 |
