| 摘要 | 第8-11页 |
| Abstract | 第11-14页 |
| 缩写名词表 | 第15-16页 |
| 1 前言 | 第16-42页 |
| 1.1 研究问题的由来 | 第16-17页 |
| 1.2 表型变异的遗传基础 | 第17-26页 |
| 1.2.1 遗传学的发展及影响表型变异的遗传因素 | 第17-19页 |
| 1.2.2 数量性状位点 | 第19-21页 |
| 1.2.3 基因表达数量性状位点 | 第21-24页 |
| 1.2.4 全基因组关联分析 | 第24-26页 |
| 1.3 基因组学的发展 | 第26-30页 |
| 1.3.1 基因组学的研究历史 | 第26页 |
| 1.3.2 基因组测序技术 | 第26-28页 |
| 1.3.3 水稻基因组测序 | 第28-29页 |
| 1.3.4 水稻功能基因组研究 | 第29-30页 |
| 1.4 杂种优势 | 第30-36页 |
| 1.4.1 杂种优势的利用 | 第30-31页 |
| 1.4.2 杂种优势的遗传基础 | 第31-33页 |
| 1.4.3 杂种优势的基因组学基础 | 第33-36页 |
| 1.5 等位基因特异表达 | 第36-39页 |
| 1.5.1 等位基因特异表达的定义 | 第36页 |
| 1.5.2 等位基因特异表达的研究方法 | 第36-37页 |
| 1.5.3 不同物种中等位基因特异表达的研究 | 第37-38页 |
| 1.5.4 等位基因特异表达与eQTL | 第38页 |
| 1.5.5 等位基因特异表达与表型变异 | 第38-39页 |
| 1.6 植物中SRNA的生物合成及SRNA参与的生物学过程 | 第39-41页 |
| 1.7 本研究的目的和意义 | 第41-42页 |
| 2 材料与方法 | 第42-51页 |
| 2.1 实验材料 | 第42页 |
| 2.2 基因组测序 | 第42-45页 |
| 2.2.1 测序文库构建及测序数据基本情况 | 第42页 |
| 2.2.2 基因组测序数据比对到参考基因组上 | 第42-43页 |
| 2.2.3 SNP的鉴定 | 第43-44页 |
| 2.2.4 InDel的鉴定 | 第44页 |
| 2.2.5 SNP和InDel的注释 | 第44页 |
| 2.2.6 结构变异的鉴定 | 第44-45页 |
| 2.3 全生育期表达谱 | 第45-46页 |
| 2.3.1 数据来源 | 第45页 |
| 2.3.2 差异表达基因的鉴定 | 第45-46页 |
| 2.3.3 非加性表达基因的鉴定 | 第46页 |
| 2.3.4 只在一个亲本中表达的基因的鉴定 | 第46页 |
| 2.3.5 加权基因共表达网络分析 | 第46页 |
| 2.4 SRNA测序和MRNA测序 | 第46-49页 |
| 2.4.1 取样及测序 | 第46-47页 |
| 2.4.2 测序数据处理并比对到参考基因组上 | 第47页 |
| 2.4.3 基因表达水平的定量 | 第47页 |
| 2.4.4 sRNA以及sRNA簇表达量的定量 | 第47-48页 |
| 2.4.5 等位基因特异表达水平的定量 | 第48-49页 |
| 2.4.6 杂种和IMF2群体中基因表达量的显性效应 | 第49页 |
| 2.5 遗传图谱的构建 | 第49-50页 |
| 2.6 QTL及表型热点的定义 | 第50页 |
| 2.7 基因本体分析 | 第50-51页 |
| 3 结果与分析 | 第51-131页 |
| 3.1 珍汕 97、明恢63在基因组和转录组水平与其杂种的比较 | 第51-94页 |
| 3.1.1 杂种的基因组中包含更多的基因以及序列多态性 | 第51-57页 |
| 3.1.2 杂种的基因组中有更多的基因表达 | 第57-61页 |
| 3.1.3 杂种和其亲本之间的差异表达基因中有更多的功能基因富集 | 第61-73页 |
| 3.1.4 杂种中非加性表达的基因对其生长优势的贡献 | 第73-82页 |
| 3.1.5 珍汕 97、明恢63及其杂种的基因共表达分析 | 第82-86页 |
| 3.1.6 杂种基因组中不同位点优势基因的互补对其生长优势的贡献 | 第86-93页 |
| 3.1.7 对水稻产量杂种优势分子机理的探索 | 第93-94页 |
| 3.2 基于珍汕 97、明恢63构建的IMF2中等位基因特异表达的遗传调控 | 第94-114页 |
| 3.2.1 等位基因特异表达水平的定量 | 第94-102页 |
| 3.2.2 等位基因特异表达水平存在广泛的变异 | 第102-107页 |
| 3.2.3 等位基因特异表达水平的遗传调控 | 第107-110页 |
| 3.2.4 F_1杂种和IMF2群体中基因表达水平的显性效应 | 第110-111页 |
| 3.2.5 基因表达水平的显性效应的遗传分析 | 第111-114页 |
| 3.3 基于珍汕 97、明恢63构建的IMF2中SRNA表达的遗传调控 | 第114-131页 |
| 3.3.1 不同类型的sRNA在基因组中的分布 | 第114-116页 |
| 3.3.2 来自同一个基因区域的sRNA的表达量之间有一定的正相关性 | 第116-119页 |
| 3.3.3 来自同一个sRNA簇的sRNA的表达量之间有一定的正相关性 | 第119-121页 |
| 3.3.4 调控s-trait, sc-trait和e-trait表达的QTL | 第121-125页 |
| 3.3.5 性状及QTL热点区域 | 第125-128页 |
| 3.3.6 sQTL热点和sRNA生物合成基因 | 第128-131页 |
| 4 讨论 | 第131-136页 |
| 4.1 亲本基因组中基因数量的互补和杂种优势 | 第131页 |
| 4.2 亲本转录组水平的互补和杂种优势 | 第131-132页 |
| 4.3 基因的非加性表达和杂种优势 | 第132页 |
| 4.4 不同基因位点之间优势等位基因的互补和杂种优势 | 第132-133页 |
| 4.5 等位基因特异表达广泛存在 | 第133-134页 |
| 4.6 等位基因特异表达和基因表达很可能有不同的遗传调控基础 | 第134页 |
| 4.7 SRNA表达的遗传调控 | 第134-136页 |
| 5 总结与展望 | 第136-137页 |
| 参考文献 | 第137-154页 |
| 附录 作者简介 | 第154-158页 |
| 致谢 | 第158-160页 |
