| 摘要 | 第1-7页 |
| ABSTRACT | 第7-11页 |
| 第一章 绪论 | 第11-26页 |
| ·模式链霉菌概述 | 第11-13页 |
| ·链霉菌属 | 第11页 |
| ·天蓝色链霉菌 | 第11-12页 |
| ·变铅青链霉菌 | 第12-13页 |
| ·细菌可移动基因组 | 第13-17页 |
| ·细菌基因组的特点 | 第13-14页 |
| ·基因组岛简介 | 第14-16页 |
| ·基因组岛的识别 | 第16-17页 |
| ·DNA磷硫酰化修饰系统 | 第17-19页 |
| ·毒素-抗毒素系统 | 第19-22页 |
| ·比较基因组学 | 第22-24页 |
| ·测序技术进展与细菌基因组测序现状 | 第22-23页 |
| ·细菌比较基因组学的应用 | 第23页 |
| ·生物信息学工具和数据库开发 | 第23-24页 |
| ·本研究的主要工作 | 第24-26页 |
| 第二章 模式链霉菌基因组岛识别 | 第26-50页 |
| ·引言 | 第26-27页 |
| ·材料与方法 | 第27-39页 |
| ·研究对象 | 第27页 |
| ·计算机辅助基因组岛识别的方法 | 第27页 |
| ·细菌基因组差减杂交工具mGenomeSubtractor开发 | 第27-37页 |
| ·PCR技术考察基因组岛在链霉菌中的分布 | 第37-39页 |
| ·结果与讨论 | 第39-48页 |
| ·变铅青链霉菌基因组岛识别和分析 | 第39-42页 |
| ·天蓝色链霉菌基因组岛识别和分析 | 第42-43页 |
| ·重要条件致病菌已知基因池的构建 | 第43-48页 |
| ·小结与展望 | 第48-50页 |
| 第三章 DNA磷硫酰化修饰系统比较分析 | 第50-60页 |
| ·引言 | 第50页 |
| ·材料与方法 | 第50-52页 |
| ·dnd基因簇和基因组岛的识别 | 第50-52页 |
| ·DNA磷硫酰化修饰数据库dndDB开发 | 第52页 |
| ·结果与讨论 | 第52-58页 |
| ·dnd基因簇的广泛存在并位于基因组岛上 | 第52-57页 |
| ·链霉菌基因组中的dnd基因组岛 | 第57-58页 |
| ·病原菌中的dnd基因组岛 | 第58页 |
| ·小结与展望 | 第58-60页 |
| 第四章 链霉菌毒素-抗毒素系统比较分析 | 第60-74页 |
| ·引言 | 第60-61页 |
| ·材料与方法 | 第61-67页 |
| ·数据来源与数据整理 | 第61-62页 |
| ·Ⅱ型毒素-抗毒素系统数据库TADB开发 | 第62-67页 |
| ·结果与讨论 | 第67-73页 |
| ·毒素-抗毒素系统的广泛分布和家族特征 | 第67-69页 |
| ·链霉菌基因组中的毒素-抗毒素系统 | 第69-70页 |
| ·dnd基因组岛编码的毒素-抗毒素系统 | 第70-73页 |
| ·小结与展望 | 第73-74页 |
| 第五章 总结 | 第74-76页 |
| 参考文献 | 第76-82页 |
| 附录 | 第82-84页 |
| 致谢 | 第84-85页 |
| 攻读硕士学位期间发表的论文 | 第85页 |