| 摘要 | 第3-5页 |
| ABSTRACT | 第5-6页 |
| 第一章 绪论 | 第12-22页 |
| 1.1 结构拓扑网络分析 | 第12-13页 |
| 1.1.1 结构拓扑网络简述 | 第12页 |
| 1.1.2 结构拓扑网络在生物学中的具体应用 | 第12-13页 |
| 1.2 蛋白质的远端效应 | 第13-15页 |
| 1.2.1 蛋白质远端效应简述 | 第13-14页 |
| 1.2.2 蛋白质远端效应作用机制的研究现状 | 第14页 |
| 1.2.3 蛋白质远端效应与结构拓扑网络分析 | 第14-15页 |
| 1.2.4 蛋白质远端效应的研究意义 | 第15页 |
| 1.3 脂肪酶与小分子效应 | 第15-20页 |
| 1.3.1 脂肪酶简介 | 第15-17页 |
| 1.3.2 有机小分子介导的酶催化反应体系 | 第17-18页 |
| 1.3.3 脂肪酶在有机介质中的研究现状 | 第18页 |
| 1.3.4 二甲亚砜简介 | 第18-20页 |
| 1.4 本文研究内容与章节安排 | 第20-22页 |
| 1.4.1 研究内容与创新点 | 第20-21页 |
| 1.4.2 章节安排 | 第21-22页 |
| 第二章 脂肪酶-二甲亚砜的分子动力学模拟及网络拓扑分析 | 第22-44页 |
| 2.1 分子动力学模拟理论基础 | 第22-26页 |
| 2.1.1 分子动力学模拟简述 | 第22页 |
| 2.1.2 分子动力学模拟相关软件 | 第22-26页 |
| 2.2 分子动力学模拟体系构建与实现过程 | 第26-28页 |
| 2.2.1 PDB结构预处理 | 第26页 |
| 2.2.2 利用Packmol构建多分子体系 | 第26-27页 |
| 2.2.3 分子动力学模拟条件与过程 | 第27页 |
| 2.2.4 分子动力学模拟体系可靠性分析 | 第27-28页 |
| 2.3 分子动力学模拟体系的结构分析 | 第28-36页 |
| 2.3.1 DMSO小分子分布均匀性分析 | 第28-29页 |
| 2.3.2 脂肪酶的整体构象分析 | 第29-34页 |
| 2.3.3 脂肪酶关键结构构象分析 | 第34-36页 |
| 2.4 分子动力学模拟体系的网络分析 | 第36-42页 |
| 2.4.1 二甲亚砜在脂肪酶表面优势结合位点的确定 | 第36-37页 |
| 2.4.2 脂肪酶的氨基酸网络 | 第37-42页 |
| 2.5 本章小结 | 第42-44页 |
| 第三章 脂肪酶-二甲亚砜激动效应的实验验证 | 第44-58页 |
| 3.1 脂肪酶反应动力学测定理论基础 | 第44-45页 |
| 3.1.1 酶催化反应动力学 | 第44页 |
| 3.1.2 脂肪酶的活力测定 | 第44-45页 |
| 3.2 荧光光谱检测蛋白质构象变化 | 第45-46页 |
| 3.3 实验仪器与试剂 | 第46-47页 |
| 3.3.1 实验仪器 | 第46-47页 |
| 3.3.2 实验试剂 | 第47页 |
| 3.4 实验步骤 | 第47-49页 |
| 3.4.1 Tris-HCl缓冲溶液(pH=8.0)的配置 | 第47页 |
| 3.4.2 产物标准曲线的绘制 | 第47-48页 |
| 3.4.3 底物母液的配置 | 第48页 |
| 3.4.4 酶液的配置 | 第48页 |
| 3.4.5 不同体系下脂肪酶动力学的测定 | 第48-49页 |
| 3.4.6 不同体系下脂肪酶荧光光谱的测定 | 第49页 |
| 3.5 酶动力学实验数据与结果分析 | 第49-55页 |
| 3.5.1 产物标准曲线 | 第49-50页 |
| 3.5.2 紫外光谱原始数据示例 | 第50-52页 |
| 3.5.3 数据拟合与酶动力学参数结果 | 第52-55页 |
| 3.6 荧光光谱实验数据与分析 | 第55-56页 |
| 3.7 本章小结 | 第56-58页 |
| 第四章 引入溶剂分子的氨基酸拓扑网络分析软件设计与实现 | 第58-64页 |
| 4.1 程序设计框架 | 第58-60页 |
| 4.1.1 基本框架 | 第58-59页 |
| 4.1.2 堆存储模块 | 第59页 |
| 4.1.3 核心算法模块 | 第59-60页 |
| 4.2 软件概述 | 第60页 |
| 4.3 程序核心代码和数据结构 | 第60-62页 |
| 4.3.1 Floyd-Warshall伪代码 | 第60页 |
| 4.3.2 程序基本数据结构 | 第60-62页 |
| 4.4 程序的主要创新点 | 第62页 |
| 4.5 程序示例 | 第62-63页 |
| 4.6 本章小结 | 第63-64页 |
| 第五章 总结与展望 | 第64-66页 |
| 5.1 本文工作总结 | 第64页 |
| 5.2 研究工作展望 | 第64-66页 |
| 参考文献 | 第66-72页 |
| 附录 | 第72-87页 |
| 附录1 氨基酸的运动相关性 | 第72-76页 |
| 附录2 氨基酸通路上的位点及其经过频率 | 第76-87页 |
| 致谢 | 第87-88页 |
| 攻读硕士学位期间已发表或录用的论文 | 第88-90页 |
