基于转录组测序研究莲（Nelumbo nucifera）两生态型的适应性进化
| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-8页 |
| 1 绪论 | 第12-19页 |
| 1.1 转录组测序技术及应用 | 第12-15页 |
| 1.1.1 转录组测序技术 | 第12-14页 |
| 1.1.2 转录组测序的应用 | 第14-15页 |
| 1.2 莲的系统地位及研究进展 | 第15-17页 |
| 1.2.1 莲的系统地位及分类 | 第15-16页 |
| 1.2.2 莲研究进展 | 第16-17页 |
| 1.3 研究目的与意义 | 第17-19页 |
| 2 实验材料及方法 | 第19-30页 |
| 2.1 实验材料 | 第19页 |
| 2.2 提取总RNA及质量检测 | 第19-22页 |
| 2.2.1 总RNA提取 | 第19-20页 |
| 2.2.2 RNA纯度和完整性检测 | 第20-21页 |
| 2.2.3 mRNA的分离 | 第21页 |
| 2.2.4 构建cDNA文库 | 第21-22页 |
| 2.3 转录组测序及数据处理 | 第22-23页 |
| 2.4 基因组比对及文库质量评估 | 第23-25页 |
| 2.4.1 与参考基因组比对 | 第23-24页 |
| 2.4.2 转录组测序文库质量评估 | 第24-25页 |
| 2.5 转录组数据分析 | 第25-30页 |
| 2.5.1 数据分析流程 | 第25页 |
| 2.5.2 SNP/InDel分析 | 第25-26页 |
| 2.5.3 可变剪接分析 | 第26-27页 |
| 2.5.4 基因结构优化和新基因发掘 | 第27-28页 |
| 2.5.5 基因表达量定量和聚类 | 第28-29页 |
| 2.5.6 基因表达差异分析 | 第29-30页 |
| 3 结果与分析 | 第30-63页 |
| 3.1 RNA质量检测结果 | 第30-31页 |
| 3.2 转录组数据初步分析结果 | 第31-38页 |
| 3.2.1 原始数据质量分析 | 第31-34页 |
| 3.2.2 转录组文库质量评估结果 | 第34-36页 |
| 3.2.3 转录组比对结果 | 第36-38页 |
| 3.3 SNP/InDel分析结果 | 第38-42页 |
| 3.3.1 SNP位点的统计 | 第38-40页 |
| 3.3.2 SNP/InDel注释 | 第40-41页 |
| 3.3.3 SNP系统进化树 | 第41-42页 |
| 3.4 可变剪接分析 | 第42-47页 |
| 3.4.1 可变剪接类型 | 第42-43页 |
| 3.4.2 可变剪接事件数量统计 | 第43-45页 |
| 3.4.3 可变剪接事件结构统计 | 第45-47页 |
| 3.5 基因结构优化和新基因分析 | 第47-49页 |
| 3.5.1 基因结构优化 | 第47-48页 |
| 3.5.2 新基因的发掘及注释 | 第48-49页 |
| 3.6 基因表达量分析 | 第49-54页 |
| 3.6.1 基因表达定量 | 第49-53页 |
| 3.6.2 基因表达量聚类分析 | 第53-54页 |
| 3.7 基因差异表达分析 | 第54-63页 |
| 3.7.1 差异表达基因筛选 | 第54-55页 |
| 3.7.2 差异表达基因统计 | 第55-57页 |
| 3.7.3 差异表达基因聚类分析 | 第57-58页 |
| 3.7.4 差异表达基因GO及COG分类 | 第58-60页 |
| 3.7.5 差异表达基因KEGG富集分析 | 第60-63页 |
| 4 讨论 | 第63-65页 |
| 参考文献 | 第65-74页 |
| 附录A：攻读学位期间发表的论文 | 第74-75页 |
| 致谢 | 第75页 |
