盐土微生物菌群分析及其中新的纤维素酶基因的挖掘
| 摘要 | 第3-4页 |
| abstract | 第4-5页 |
| 第1章 文献综述 | 第9-23页 |
| 1.1 盐土菌群研究进展 | 第9-13页 |
| 1.1.1 盐土概述 | 第9-10页 |
| 1.1.2 嗜盐微生物研究现状 | 第10-13页 |
| 1.1.3 影响盐土微生物分布的环境因素 | 第13页 |
| 1.2 察尔汗盐湖简介 | 第13-14页 |
| 1.3 测序技术在菌群研究中的应用 | 第14-17页 |
| 1.3.1 宏基因组概述 | 第14页 |
| 1.3.2 基因测序技术与菌群鉴定 | 第14-17页 |
| 1.4 新酶基因研究进展 | 第17-22页 |
| 1.4.1 耐盐酶工业应用概述 | 第17页 |
| 1.4.2 新酶基因挖掘的方法 | 第17-19页 |
| 1.4.3 新的纤维素酶基因研究现状 | 第19-22页 |
| 1.5 本课题研究内容 | 第22-23页 |
| 第2章 察尔汗盐湖沿岸盐土菌群分布 | 第23-41页 |
| 2.1 实验材料 | 第23-24页 |
| 2.1.1 盐土样本 | 第23页 |
| 2.1.2 实验主要试剂耗材 | 第23-24页 |
| 2.1.3 实验主要仪器设备 | 第24页 |
| 2.2 实验方法 | 第24-27页 |
| 2.2.1 土壤样本的采集 | 第24-25页 |
| 2.2.2 土壤理化性质的测定 | 第25页 |
| 2.2.3 盐土总DNA的提取 | 第25-26页 |
| 2.2.4 上机测序 | 第26-27页 |
| 2.3 生物信息分析流程 | 第27-30页 |
| 2.3.1 测序数据的处理 | 第27-28页 |
| 2.3.2 数据的统计分析以及可视化 | 第28-30页 |
| 2.3.3 原始数据获取 | 第30页 |
| 2.4 实验结果与讨论 | 第30-39页 |
| 2.4.1 盐土理化性质 | 第30-31页 |
| 2.4.2 盐土总DNA提取 | 第31-32页 |
| 2.4.3 盐土16S rRNA基因扩增子数据 | 第32-39页 |
| 2.5 本章小结 | 第39-41页 |
| 第3章 不同DNA提取方法对盐土扩增子数据的影响 | 第41-75页 |
| 3.1 实验材料 | 第41-42页 |
| 3.1.1 盐土样本 | 第41页 |
| 3.1.2 实验主要试剂耗材 | 第41-42页 |
| 3.1.3 实验主要仪器设备 | 第42页 |
| 3.2 实验方法 | 第42-45页 |
| 3.2.1 土壤采集 | 第42页 |
| 3.2.2 土壤总DNA提取 | 第42-45页 |
| 3.2.3 上机测序 | 第45页 |
| 3.3 生物信息分析流程 | 第45-48页 |
| 3.3.1 测序数据处理流程 | 第45-46页 |
| 3.3.2 数据统计分析及可视化 | 第46-48页 |
| 3.4 实验结果与讨论 | 第48-72页 |
| 3.4.1 土壤理化性质 | 第48-49页 |
| 3.4.2 土壤DNA提取 | 第49-53页 |
| 3.4.3 测序数据统计 | 第53-55页 |
| 3.4.4 Alpha多样性 | 第55-60页 |
| 3.4.5 菌群组成分析 | 第60-66页 |
| 3.4.6 Beta多样性 | 第66-67页 |
| 3.4.7 PICRUSt功能预测 | 第67-71页 |
| 3.4.8 革兰氏阳性菌比例 | 第71-72页 |
| 3.5 本章小结 | 第72-75页 |
| 第4章 盐土宏基因组数据及新的纤维素酶基因挖掘 | 第75-97页 |
| 4.1 实验材料 | 第75页 |
| 4.1.1 盐土样本 | 第75页 |
| 4.1.2 实验主要试剂 | 第75页 |
| 4.1.3 实验仪器和设备 | 第75页 |
| 4.2 实验方法 | 第75-76页 |
| 4.3 生物信息分析流程 | 第76-79页 |
| 4.3.1 测序数据处理 | 第76页 |
| 4.3.2 测序数据质量优化 | 第76页 |
| 4.3.3 宏基因组数据组装 | 第76-77页 |
| 4.3.4 基因预测以及丰度分析 | 第77页 |
| 4.3.5 基因注释 | 第77页 |
| 4.3.6 新的纤维素酶基因的挖掘 | 第77-78页 |
| 4.3.7 宏基因组数据分箱(binning) | 第78-79页 |
| 4.4 实验结果及讨论 | 第79-95页 |
| 4.4.1 原始数据统计 | 第79-81页 |
| 4.4.2 质控数据统计 | 第81-83页 |
| 4.4.3 宏基因组数据组装 | 第83-84页 |
| 4.4.4 预测基因 | 第84-85页 |
| 4.4.5 基因注释 | 第85-87页 |
| 4.4.6 新的纤维素酶基因查找 | 第87-90页 |
| 4.4.7 宏基因组数据分箱(binning) | 第90-95页 |
| 4.5 本章小结 | 第95-97页 |
| 第5章 结论与展望 | 第97-99页 |
| 5.1 结论 | 第97页 |
| 5.2 展望 | 第97-99页 |
| 参考文献 | 第99-111页 |
| 发表论文和参加科研情况说明 | 第111-113页 |
| 致谢 | 第113页 |
