| 摘要 | 第5-8页 |
| Abstract | 第8-10页 |
| 第一章 前言 | 第16-33页 |
| 1. 硫化物对生物的毒性 | 第16-19页 |
| 1.1 硫化物的来源 | 第16-18页 |
| 1.1.1 火山作用 | 第16-17页 |
| 1.1.2 微生物厌氧硫代谢作用 | 第17页 |
| 1.1.3 肠道微生物作用 | 第17页 |
| 1.1.4 细胞代谢作用 | 第17-18页 |
| 1.2 硫化物的毒性 | 第18-19页 |
| 1.2.1 抑制细胞色素 c 氧化酶的毒性 | 第18-19页 |
| 1.2.2 线粒体去极化 | 第19页 |
| 1.2.3 DNA 和 RNA 损伤 | 第19页 |
| 2. 生物对硫化物的耐受机制 | 第19-22页 |
| 2.1 内共生细菌的氧化解毒 | 第20-21页 |
| 2.2 线粒体硫化物氧化解毒 | 第21页 |
| 2.3 其他硫化物氧化解毒 | 第21-22页 |
| 3. 硫化物应激下差异基因表达的研究 | 第22-25页 |
| 3.1 差异基因表达研究技术简介 | 第22-24页 |
| 3.1.1 差异显示技术（differential display, DD） | 第22-23页 |
| 3.1.2 消减杂交（ubtractive hybridization） | 第23页 |
| 3.1.3 基因表达系列分析（serial analysis of gene expression, SAGE） | 第23-24页 |
| 3.1.4 DNA 芯片技术（DNA chip） | 第24页 |
| 3.1.5 数字基因表达谱技术（Digintal gene expression profile, DGE） | 第24页 |
| 3.2 硫化物应激下差异基因表达的研究进展 | 第24-25页 |
| 4. 硫双加氧酶的研究进展 | 第25-32页 |
| 4.1 硫双加氧酶在线粒体硫化物氧化中的作用 | 第26-29页 |
| 4.2 硫双加氧酶的结构特征 | 第29-30页 |
| 4.3 硫双加氧酶的催化机制 | 第30-32页 |
| 5. 本研究的目的和意义 | 第32-33页 |
| 第二章 单环刺螠硫化物应激下数字基因表达谱分析 | 第33-55页 |
| 1 材料方法 | 第34-40页 |
| 1.1 材料 | 第34页 |
| 1.1.1 实验动物 | 第34页 |
| 1.1.2 实验试剂和引物 | 第34页 |
| 1.2 方法 | 第34-40页 |
| 1.2.1 单环刺螠硫化物应激处理及取样 | 第34-35页 |
| 1.2.2 RNA 提取 | 第35页 |
| 1.2.3 数字基因表达谱测序 | 第35-37页 |
| 1.2.4 数字基因表达谱测序结果分析 | 第37-39页 |
| 1.2.5 定量 RT-PCR（qRT-PCR） | 第39-40页 |
| 2 实验结果 | 第40-49页 |
| 2.1 提取 RNA 的质量验证 | 第40-41页 |
| 2.2 数字基因表达谱测序概况 | 第41-45页 |
| 2.3 差异表达基因的功能分析 | 第45-47页 |
| 2.3.1 GO 分析 | 第45-47页 |
| 2.3.2 Pathway 富集分析 | 第47页 |
| 2.4 数字表达谱 qRT-PCR 验证 | 第47-49页 |
| 3 讨论 | 第49-55页 |
| 3.1 筛选出多个已报道硫化物相关的通路 | 第50-53页 |
| 3.2 筛选出许多未报道的硫化物相关通路 | 第53-55页 |
| 第三章 单环刺螠硫双加氧酶的 cDNA 克隆和功能分析 | 第55-92页 |
| 1 材料方法 | 第56-68页 |
| 1.1 材料 | 第56页 |
| 1.1.1 实验动物 | 第56页 |
| 1.1.2 实验试剂和引物 | 第56页 |
| 1.2 方法 | 第56-68页 |
| 1.2.1 RNA 提取和 cDNA 合成 | 第56-57页 |
| 1.2.2 硫双加氧酶部分片段的获得 | 第57-58页 |
| 1.2.3 硫双加氧酶全长 cDNA 序列的获得 | 第58-60页 |
| 1.2.4 硫双加氧酶序列生物信息学分析 | 第60页 |
| 1.2.5 单环刺螠硫双加氧酶原核表达 | 第60-62页 |
| 1.2.6 硫双加氧酶重组体功能分析 | 第62-63页 |
| 1.2.7 硫双加氧酶双突变体体外功能分析 | 第63-64页 |
| 1.2.8 多克隆抗体的制备 | 第64页 |
| 1.2.9 器官蛋白和线粒体蛋白的提取 | 第64-65页 |
| 1.2.10 Western blot 检测 | 第65-66页 |
| 1.2.11 ELISA 检测 | 第66页 |
| 1.2.12 体内硫双加氧酶酶活检测 | 第66页 |
| 1.2.13 免疫组化检测 | 第66-68页 |
| 1.2.14 qRT-PCR 检测 | 第68页 |
| 1.2.15 数据分析 | 第68页 |
| 2 实验结果 | 第68-86页 |
| 2.1 单环刺螠目的基因全长 cDNA 的获得 | 第68-69页 |
| 2.2 单环刺螠硫双加氧酶序列特征、序列比对和进化地位 | 第69-72页 |
| 2.3 单环刺螠硫双加氧酶序列的生物信息学分析 | 第72-74页 |
| 2.4 单环刺螠硫双加氧酶重组蛋白的原核表达与纯化 | 第74-76页 |
| 2.5 单环刺螠硫双加氧酶体外重组蛋白的功能特征 | 第76-78页 |
| 2.6 单环刺螠硫双加氧酶双突变体的获得及其体外功能特征 | 第78-80页 |
| 2.7 单环刺螠硫双加氧酶 mRNA 的器官分布特征 | 第80-81页 |
| 2.8 单环刺螠硫双加氧酶蛋白的定量和定位分析 | 第81-85页 |
| 2.9 单环刺螠不同器官硫双加氧酶的总比酶活特征 | 第85-86页 |
| 3 讨论 | 第86-92页 |
| 3.1 硫双加氧酶是金属β内酰胺酶超家族的新成员 | 第86-87页 |
| 3.2 硫双加氧酶的催化活性研究 | 第87-89页 |
| 3.3 硫双加氧酶在不同器官中的分布及其对生境的适应 | 第89-92页 |
| 第四章 单环刺螠硫双加氧酶对硫化物应激的适应 | 第92-101页 |
| 1 材料方法 | 第92页 |
| 1.1 材料 | 第92页 |
| 1.2 方法 | 第92页 |
| 2 实验结果 | 第92-97页 |
| 2.1 单环刺螠硫化物应激下体壁硫双加氧酶的动力学分析 | 第92-94页 |
| 2.2 单环刺螠硫化物应激下后肠硫双加氧酶的动力学分析 | 第94-95页 |
| 2.3 单环刺螠硫化物应激下中肠硫双加氧酶的动力学分析 | 第95-97页 |
| 2.4 单环刺螠硫化物应激下肛门囊硫双加氧酶的动力学分析 | 第97页 |
| 3 讨论 | 第97-101页 |
| 3.1 单环刺螠各器官硫双加氧酶对硫化物的适应性反应 | 第98-99页 |
| 3.2 单环刺螠各器官应对硫化物的机制可能存在差异 | 第99-101页 |
| 总结 | 第101-102页 |
| 参考文献 | 第102-117页 |
| 附录 | 第117-118页 |
| 致谢 | 第118-119页 |
| 个人简历 | 第119-120页 |
| 发表与待发表论文 | 第120-122页 |
