| 摘要 | 第6-9页 |
| ABSTRACT | 第9-11页 |
| 引言 | 第17-18页 |
| 第一章 文献综述 | 第18-32页 |
| 1.1 山羊肌肉发育研究进展 | 第18-20页 |
| 1.1.1 羊肉与人类的营养 | 第18页 |
| 1.1.2 骨骼肌的生理功能 | 第18-19页 |
| 1.1.3 骨骼肌发育研究进展 | 第19-20页 |
| 1.2 miRNA特征及作用机制 | 第20-24页 |
| 1.2.1 miRNA的生物合成机制 | 第21-22页 |
| 1.2.2 miRNA的研究方法 | 第22页 |
| 1.2.3 miRNA靶基因的预测 | 第22-23页 |
| 1.2.4 miRNA的作用机制 | 第23-24页 |
| 1.3 miRNA在畜禽育种中的研究现状 | 第24-27页 |
| 1.3.1 miRNA在反刍动物育种中的研究 | 第24-26页 |
| 1.3.2 miRNA在猪育种中的研究 | 第26页 |
| 1.3.3 miRNA在家禽育种中的研究 | 第26-27页 |
| 1.4 miRNA遗传变异效应 | 第27-28页 |
| 1.5 肌肉中miRNA的研究进展 | 第28-31页 |
| 1.5.1 肌肉中高表达的miRNA | 第28-29页 |
| 1.5.2 miRNAs与肌细胞增殖和分化 | 第29-30页 |
| 1.5.3 miRNAs和肌纤维类型 | 第30-31页 |
| 1.5.4 miRNAs与肌肉再生 | 第31页 |
| 1.6 本研究的目的与意义 | 第31-32页 |
| 第二章 徐淮山羊背最长肌小RNA测序及miRNA的鉴定 | 第32-54页 |
| 2.1 材料与方法 | 第32-37页 |
| 2.1.1 实验动物及组织样品的采集 | 第32页 |
| 2.1.2 RNA的提取及质量检测 | 第32-33页 |
| 2.1.3 小RNAc DNA文库构建 | 第33页 |
| 2.1.4 文库的检测和高通量测序 | 第33页 |
| 2.1.5 测序结果生物信息学分析流程 | 第33-37页 |
| 2.2 结果与分析 | 第37-50页 |
| 2.2.1 总RNA提取和检测结果 | 第37-38页 |
| 2.2.2 小RNA文库的Solexa测序与分析 | 第38页 |
| 2.2.3 小RNA的生物信息学分析 | 第38-41页 |
| 2.2.4 已知miRNA的比对信息 | 第41-44页 |
| 2.2.5 已知miRNA的差异表达分析 | 第44-45页 |
| 2.2.6 新miRNA的预测及差异表达分析 | 第45-49页 |
| 2.2.7 茎环Q-PCR验证差异表达miRNAs | 第49-50页 |
| 2.3 讨论 | 第50-52页 |
| 2.4 小结 | 第52-54页 |
| 第三章 山羊不同生长发育阶段肌肉组织m RNA转录组测定与分析 | 第54-76页 |
| 3.1 材料与方法 | 第54-58页 |
| 3.1.1 实验动物及组织样品的采集 | 第54页 |
| 3.1.2 RNA的提取及质量检测 | 第54页 |
| 3.1.3 c DNA文库的构建和高通量测序 | 第54-55页 |
| 3.1.4 测序数据的生物信息学分析 | 第55-58页 |
| 3.2 结果与分析 | 第58-72页 |
| 3.2.1 测序结果与参考基因和基因组比对 | 第58-59页 |
| 3.2.2 两个发育阶段基因表达分析 | 第59-60页 |
| 3.2.3 两文库中差异表达基因的鉴定和验证 | 第60-62页 |
| 3.2.4 差异基因的GO功能分析 | 第62-66页 |
| 3.2.5 差异基因的KEGG通路功能分析 | 第66-68页 |
| 3.2.6 差异基因调控网络分析 | 第68-70页 |
| 3.2.7 新转录本的鉴定和差异表达分析 | 第70-71页 |
| 3.2.8 可变剪接体分析 | 第71-72页 |
| 3.3 讨论 | 第72-75页 |
| 3.4 小结 | 第75-76页 |
| 第四章 miRNA和转录组整合分析 | 第76-91页 |
| 4.1 材料与方法 | 第76-77页 |
| 4.1.1 软件预测miRNA靶基因 | 第76页 |
| 4.1.2 差异表达靶基因的筛选 | 第76页 |
| 4.1.3 差异靶基因的功能分类分析 | 第76页 |
| 4.1.4 差异miRNA与差异靶基因网络关系的构建 | 第76-77页 |
| 4.2 结果与分析 | 第77-89页 |
| 4.2.1 miRNA靶基因的预测 | 第77页 |
| 4.2.2 miRNA-m RNA整合分析 | 第77-81页 |
| 4.2.3 差异靶基因的功能分析 | 第81-83页 |
| 4.2.4 差异miRNA与差异靶基因互作网络图 | 第83-89页 |
| 4.3 讨论 | 第89-90页 |
| 4.4 小结 | 第90-91页 |
| 第五章 肌肉发育相关miRNA组织表达谱测定 | 第91-105页 |
| 5.1 材料与方法 | 第91-94页 |
| 5.1.1 实验动物及组织样品的采集 | 第91页 |
| 5.1.2 所需主要实验试剂 | 第91页 |
| 5.1.3 试验方法 | 第91-94页 |
| 5.2 结果与分析 | 第94-102页 |
| 5.2.1 RNA提取结果检测 | 第94-95页 |
| 5.2.2 miRNA在不同组织中的相对表达量分析 | 第95-102页 |
| 5.3 讨论 | 第102-104页 |
| 5.4 小结 | 第104-105页 |
| 第六章 肌肉发育关键miRNA基因遗传变异分析 | 第105-128页 |
| 6.1 材料与方法 | 第105-108页 |
| 6.1.1 实验动物及血样来源 | 第105页 |
| 6.1.2 实验试剂 | 第105页 |
| 6.1.3 仪器设备 | 第105-106页 |
| 6.1.4 试验方法 | 第106-108页 |
| 6.1.5 统计分析方法 | 第108页 |
| 6.2 结果与分析 | 第108-125页 |
| 6.2.1 基因组DNA样品检测 | 第108页 |
| 6.2.2 候选miRNA遗传变异检测 | 第108-112页 |
| 6.2.3 候选基因多态基因座的群体遗传学分析 | 第112-118页 |
| 6.2.4 候选基因多态基因座与生长性状相关分析 | 第118-125页 |
| 6.3 讨论 | 第125-127页 |
| 6.4 小结 | 第127-128页 |
| 第七章 徐淮山羊mi R4245p靶基因的初步鉴定 | 第128-142页 |
| 7.1 材料与方法 | 第128-134页 |
| 7.1.1 试验材料 | 第128页 |
| 7.1.2 试验所用的试剂 | 第128页 |
| 7.1.3 miRNA4245p过表达载体的构建 | 第128-131页 |
| 7.1.4 野生型靶基因的p GL-3 载体的构建 | 第131-132页 |
| 7.1.5 突变型靶基因p GL-3 载体的构建 | 第132-133页 |
| 7.1.6 293T细胞的转染 | 第133页 |
| 7.1.7 双荧光素酶报告检测 | 第133页 |
| 7.1.8 数据的统计分析 | 第133-134页 |
| 7.2 结果与分析 | 第134-140页 |
| 7.2.1 靶基因的预测 | 第134页 |
| 7.2.2 pc DNA3.1-pri-mi R4245p过表达载体的构建 | 第134-135页 |
| 7.2.3 定量检测 293T细胞中mi R4245p的表达 | 第135页 |
| 7.2.4 野生型p GL3-control载体的构建与鉴定 | 第135-136页 |
| 7.2.5 突变型p GL3-control载体的构建与鉴定 | 第136-138页 |
| 7.2.6 mi R4245p与各个靶基因的作用 | 第138-140页 |
| 7.3 讨论 | 第140-141页 |
| 7.4 小结 | 第141-142页 |
| 第八章 miRNA4245p对肌肉生长发育调控研究 | 第142-146页 |
| 8.1 材料与方法 | 第142-143页 |
| 8.1.1 实验材料 | 第142页 |
| 8.1.2 实验方法 | 第142-143页 |
| 8.2 结果与分析 | 第143-145页 |
| 8.2.1 pc DNA3.1-pri-mi R4245p质粒转染C2C12细胞 | 第143-144页 |
| 8.2.2 转染后的C2C12细胞的生长及分化标志基因的定量检测 | 第144-145页 |
| 8.3 讨论 | 第145页 |
| 8.4 小结 | 第145-146页 |
| 第九章 结论与创新点 | 第146-148页 |
| 9.1 结论 | 第146-147页 |
| 9.2 创新点 | 第147-148页 |
| 参考文献 | 第148-164页 |
| 附录 | 第164-175页 |
| 致谢 | 第175-176页 |
| 作者简介 | 第176页 |
