| 摘要 | 第6-10页 |
| Abstract | 第10-14页 |
| 第一章 前言 | 第15-45页 |
| 1 定量蛋白质组学 | 第15-21页 |
| 1.1 基于凝胶的定量蛋白质组学 | 第15-16页 |
| 1.2 基于质谱的定量蛋白质组学 | 第16-21页 |
| 1.2.1 体外化学标记技术 | 第17-19页 |
| 1.2.2 体内代谢标记技术 | 第19-21页 |
| 2 与质谱相结合的蛋白质相互作用技术 | 第21-30页 |
| 2.1 免疫共沉淀 | 第21-26页 |
| 2.1.1 亲和纯化 | 第22-25页 |
| 2.1.1.1 抗原表位标签技术(Epitope tagging approach) | 第22页 |
| 2.1.1.2 FLAG标签 | 第22-23页 |
| 2.1.1.3 c-Myc标签 | 第23页 |
| 2.1.1.4 串联亲和纯化 | 第23-25页 |
| 2.1.2 亲和纯化技术的缺点 | 第25-26页 |
| 2.2 化学交联 | 第26-27页 |
| 2.2.1 体内交联 | 第26页 |
| 2.2.2 交联的化学反应 | 第26-27页 |
| 2.3 生物信息学 | 第27-30页 |
| 2.3.1 相互作用的预测 | 第27-28页 |
| 2.3.2 相互作用的验证 | 第28页 |
| 2.3.3 相互作用的数据库管理 | 第28-30页 |
| 3 本论文的选题目的及意义 | 第30-32页 |
| 4 参考文献 | 第32-45页 |
| 第二章 亚细胞定量蛋白组学和生物信息学解析LPS短时刺激下引起的巨噬细胞内TLR4信号通路的变化 | 第45-95页 |
| 1. 引言 | 第45-46页 |
| 2. 实验试剂和实验方法 | 第46-53页 |
| 2.1 化学试剂、抗体及仪器 | 第46-47页 |
| 2.2 细胞培养及AACT/SILAC体内标记 | 第47-48页 |
| 2.3 LPS刺激AMJ2细胞的条件摸索 | 第48页 |
| 2.4 亚细胞器分离 | 第48-49页 |
| 2.5 切胶酶解 | 第49-50页 |
| 2.6 酶解肽段的液相色谱分离及质谱鉴定 | 第50-51页 |
| 2.7 数据库搜库和蛋白定量分析 | 第51-52页 |
| 2.8 免疫印迹 | 第52-53页 |
| 2.9 基于生物信息学的数据分析 | 第53页 |
| 3. 结果和讨论 | 第53-84页 |
| 3.1 LPS刺激下巨噬细胞胞质和核内差异蛋白表达的鉴定和分析 | 第53-56页 |
| 3.2 AACT定量的胞质蛋白和核蛋白的功能分类研究 | 第56-58页 |
| 3.3 LPS刺激下TLR4下游信号通路的相互关联 | 第58-67页 |
| 3.4 LPS诱导的巨噬细胞早期免疫应答中的细胞凋亡 | 第67-74页 |
| 3.5 早期免疫应答中的转录调控网络 | 第74-80页 |
| 3.6 基于AACT定量结果的免疫印迹验证 | 第80-84页 |
| 4 结论 | 第84-85页 |
| 5 参考文献 | 第85-95页 |
| 第三章 结合传统免疫共沉淀及AACT定量蛋白组学技术初步探索TLR2、TLR4信号通路中内源性MyD88的复合物 | 第95-119页 |
| 1. 引言 | 第95-96页 |
| 2. 实验试剂和实验方法 | 第96-100页 |
| 2.1 化学试剂、抗体及仪器 | 第96-97页 |
| 2.2 细胞培养及AACT/SILAC体内标记 | 第97页 |
| 2.3 Zymosan刺激AMJ2细胞的条件摸索 | 第97页 |
| 2.4 蛋白提取和MyD88蛋白复合物的纯化 | 第97-98页 |
| 2.5 酶解肽段的液相色谱分离及质谱鉴定 | 第98-99页 |
| 2.6 数据库搜库和蛋白定量分析 | 第99页 |
| 2.7 免疫印迹 | 第99页 |
| 2.9 基于生物信息学的数据分析 | 第99-100页 |
| 3 结果与讨论 | 第100-115页 |
| 3.1 免疫共沉淀小试 | 第100-101页 |
| 3.2 LPS及Zymosan刺激细胞后内源性MyD88复合物的鉴定和定量 | 第101-109页 |
| 3.3 LPS刺激后MyD88复合物的功能分类 | 第109-110页 |
| 3.4 Zymosan刺激后MyD88复合物的功能分类 | 第110-112页 |
| 3.5 LPS及Zymosan刺激后MyD88复合物的功能比较 | 第112-115页 |
| 4 结论 | 第115-116页 |
| 5 参考文献 | 第116-119页 |
| 第四章 基于AACT的磁珠免疫共沉淀和蛋白结构域信息鉴定分析LPS刺激下RAW264.7 细胞中内源性MyD88的复合物 | 第119-162页 |
| 1. 引言 | 第119-120页 |
| 2. 实验试剂和实验方法 | 第120-124页 |
| 2.1 化学试剂、抗体及仪器 | 第120-121页 |
| 2.2 细胞培养及AACT/SILAC体内标记 | 第121页 |
| 2.3 LPS刺激RAW 264.7细胞的条件摸索 | 第121页 |
| 2.4 蛋白提取和MyD88蛋白复合物的纯化 | 第121-122页 |
| 2.5 酶解肽段的液相色谱分离及质谱鉴定 | 第122-123页 |
| 2.6 数据库搜库和蛋白定量分析 | 第123页 |
| 2.7 免疫印迹(湿转) | 第123-124页 |
| 2.8 基于定量数据的结构域聚类以及结构域相互作用数据分析 | 第124页 |
| 3 结果与讨论 | 第124-155页 |
| 3.1 免疫共沉淀小试 | 第124-126页 |
| 3.2 RAW264.7细胞对LPS的响应情况 | 第126-127页 |
| 3.3 结合磁珠免疫共沉淀以及AACT技术对RAW细胞内源性MyD88复合物的鉴定和定量 | 第127-142页 |
| 3.4 基于定量信息和功能结构域的蛋白相互作用聚类分析 | 第142-149页 |
| 3.5 基于结构域相互作用的蛋白相互作用预测 | 第149-155页 |
| 4 结论 | 第155-156页 |
| 5 参考文献 | 第156-162页 |
| 博士期间发表论文情况 | 第162-163页 |
| 致谢 | 第163-164页 |
