| 摘要 | 第5-8页 |
| Abstract | 第8-10页 |
| 1 前言 | 第14-29页 |
| 1.1 氨氧化微生物的研究进展 | 第14-25页 |
| 1.1.1 参与氮的生物地球化学循环的微生物 | 第14页 |
| 1.1.2 好氧氨氧化微生物概述 | 第14-15页 |
| 1.1.3 好氧氨氧化微生物系统发育 | 第15-18页 |
| 1.1.3.1 氨氧化古菌 | 第15-16页 |
| 1.1.3.2 氨氧化细菌 | 第16-18页 |
| 1.1.4 对环境因子的响应 | 第18-21页 |
| 1.1.4.1 氨 | 第18-19页 |
| 1.1.4.2 温度 | 第19页 |
| 1.1.4.3 溶氧 | 第19-20页 |
| 1.1.4.4 pH | 第20页 |
| 1.1.4.5 H_2S | 第20-21页 |
| 1.1.5 氨氧化古菌和细菌的代谢途径 | 第21-24页 |
| 1.1.5.1 氨氧化 | 第21-22页 |
| 1.1.5.2 固碳 | 第22页 |
| 1.1.5.3 产N_2O | 第22-23页 |
| 1.1.5.4 有机物利用 | 第23-24页 |
| 1.1.6 氨氧化古菌和细菌在海洋中的分布及其对海洋氮循环的贡献 | 第24-25页 |
| 1.2 研究区域概况 | 第25-26页 |
| 1.2.1 中国东部边缘海概述 | 第25页 |
| 1.2.2 黄、东海泥质区概述 | 第25-26页 |
| 1.3 氨氧化微生物群落结构的主要研究方法 | 第26-28页 |
| 1.3.1 DGGE | 第26页 |
| 1.3.2 克隆文库测序 | 第26-27页 |
| 1.3.3 高通量测序 | 第27页 |
| 1.3.4 荧光原位杂交技术 | 第27-28页 |
| 1.3.5 荧光定量PCR | 第28页 |
| 1.4 研究目的及意义 | 第28-29页 |
| 2 材料与方法 | 第29-38页 |
| 2.1 实验材料 | 第29-32页 |
| 2.1.1 样品采集 | 第29-30页 |
| 2.1.2 实验仪器 | 第30-31页 |
| 2.1.3 实验试剂 | 第31-32页 |
| 2.2 实验方法 | 第32-37页 |
| 2.2.1 构建amoA基因克隆文库 | 第32-34页 |
| 2.2.1.1 样品总DNA的提取 | 第32页 |
| 2.2.1.2 amoA基因的扩增 | 第32-33页 |
| 2.2.1.3 扩增产物检测 | 第33页 |
| 2.2.1.4 PCR产物纯化 | 第33页 |
| 2.2.1.5 连接 | 第33页 |
| 2.2.1.6 转化、筛选和测序 | 第33-34页 |
| 2.2.2 荧光定量PCR | 第34-35页 |
| 2.2.2.1 amoA基因标准质粒的构建 | 第34页 |
| 2.2.2.2 amoA基因标准曲线的构建 | 第34-35页 |
| 2.2.2.3 沉积物中氨氧化细菌和古菌amoA基因定量 | 第35页 |
| 2.2.3 环境因子测量 | 第35页 |
| 2.2.4 数据分析 | 第35-37页 |
| 2.2.4.1 测序结果预处理 | 第35-36页 |
| 2.2.4.2 OTU划分及多样性指数计算 | 第36页 |
| 2.2.4.3 稀释性曲线的绘制及克隆文库覆盖度计算 | 第36页 |
| 2.2.4.4 系统发育树的构建 | 第36页 |
| 2.2.4.5 聚类分析 | 第36-37页 |
| 2.2.4.6 相关性分析 | 第37页 |
| 2.3 序列提交 | 第37-38页 |
| 3 实验结果与分析 | 第38-59页 |
| 3.1 环境因子分析 | 第38-39页 |
| 3.2 氨氧化古菌amoA基因克隆文库分析 | 第39-47页 |
| 3.2.1 氨氧化古菌amoA基因扩增结果 | 第39-40页 |
| 3.2.2 氨氧化古菌amoA基因文库群落组成分析 | 第40-41页 |
| 3.2.3 氨氧化古菌amoA基因克隆文库覆盖率与稀释曲线 | 第41页 |
| 3.2.4 氨氧化古菌amoA基因文库多样性指数分析 | 第41-42页 |
| 3.2.5 氨氧化古菌amoA基因系统发育分析 | 第42-45页 |
| 3.2.6 氨氧化古菌amoA基因聚类分析 | 第45-46页 |
| 3.2.7 氨氧化古菌amoA基因群落结构和环境因子相关性分析 | 第46-47页 |
| 3.3 氨氧化细菌amoA基因克隆文库分析 | 第47-53页 |
| 3.3.1 氨氧化细菌amoA基因扩增结果 | 第47-48页 |
| 3.3.2 氨氧化细菌amoA基因文库群落组成分析 | 第48页 |
| 3.3.3 氨氧化细菌amoA基因克隆文库覆盖率与稀释曲线 | 第48-49页 |
| 3.3.4 氨氧化细菌amoA基因文库多样性指数分析 | 第49-50页 |
| 3.3.5 氨氧化细菌amoA基因系统进化分析 | 第50-52页 |
| 3.3.6 氨氧化细菌amoA基因聚类分析 | 第52页 |
| 3.3.7 氨氧化细菌amoA基因群落结构和环境因子相关性分析 | 第52-53页 |
| 3.4 氨氧化古菌及细菌amoA基因序列号 | 第53页 |
| 3.5 氨氧化古菌amoA基因定量分析 | 第53-55页 |
| 3.5.1 氨氧化古菌amoA基因标准曲线 | 第53-54页 |
| 3.5.2 氨氧化古菌amoA基因拷贝数 | 第54-55页 |
| 3.6 氨氧化细菌amoA基因定量分析 | 第55-57页 |
| 3.6.1 氨氧化细菌amoA基因标准曲线 | 第55-56页 |
| 3.6.2 氨氧化细菌amoA基因拷贝数 | 第56-57页 |
| 3.7 古菌与细菌amoA丰度比较 | 第57-58页 |
| 3.8 amoA基因多样性和丰度与环境因子相关性分析 | 第58-59页 |
| 4 讨论 | 第59-64页 |
| 4.1 氨氧化细菌和古菌的群落组成 | 第59页 |
| 4.2 不同类群AOA和AOB生态位分化 | 第59-62页 |
| 4.3 细菌和古菌amoA基因的丰度 | 第62-63页 |
| 4.4 氨氧化细菌和古菌对环境因子的响应 | 第63-64页 |
| 结论 | 第64-66页 |
| 参考文献 | 第66-77页 |
| 致谢 | 第77-78页 |
| 个人简历 | 第78页 |
| 参与发表的学术论文 | 第78页 |
