| 摘要 | 第7-9页 |
| ABSTRACT | 第9-11页 |
| 第一章 绪论 | 第12-25页 |
| 1.1 中药复方药效物质基础和作用机制的研究现状 | 第12-14页 |
| 1.2 中药网络药理学研究 | 第14-16页 |
| 1.3 基因表达谱 | 第16-19页 |
| 1.3.1 基因芯片 | 第16页 |
| 1.3.2 GEO数据库 | 第16-17页 |
| 1.3.3 基因表达谱数据分析 | 第17-19页 |
| 1.3.4 基因在线功能注释 | 第19页 |
| 1.4 药物靶标作用预测 | 第19-21页 |
| 1.4.1 分子对接 | 第19-20页 |
| 1.4.2 药效团模型 | 第20页 |
| 1.4.3 化学结构相似性搜索 | 第20页 |
| 1.4.4 机器学习方法 | 第20-21页 |
| 1.5 DSP与AS | 第21-23页 |
| 1.5.1 化学研究 | 第21页 |
| 1.5.2 药理研究 | 第21-22页 |
| 1.5.3 AS相关机制 | 第22-23页 |
| 1.6 选题意义及研究内容 | 第23-25页 |
| 第二章 基于基因表达谱和网络拓扑方法识别AS相关基因靶标 | 第25-34页 |
| 2.1 材料 | 第26页 |
| 2.1.1 基因表达谱 | 第26页 |
| 2.1.2 人类蛋白互作数据库 | 第26页 |
| 2.2 方法 | 第26-29页 |
| 2.2.1 赋予基因网络权重 | 第26-28页 |
| 2.2.2 网络拓扑参数 | 第28页 |
| 2.2.3 比较拓扑参数 | 第28页 |
| 2.2.4 识别疾病相关社区模块 | 第28-29页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第29-33页 |
| 2.3.1 比较全局拓扑结构 | 第29-30页 |
| 2.3.2 比较局部拓扑结构 | 第30页 |
| 2.3.3 识别疾病模块及筛选关键靶标 | 第30-31页 |
| 2.3.4 GO注释和KEGG通路分析 | 第31-33页 |
| 2.4 小结 | 第33-34页 |
| 第三章 基于药效团模型的DSP治疗AS成分-靶点网络 | 第34-41页 |
| 3.1 实验材料 | 第34-35页 |
| 3.1.1 AS靶标 | 第34-35页 |
| 3.1.2 复方小分子成分 | 第35页 |
| 3.2 实验方法 | 第35-36页 |
| 3.2.1 药效团模型的构建 | 第35-36页 |
| 3.2.2 药效团模型的验证 | 第36页 |
| 3.2.3 虚拟筛选 | 第36页 |
| 3.3 实验结果 | 第36-40页 |
| 3.3.1 药效团模型 | 第36-37页 |
| 3.3.2 药效团的验证 | 第37-39页 |
| 3.3.3 虚拟筛选结果 | 第39-40页 |
| 3.4 小结 | 第40-41页 |
| 第四章 基于模式分析技术识别DSP治疗AS的网络功能模块 | 第41-54页 |
| 4.1 材料 | 第41-44页 |
| 4.1.1 复方成分 | 第41-42页 |
| 4.1.2 AS相关靶点 | 第42-44页 |
| 4.2 方法 | 第44-46页 |
| 4.2.1 分子对接 | 第44页 |
| 4.2.2 对接前分子及靶点处理 | 第44页 |
| 4.2.3 对接过程 | 第44页 |
| 4.2.4 对接结果处理 | 第44页 |
| 4.2.5 分子相似度 | 第44页 |
| 4.2.6 生物网络功能模块识别 | 第44-45页 |
| 4.2.7 构建异质网络 | 第45页 |
| 4.2.8 检测功能模块 | 第45-46页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第46-52页 |
| 4.3.1 分子对接结果 | 第46页 |
| 4.3.2 分子相似度结果 | 第46页 |
| 4.3.3 生物网络功能模块识别结果 | 第46-47页 |
| 4.3.4 功能模块的GO注释及KEGG通路分析 | 第47-52页 |
| 4.4 小结 | 第52-54页 |
| 第五章 总结与展望 | 第54-56页 |
| 参考文献 | 第56-63页 |
| 攻读硕士期间发表的论文 | 第63-64页 |
| 附录 | 第64-86页 |
| 致谢 | 第86页 |
