| 摘要 | 第4-5页 |
| ABSTRACT | 第5-6页 |
| 第1章 绪论 | 第9-17页 |
| 1.1 课题研究的背景、目的和意义 | 第9-12页 |
| 1.1.1 课题研究的背景 | 第11页 |
| 1.1.2 课题研究的目的及意义 | 第11-12页 |
| 1.2 课题的研究现状 | 第12-15页 |
| 1.3 课题的研究内容 | 第15-16页 |
| 1.4 本文结构安排 | 第16-17页 |
| 第2章 序列比对概念及相关知识 | 第17-31页 |
| 2.1 引言 | 第17页 |
| 2.2 相关背景知识 | 第17-19页 |
| 2.3 DNA序列比对 | 第19-28页 |
| 2.3.1 序列比对打分 | 第19-21页 |
| 2.3.2 主要比对策略介绍 | 第21-22页 |
| 2.3.3 主要比对方法介绍 | 第22-26页 |
| 2.3.4 相关数据文件格式 | 第26-28页 |
| 2.4 InDel检测 | 第28-30页 |
| 2.4.1 序列拼接方法 | 第28页 |
| 2.4.2 覆盖率分析法 | 第28-29页 |
| 2.4.3 拆分测序片段映射的方法 | 第29页 |
| 2.4.4 存在问题 | 第29-30页 |
| 2.5 本章小结 | 第30-31页 |
| 第3章 基于DNA短read数据的InDel检测算法研究 | 第31-46页 |
| 3.1 引言 | 第31页 |
| 3.2 InDel检测研究背景 | 第31-32页 |
| 3.3 InDel检测算法设计 | 第32-35页 |
| 3.4 整体实现 | 第35-45页 |
| 3.4.1 参考序列的哈希表构建 | 第36-39页 |
| 3.4.2 read定位 | 第39-40页 |
| 3.4.3 InDel检测 | 第40-43页 |
| 3.4.4 结果评估 | 第43-45页 |
| 3.5 本章小结 | 第45-46页 |
| 第4章 算法实验分析 | 第46-59页 |
| 4.1 引言 | 第46页 |
| 4.2 模拟实验数据 | 第46-48页 |
| 4.2.1 模拟数据方法 | 第46-47页 |
| 4.2.2 模拟数据 | 第47-48页 |
| 4.3 实验 | 第48-58页 |
| 4.3.1 对种子长度的探索实验 | 第49-52页 |
| 4.3.2 引入supportNum的对比实验 | 第52-55页 |
| 4.3.3 取交集实验 | 第55-57页 |
| 4.3.4 与Needleman-Wunsch算法结果对比 | 第57-58页 |
| 4.4 本章小结 | 第58-59页 |
| 结论 | 第59-60页 |
| 参考文献 | 第60-64页 |
| 攻读硕士期间发表的论文及其它成果 | 第64-66页 |
| 致谢 | 第66页 |