基因富集分析方法研究及基因与疾病关联性分析
| 摘要 | 第4-5页 |
| ABSTRACT | 第5-6页 |
| 第1章 绪论 | 第9-17页 |
| 1.1 课题的来源及研究的背景和意义 | 第9-11页 |
| 1.1.1 课题来源 | 第9页 |
| 1.1.2 课题的研究背景和意义 | 第9-11页 |
| 1.2 国内外在该方向的研究现状及分析 | 第11-15页 |
| 1.2.1 国外研究现状 | 第11-15页 |
| 1.2.2 国内研究现状 | 第15页 |
| 1.3 主要研究内容和论文组织结构 | 第15-17页 |
| 第2章 基因富集分析方法的介绍 | 第17-24页 |
| 2.1 引言 | 第17-18页 |
| 2.2 常用的基因富集分析方法 | 第18-23页 |
| 2.2.1 GSEA | 第18-19页 |
| 2.2.2 GSVA | 第19-20页 |
| 2.2.3 GSCA与GSNCA | 第20-21页 |
| 2.2.4 DRAGEN | 第21-22页 |
| 2.2.5 各类方法优缺点的比较 | 第22-23页 |
| 2.3 本章小结 | 第23-24页 |
| 第3章 基于拓扑势的基因差异分析模型 | 第24-39页 |
| 3.1 引言 | 第24-26页 |
| 3.2 基于拓扑势模型算法的主要步骤 | 第26-30页 |
| 3.2.1 数据预处理 | 第26-27页 |
| 3.2.2 计算基因集的拓扑势向量 | 第27-29页 |
| 3.2.3 计算信息散度 | 第29页 |
| 3.2.4 交叉互换最终判定差异基因集 | 第29-30页 |
| 3.3 实验分析 | 第30-38页 |
| 3.3.1 算法实验准备工作 | 第30页 |
| 3.3.2 基于肠癌数据的实验 | 第30-34页 |
| 3.3.3 对肠癌数据的深入分析 | 第34-37页 |
| 3.3.4 与疾病相关的中心基因 | 第37-38页 |
| 3.4 本章小结 | 第38-39页 |
| 第4章 基于人体调控网络的拓扑势模型 | 第39-55页 |
| 4.1 引言 | 第39-40页 |
| 4.2 基于HTRN网络的拓扑势模型 | 第40-41页 |
| 4.3 基于网络的中心基因分析法 | 第41-42页 |
| 4.4 实验分析 | 第42-55页 |
| 4.4.1 对引入网络拓扑势模型的分析 | 第43-51页 |
| 4.4.2 比较不同类别中心基因的异同 | 第51-55页 |
| 结论 | 第55-57页 |
| 参考文献 | 第57-62页 |
| 攻读硕士期间发表的论文及其它成果 | 第62-64页 |
| 致谢 | 第64页 |
