| 摘要 | 第1-7页 |
| ABSTRACT | 第7-14页 |
| 第一章 绪论 | 第14-26页 |
| ·研究背景 | 第14-17页 |
| ·高性能计算机的飞速发展 | 第14-15页 |
| ·并行编程模型的适用问题 | 第15页 |
| ·分子动力学模拟 | 第15-17页 |
| ·国内外的研究现状 | 第17-23页 |
| ·混合并行模型的研究现状 | 第17-22页 |
| ·并行 MD 计算的研究现状 | 第22-23页 |
| ·混合并行 MD 计算的研究现状 | 第23页 |
| ·论文主要工作及贡献 | 第23-26页 |
| 第二章 分子动力学与混合并行计算的基本原理 | 第26-44页 |
| ·分子动力学基本原理 | 第26-34页 |
| ·MD 计算中的基本概念 | 第26-32页 |
| ·串行 MD 中的一些近似方法 | 第32-34页 |
| ·并行分子动力学基本算法 | 第34-37页 |
| ·原子分解法 | 第35-36页 |
| ·力分解法 | 第36页 |
| ·空间分解法 | 第36-37页 |
| ·其它并行方法 | 第37页 |
| ·混合并行模型的原理与设计 | 第37-43页 |
| ·多核集群与并行编程模型 | 第38-42页 |
| ·混合 MPI/OpenMP 并行模型 | 第42-43页 |
| ·本章小结 | 第43-44页 |
| 第三章 基于 Critical Section 的三角形并行 MD 算法 | 第44-57页 |
| ·提出背景 | 第44-45页 |
| ·Critical Section 算法 | 第45-48页 |
| ·Critical Section 算法的性能分析 | 第48-50页 |
| ·Critical Section 算法的时间线 | 第48-49页 |
| ·Critical Section 算法性能分析 | 第49-50页 |
| ·三角形并行 MD 算法 | 第50-53页 |
| ·三角形并行 MD 算法的时间线 | 第50-51页 |
| ·三角形并行 MD 算法的设计 | 第51-53页 |
| ·三角形并行 MD 算法的性能分析 | 第53-54页 |
| ·算法测试与结果讨论 | 第54-56页 |
| ·本章小结 | 第56-57页 |
| 第四章 基于 OpenMP 的 SPMD-like 并行 MD 算法 | 第57-70页 |
| ·提出背景 | 第57-58页 |
| ·基本原理 | 第58-59页 |
| ·算法设计 | 第59-62页 |
| ·算法描述 | 第62-64页 |
| ·算法测试及分析 | 第64-69页 |
| ·本章小结 | 第69-70页 |
| 第五章 嵌入 SPMD-like 算法的混合 MPI/OpenMP 并行 MD 算法 | 第70-84页 |
| ·提出背景 | 第70-71页 |
| ·基本原理 | 第71-72页 |
| ·混合并行框架设计 | 第72-73页 |
| ·线程级并行设计 | 第73-77页 |
| ·测试系统与环境 | 第77页 |
| ·测试结果与分析 | 第77-83页 |
| ·性能比较 | 第77-80页 |
| ·通信成本分析 | 第80-82页 |
| ·时间复杂度分析 | 第82-83页 |
| ·本章小结 | 第83-84页 |
| 第六章 面向多线程并行 MD 计算的分块轮换归约算法 | 第84-97页 |
| ·提出背景 | 第84页 |
| ·基本原理 | 第84-85页 |
| ·算法设计 | 第85-86页 |
| ·算法描述 | 第86页 |
| ·算法性能分析 | 第86-88页 |
| ·算法测试与结果讨论 | 第88-95页 |
| ·本章小结 | 第95-97页 |
| 第七章 MPI/TBB 混合并行算法及其在 LAMMPS 中的实现研究 | 第97-105页 |
| ·提出背景 | 第97-99页 |
| ·LAMMPS 模拟软件 | 第97-99页 |
| ·TBB 并行编程模型 | 第99页 |
| ·基本原理 | 第99-100页 |
| ·算法设计 | 第100-102页 |
| ·算法测试及分析 | 第102-104页 |
| ·本章小结 | 第104-105页 |
| 第八章 结论 | 第105-108页 |
| ·本文的主要贡献 | 第105-107页 |
| ·下一步工作的展望 | 第107-108页 |
| 致谢 | 第108-109页 |
| 参考文献 | 第109-118页 |
| 攻博期间取得的研究成果 | 第118-120页 |
| 课题 | 第119页 |
| 获奖情况 | 第119-120页 |
