| 摘要 | 第1-6页 |
| ABSTRACT | 第6-17页 |
| 第一章 绪论 | 第17-37页 |
| ·水体富营养化问题概述 | 第17-21页 |
| ·水体富营养化的成因 | 第17-18页 |
| ·水体富营养化的危害 | 第18-19页 |
| ·我国水体富营养化的现状 | 第19-21页 |
| ·微生物在自然环境中的作用 | 第21-22页 |
| ·环境微生物分子检测技术 | 第22-28页 |
| ·PCR 检测技术 | 第22-23页 |
| ·分子克隆技术 | 第23-24页 |
| ·DGGE 和TGGE 技术 | 第24-25页 |
| ·实时荧光定量PCR | 第25-28页 |
| ·特征基因的分子研究 | 第28-29页 |
| ·16S rRNA 基因 | 第28-29页 |
| ·功能基因同源性分析 | 第29页 |
| ·本课题的研究意义和目的 | 第29-32页 |
| ·本课题的研究意义 | 第29-30页 |
| ·研究内容和拟达到的研究目的 | 第30-32页 |
| 参考文献 | 第32-37页 |
| 第二章 太湖富营养化水体中蓝细菌的群落变迁研究 | 第37-68页 |
| ·前言 | 第37-41页 |
| ·蓝细菌的生理生化机制概述 | 第37-38页 |
| ·蓝细菌的系统发育研究 | 第38-39页 |
| ·蓝细菌的分子研究进展 | 第39-40页 |
| ·研究意义和主要内容 | 第40-41页 |
| ·材料与方法 | 第41-52页 |
| ·水样的采集 | 第41-42页 |
| ·样品理化性质测定 | 第42页 |
| ·样品基因组DNA 的提取 | 第42-44页 |
| ·蓝细菌16S rRNA 基因特异性片段DGGE-PCR 扩增 | 第44-45页 |
| ·变性梯度凝胶电泳（DGGE） | 第45-46页 |
| ·DGGE 凝胶图谱分析 | 第46页 |
| ·系统发育分析 | 第46-47页 |
| ·荧光定量PCR 引物和探针的选择 | 第47-48页 |
| ·荧光定量PCR 标准品准备 | 第48-50页 |
| ·标准样品浓度测定 | 第50-51页 |
| ·荧光定量 PCR 最佳 Mg~(2+)、引物和探针浓度摸索 | 第51页 |
| ·荧光定量PCR 检测 | 第51-52页 |
| ·统计学分析 | 第52页 |
| ·结果与分析 | 第52-59页 |
| ·太湖水样理化因子分析 | 第52-53页 |
| ·蓝细菌16S rRNA 基因DGGE-PCR 扩增 | 第53-54页 |
| ·水样中蓝细菌DGGE 图谱 | 第54-56页 |
| ·蓝细菌群落的定量结果 | 第56-59页 |
| ·相关性分析 | 第59页 |
| ·讨论 | 第59-62页 |
| ·太湖富营养化水体中蓝细菌的分布特征 | 第59-60页 |
| ·太湖富营养化水体中的Microcystis 和Synechococcus | 第60-62页 |
| ·本章小结 | 第62-64页 |
| 参考文献 | 第64-68页 |
| 第三章 太湖富营养化水体中产微囊藻毒素蓝细菌的分子监测 | 第68-93页 |
| ·前言 | 第68-73页 |
| ·微囊藻毒素的概述和危害 | 第68-70页 |
| ·微囊藻毒素合成酶基因mcy | 第70-71页 |
| ·产微囊藻毒素蓝细菌的分子生态学研究进展 | 第71-72页 |
| ·我国淡水水体中产MC 蓝细菌水华的情况 | 第72页 |
| ·研究意义和主要内容 | 第72-73页 |
| ·材料与方法 | 第73-77页 |
| ·水样的采集 | 第73页 |
| ·产MC 的蓝细菌的mcyA-Cd 基因片段DGGE-PCR 扩增 | 第73-74页 |
| ·mcyA-Cd 基因片段的变性梯度凝胶电泳（DGGE） | 第74-75页 |
| ·mcyA-Cd 基因片段的DGGE 凝胶图谱分析 | 第75页 |
| ·系统发育分析 | 第75-76页 |
| ·SYBR-Green I 荧光定量PCR 检测法 | 第76-77页 |
| ·统计学分析 | 第77页 |
| ·结果与分析 | 第77-83页 |
| ·mcyA-Cd 基因片段的PCR 扩增 | 第77-78页 |
| ·mcyA-Cd 基因片段DGGE 图谱分析 | 第78-81页 |
| ·产MC 蓝细菌的群落定量结果 | 第81-83页 |
| ·相关性分析 | 第83页 |
| ·讨论 | 第83-87页 |
| ·太湖水体中产MC 蓝细菌群落的多样性 | 第83-84页 |
| ·太湖水体中产MC 蓝细菌群落结构变迁 | 第84-85页 |
| ·产MC 蓝细菌群落数量的变迁和MC 浓度的关系 | 第85-87页 |
| ·产MC 蓝细菌群落数量变化和环境因子的关系 | 第87页 |
| ·本章小结 | 第87-89页 |
| 参考文献 | 第89-93页 |
| 第四章 太湖底泥中蓝细菌群落的垂直分布 | 第93-111页 |
| ·前言 | 第93-95页 |
| ·太湖的富营养化进程 | 第93-94页 |
| ·传统研究方法对太湖水体中蓝细菌变迁的认识 | 第94-95页 |
| ·研究意义和主要内容 | 第95页 |
| ·材料与方法 | 第95-100页 |
| ·泥样的采集 | 第95-96页 |
| ·样品理化性质测定 | 第96页 |
| ·样品基因组DNA 的提取 | 第96-97页 |
| ·蓝细菌16S rRNA 基因特异性片段DGGE-PCR 扩增 | 第97页 |
| ·变性梯度凝胶电泳（DGGE） | 第97-98页 |
| ·DGGE 凝胶图谱分析 | 第98页 |
| ·系统发育分析 | 第98-99页 |
| ·荧光实时定量PCR | 第99页 |
| ·荧光定量PCR 标准品准备 | 第99页 |
| ·荧光定量PCR 最佳Mg~(2+)、引物和探针浓度摸索 | 第99页 |
| ·荧光定量PCR 检测 | 第99-100页 |
| ·统计学分析 | 第100页 |
| ·结果与分析 | 第100-106页 |
| ·泥样的理化因子测定 | 第100-101页 |
| ·泥样DNA 样品的提取 | 第101页 |
| ·蓝细菌16S rRNA 基因片段PCR 扩增 | 第101-102页 |
| ·泥样中蓝细菌DGGE 图谱 | 第102-105页 |
| ·蓝细菌群落的定量结果 | 第105-106页 |
| ·相关性分析 | 第106页 |
| ·讨论 | 第106-108页 |
| ·太湖底泥样品中理化因子分析 | 第106-107页 |
| ·太湖底泥中蓝细菌的群落结构和丰度变化 | 第107-108页 |
| ·本章小结 | 第108-109页 |
| 参考文献 | 第109-111页 |
| 第五章 太湖底泥中细菌和古菌群落的垂直分布 | 第111-149页 |
| ·前言 | 第111-114页 |
| ·细菌和古菌 | 第111-112页 |
| ·16S rRNA 基因V3 区 | 第112-113页 |
| ·巢式PCR 扩增 | 第113页 |
| ·研究意义和主要内容 | 第113-114页 |
| ·材料与方法 | 第114-121页 |
| ·底泥和水体样品 | 第114页 |
| ·细菌和古菌16S rRNA 基因V3 区巢式扩增 | 第114-115页 |
| ·细菌和古菌16S rRNA 基因长片段分子克隆和克隆归类 | 第115-117页 |
| ·细菌和古菌V3 区巢式PCR 产物DGGE 分析 | 第117页 |
| ·DGGE 凝胶图谱分析 | 第117-118页 |
| ·氨单加氧酶基因（amoA）片段的PCR 检测 | 第118页 |
| ·amoA 基因片段的分子克隆 | 第118-119页 |
| ·系统发育分析 | 第119页 |
| ·荧光实时定量PCR | 第119-120页 |
| ·荧光定量PCR 标准品准备 | 第120页 |
| ·荧光定量PCR 最佳Mg~(2+)、引物和探针浓度摸索 | 第120页 |
| ·荧光定量PCR 检测 | 第120-121页 |
| ·结果与分析 | 第121-135页 |
| ·细菌16S rRNA 基因V3 区巢式扩增 | 第121-122页 |
| ·细菌16S rRNA 基因V3 区DGGE 图谱分析 | 第122-124页 |
| ·细菌16S rRNA 基因克隆文库的建立 | 第124-125页 |
| ·细菌16S rRNA 基因片段的系统发育分析 | 第125-127页 |
| ·细菌16S rRNA 基因克隆文库结合V3 区的DGGE 指纹图分析 | 第127页 |
| ·古菌16S rRNA 基因V3 区巢式扩增 | 第127-129页 |
| ·古菌16S rRNA 基因V3 区DGGE 图谱分析 | 第129-130页 |
| ·古菌16S rRNA 基因克隆文库的建立 | 第130页 |
| ·古菌16S rRNA 基因片段的系统发育分析 | 第130-132页 |
| ·古菌16S rRNA 基因克隆文库结合V3 区的DGGE 指纹图分析 | 第132-133页 |
| ·氨氧化细菌和氨氧化古菌的检测 | 第133-135页 |
| ·荧光定量PCR 结果 | 第135页 |
| ·讨论 | 第135-139页 |
| ·底泥中细菌群落的生态分布特征 | 第136页 |
| ·底泥中古菌群落的生态分布特征 | 第136-137页 |
| ·底泥中硝化细菌的生态分布特征 | 第137-138页 |
| ·底泥中环境因子对微生物群落的影响 | 第138-139页 |
| ·本章小结 | 第139-140页 |
| 参考文献 | 第140-149页 |
| 第六章 全文总结 | 第149-152页 |
| ·主要结论 | 第149-151页 |
| ·展望 | 第151-152页 |
| 论文的创新性 | 第152-153页 |
| 附录1 缩写词列表 | 第153-155页 |
| 致谢 | 第155-156页 |
| 攻读博士学位期间发表论文和申请专利 | 第156-159页 |
| 上海交通大学学位论文答辩决议书 | 第159页 |
