| 中文摘要 | 第1-11页 |
| Abstract | 第11-14页 |
| 引言 | 第14-16页 |
| 第一章 文献综述 | 第16-51页 |
| ·哺乳动物卵巢发育的研究背景 | 第16-26页 |
| ·卵巢的结构及功能 | 第16-18页 |
| ·卵泡分类 | 第18-19页 |
| ·卵泡发育 | 第19-21页 |
| ·卵泡早期发育的分子调控 | 第21-25页 |
| ·原始卵泡的生长启动不受下丘脑-垂体轴的直接调节 | 第21页 |
| ·抗谬勒氏管激素对原始卵泡发育的调控 | 第21-22页 |
| ·Kl和Kit对原始卵泡发育的调控 | 第22-23页 |
| ·Gdf9对原始卵泡发育的调节 | 第23页 |
| ·Bmp15和Bmp4对原始卵泡发育的调节 | 第23-24页 |
| ·Fgf7对原始卵泡发育的调节 | 第24页 |
| ·Nobox对原始卵泡发育的调控作用 | 第24-25页 |
| ·Fox12对原始卵泡发育的调控作用 | 第25页 |
| ·卵泡的后期发育及闭锁退化 | 第25-26页 |
| ·小鼠卵巢转录组学研究 | 第26-28页 |
| ·转录组学的研究方法 | 第28-51页 |
| ·EST表达序列标签 | 第28-32页 |
| ·EST技术的形成和发展 | 第28-29页 |
| ·EST技术原理 | 第29-30页 |
| ·EST技术的应用 | 第30-32页 |
| ·EST技术的不足 | 第32页 |
| ·DNA微阵列 | 第32-35页 |
| ·基因芯片的工作原理 | 第32-33页 |
| ·基因芯片的技术流程 | 第33-35页 |
| ·基因芯片技术的应用 | 第35页 |
| ·基因芯片的缺点 | 第35页 |
| ·SAGE基因表达系列分析 | 第35-39页 |
| ·SAGE的理论基础 | 第36页 |
| ·SAGE的技术流程 | 第36-38页 |
| ·SAGE的优点和应用 | 第38-39页 |
| ·大规模平行信号测序系统 | 第39-40页 |
| ·上述各技术间的优缺点比较 | 第40-41页 |
| ·RNA-seq技术及其应用 | 第41-51页 |
| ·新一代测序技术发展概况 | 第43页 |
| ·SOLiD关键技术及其原理 | 第43-50页 |
| ·SOLiD测序技术的应用 | 第50-51页 |
| 第二章 材料与方法 | 第51-62页 |
| ·实验材料 | 第51页 |
| ·主要化学试剂 | 第51-52页 |
| ·试剂盒 | 第52页 |
| ·实验方法 | 第52-59页 |
| ·实验材料的处理 | 第52-53页 |
| ·RNA提取 | 第53-54页 |
| ·核糖体RNA的去除 | 第54-55页 |
| ·角SOLiD~(TM) Whole Transcriptome Analysis Kit构建文库 | 第55-59页 |
| ·rm-RNA的杂交以及反转录,具体实验步骤如下 | 第55-57页 |
| ·cDNA片段选择 | 第57-58页 |
| ·目的片段的扩增 | 第58-59页 |
| ·进行SOLiD上机建库前步骤 | 第59页 |
| ·数据分析方法 | 第59-62页 |
| ·SOLiD序列在基因组上的注释 | 第59-60页 |
| ·可变剪切数据集的构建 | 第60-61页 |
| ·基因表达谱分析 | 第61页 |
| ·差异表达基因的确定及功能分类 | 第61页 |
| ·转录因子在三文库中表达情况的分析 | 第61-62页 |
| 第三章 结果 | 第62-106页 |
| ·转录组文库的构建 | 第62-63页 |
| ·RNA-SEQ数据的性质 | 第63-65页 |
| ·测序质量的检测 | 第63-64页 |
| ·测序数据的注释 | 第64-65页 |
| ·基因表达谱的分析 | 第65-74页 |
| ·三文库中表达基因数量及种类的变化 | 第65-67页 |
| ·RPKM值的计算及修正 | 第67-71页 |
| ·mRNA编码基因的表达谱分析 | 第71-74页 |
| ·基因内含子区域表达的分析 | 第74-79页 |
| ·基因可变剪切的分析 | 第79-81页 |
| ·三个文库表达基因的功能分类 | 第81-83页 |
| ·三个文库差异表达基因的研究 | 第83-98页 |
| ·差异表达基因的功能分析 | 第84-91页 |
| ·幼年期小鼠卵巢与青春期小鼠卵巢差异表达的基因 | 第84-88页 |
| ·青春期与成年期小鼠卵巢差异表达的基因 | 第88-91页 |
| ·差异表达基因在细胞信号通路上的变化 | 第91-98页 |
| ·差异表达基因在类固醇激素合成通路上的定位 | 第92-94页 |
| ·差异表达基因在细胞凋亡通路上的定位 | 第94-95页 |
| ·差异表达基因在MAPK信号通路上的定位 | 第95-98页 |
| ·转录因子在不同发育时期卵巢中的表达 | 第98-106页 |
| 第四章 讨论及后续工作计划 | 第106-111页 |
| ·RNA-SEQ在研究整体转录组中的应用 | 第106-107页 |
| ·小鼠卵巢转录组的特点 | 第107-108页 |
| ·三个发育时期卵巢差异表达基因的研究 | 第108-109页 |
| ·本文创新点 | 第109页 |
| ·后续工作计划 | 第109-111页 |
| 参考文献 | 第111-119页 |
| 英文缩略词 | 第119-120页 |
| 附录 | 第120-128页 |
| 致谢 | 第128页 |