| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-8页 |
| 第一章 绪论 | 第13-36页 |
| 1.1 蛋白质相互作用组与蛋白质相互作用网络 | 第13-14页 |
| 1.2 细胞内蛋白质相互作用检测技术 | 第14-22页 |
| 1.2.1 酵母双杂交及其衍生技术 | 第14-17页 |
| 1.2.2 荧光共振能量转移技术 | 第17-19页 |
| 1.2.3 蛋白质片段互补及其衍生技术 | 第19-22页 |
| 1.3 细胞内蛋白质相互作用组检测技术 | 第22-26页 |
| 1.3.1 高通量酵母双杂交技术 | 第22-24页 |
| 1.3.2 亲和纯化质谱技术 | 第24-26页 |
| 1.4 细胞内蛋白质相互作用组研究方法的最新进展 | 第26-29页 |
| 1.5 细胞内不同蛋白质相互作用间的互相影响及其功能 | 第29-34页 |
| 1.5.1 Ras超家族蛋白的多路复用模型 | 第29-32页 |
| 1.5.2 酵母高渗信号通路(HOG)的频率信号感知模型 | 第32-34页 |
| 1.5.3 细菌CpxRA双组分系统的信号调控模型 | 第34页 |
| 1.6 小结 | 第34-36页 |
| 第二章 基于DNA序列识别的细胞内蛋白质相互作用定量检测新方法的建立 | 第36-65页 |
| 2.1 蛋白质二聚化足迹法(PdF)的检测原理与方法设计 | 第36-43页 |
| 2.1.1 基于核酸的分子检测技术的优势及应用 | 第36-37页 |
| 2.1.2 λ噬菌体CI蛋白的结构与功能 | 第37页 |
| 2.1.3 基于λ噬菌体CI蛋白DNA结合结构域的蛋白质二聚化识别 | 第37-42页 |
| 2.1.4 PdF方法对蛋白质二聚化的识别 | 第42-43页 |
| 2.2 PdF方法中PPI-DNA转码过程的定量模型与验证 | 第43-50页 |
| 2.2.1 PPI-DNA转码过程的模型描述 | 第43-44页 |
| 2.2.2 PPI-DNA转码过程模型的实验约束 | 第44-46页 |
| 2.2.3 PPI-DNA转码过程模型的推导 | 第46-49页 |
| 2.2.4 PPI-DNA转码过程模型的实验验证 | 第49-50页 |
| 2.3 PdF方法的定量检测能力分析 | 第50-54页 |
| 2.3.1 PdF方法的定量能力分析与PPI-DNA转码模型的简化 | 第50-52页 |
| 2.3.2 PdF检测信号与PPI强度的关系 | 第52-53页 |
| 2.3.3 蛋白质表达量对PdF定量检测结果的影响 | 第53-54页 |
| 2.4 PdF方法与其他细胞内PPI检测方法的比较 | 第54-64页 |
| 2.4.1 PdF方法与Y2H方法检测结果的比较 | 第54-57页 |
| 2.4.2 PdF方法与FRET方法检测结果的比较 | 第57-64页 |
| 2.5 小结 | 第64-65页 |
| 第三章 在体蛋白质相互作用组定量检测新方法的建立 | 第65-87页 |
| 3.1 蛋白质相互作用组足迹法的检测原理与方法设计 | 第65-70页 |
| 3.1.1 蛋白质相互作用组足迹法(PiF) | 第65-68页 |
| 3.1.2 基于分子信标的特异性DNA片段定量检测 | 第68-70页 |
| 3.2 多重正交PPI-DNA转码对的设计与筛选 | 第70-77页 |
| 3.2.1 特异性核心序列的设计与筛选 | 第71-73页 |
| 3.2.2 标签序列与间隔序列的设计与验证 | 第73-75页 |
| 3.2.3 分子信标序列的设计与验证 | 第75-77页 |
| 3.3 PiF方法的定量检测能力分析 | 第77-80页 |
| 3.3.1 BAD检测的定量分析 | 第77-79页 |
| 3.3.2 各分子信标在多重检测时对蛋白质二聚化的识别 | 第79-80页 |
| 3.4 利用PiF方法对同一细胞内多个PPI同时检测 | 第80-86页 |
| 3.4.1 对大肠杆菌细胞内多种趋化蛋白质组合进行同时检测 | 第80-82页 |
| 3.4.2 对大肠杆菌EnvZ/OmpR双组分系统中PPI的在体动态变化进行同时检测 | 第82-86页 |
| 3.5 小结 | 第86-87页 |
| 第四章 基于微流控芯片的蛋白质相互作用组足迹法 | 第87-99页 |
| 4.1 微液滴技术的优势与应用 | 第87-88页 |
| 4.2 微流控芯片的计算机仿真与设计 | 第88-90页 |
| 4.2.1 基于“流动聚焦”结构芯片的微液滴生成原理 | 第88页 |
| 4.2.2 微流控芯片微液滴生成的计算机仿真 | 第88-90页 |
| 4.3 基于微流控芯片的蛋白质相互作用组足迹法的检测原理与方法设计 | 第90-95页 |
| 4.3.1 微流控芯片的制作与检测平台的安装 | 第90-92页 |
| 4.3.2 基于微流控芯片的蛋白质相互作用组足迹法(mPiF) | 第92-95页 |
| 4.4 mPiF方法各分子信标在多重检测时对蛋白质二聚化的识别 | 第95-96页 |
| 4.5 利用mPiF方法对细胞中PPI强度分布进行同时检测 | 第96-98页 |
| 4.6 小结 | 第98-99页 |
| 第五章 大肠杆菌趋化蛋白复合体的蛋白质相互作用相关性网络研究 | 第99-109页 |
| 5.1 大肠杆菌趋化蛋白复合体的组成与功能 | 第99-100页 |
| 5.2 针对复杂网络的模块响应分析方法 | 第100-101页 |
| 5.3 蛋白质相互作用相关性网络的绘制 | 第101-104页 |
| 5.3.1 蛋白质突变的选择 | 第101页 |
| 5.3.2 利用模块响应分析法计算并绘制PPICN | 第101-104页 |
| 5.4 基于PPICN的大肠杆菌趋化蛋白复合体的组装动力学 | 第104-108页 |
| 5.4.1 系统描述与数学模型 | 第104-105页 |
| 5.4.2 趋化蛋白复合体中各类二聚体数量的变化 | 第105-108页 |
| 5.5 小结 | 第108-109页 |
| 第六章 大肠杆菌双组分系统的蛋白质相互作用相关性网络研究 | 第109-141页 |
| 6.1 大肠杆菌双组分系统的组成与功能 | 第109-110页 |
| 6.2 针对复杂网络的信息论研究方法 | 第110-111页 |
| 6.3 蛋白质相互作用相关性网络的绘制 | 第111-113页 |
| 6.3.1 同时检测双组分系统中各PPI强度的动态变化 | 第111-113页 |
| 6.3.2 利用信息论方法计算并绘制PPICN | 第113页 |
| 6.4 大肠杆菌双组分系统PPICN的物理意义 | 第113-117页 |
| 6.4.1 双组分系统信息传输速率 | 第113-115页 |
| 6.4.2 双组分系统信息传输的正确率 | 第115-117页 |
| 6.4.3 香农定理与双组分系统的信息传输 | 第117页 |
| 6.5 大肠杆菌双组分系统的频率响应 | 第117-135页 |
| 6.5.1 利用光遗传学检测双组分系统的频率响应曲线 | 第117-123页 |
| 6.5.2 双组分系统信号转导建模与频段带宽计算 | 第123-128页 |
| 6.5.3 双组分系统磷酸化动力学检测 | 第128-131页 |
| 6.5.4 基于双组分系统频率响应的大肠杆菌转录组 | 第131-135页 |
| 6.6 基于mPiF方法的大肠杆菌双组分系统内部噪声分析 | 第135-138页 |
| 6.7 双组分系统PPICN、频率响应以及内部噪声间的关系 | 第138-139页 |
| 6.8 小结 | 第139-141页 |
| 第七章 讨论与总结 | 第141-143页 |
| 7.1 PiF技术的未来发展及其应用前景 | 第141页 |
| 7.2 PPICN对生物复杂系统研究的意义及其应用前景 | 第141-143页 |
| 参考文献 | 第143-156页 |
| 致谢 | 第156-157页 |
| 在读期间发表的学术论文与取得的研究成果 | 第157页 |
