| 摘要 | 第7-8页 |
| Abstract | 第8页 |
| 英文缩略词 | 第13-14页 |
| 第一章 绪论 | 第14-30页 |
| 1.1 西瓜简介 | 第14页 |
| 1.2 植物sRNA | 第14-22页 |
| 1.2.1 植物中miRNA | 第15-18页 |
| 1.2.2 植物中phasiRNA | 第18-22页 |
| 1.3 miRNA相关数据库 | 第22-25页 |
| 1.4 新一代测序技术 | 第25-29页 |
| 1.4.1 Illumina测序技术 | 第26页 |
| 1.4.2 SmallRNA测序技术 | 第26-27页 |
| 1.4.3 降解组测序技术 | 第27-29页 |
| 1.5 本研究的目的和意义 | 第29-30页 |
| 第二章 数据与方法 | 第30-44页 |
| 2.1 数据来源 | 第30-31页 |
| 2.1.1 西瓜实验材料 | 第30页 |
| 2.1.2 西瓜总RNA提取 | 第30-31页 |
| 2.2 数据分析 | 第31-34页 |
| 2.2.1 西瓜sRNA测序数据预处理 | 第31-32页 |
| 2.2.2 小RNA测序文库和降解组测序文库分析概述 | 第32-33页 |
| 2.2.3 计算西瓜sRNA长度分布的方法 | 第33-34页 |
| 2.3 西瓜中miRNA分析方法 | 第34-40页 |
| 2.3.1 西瓜中conservedmiRNA识别方法 | 第34-35页 |
| 2.3.2 计算conservedmiRNA的表达丰度的方法 | 第35页 |
| 2.3.3 西瓜中conservedmiRNA差异性表达分析 | 第35-36页 |
| 2.3.4 西瓜中conservedmiRNA双向聚类分析 | 第36-38页 |
| 2.3.5 西瓜中conservedmiRNA主成分分析 | 第38-39页 |
| 2.3.6 西瓜中novelmiRNA预测方法 | 第39-40页 |
| 2.4 西瓜中靶基因预测方法 | 第40-41页 |
| 2.4.1 西瓜降解组数据分析方法 | 第40页 |
| 2.4.2 预测西瓜中conservedmiRNA靶基因的方法 | 第40-41页 |
| 2.5 西瓜中phasiRNA识别方法 | 第41-42页 |
| 2.5.1 西瓜中tasiRNA预测方法 | 第41-42页 |
| 2.5.2 西瓜中phasiRNA预测方法 | 第42页 |
| 2.6 本章小结 | 第42-44页 |
| 第三章 西瓜sRNA测序数据分析 | 第44-50页 |
| 3.1 西瓜sRNA高通量深度测序数据 | 第44-46页 |
| 3.2 西瓜14个样本在不同类型分子上的分布 | 第46-48页 |
| 3.3 西瓜sRNA样本长度分布 | 第48页 |
| 3.4 本章总结 | 第48-50页 |
| 第四章 西瓜miRNA识别与分析 | 第50-66页 |
| 4.1 西瓜中conservedmiRNA的识别 | 第50-51页 |
| 4.2 西瓜中conservedmiRNA差异性表达分析 | 第51-56页 |
| 4.3 西瓜中novelmiRNA的预测结果 | 第56-57页 |
| 4.4 西瓜降解组 | 第57-58页 |
| 4.4.1 数据质量评估 | 第57-58页 |
| 4.4.2 西瓜降解组reads数及长度分布 | 第58页 |
| 4.5 西瓜中conservedmiRNA靶基因预测结果 | 第58-63页 |
| 4.6 西瓜中novelmiRNA靶基因预测结果 | 第63-65页 |
| 4.7 本章小结 | 第65-66页 |
| 第五章 西瓜phasiRNA的识别和分析 | 第66-75页 |
| 5.1 西瓜中TAS3预测结果 | 第66-68页 |
| 5.2 西瓜中phasiRNA预测结果 | 第68-73页 |
| 5.3 西瓜中phasiRNA靶基因预测结果 | 第73-74页 |
| 5.4 本章小结 | 第74-75页 |
| 第六章 结论 | 第75-76页 |
| 致谢 | 第76-77页 |
| 参考文献 | 第77-81页 |
| 附录A 攻读学位期间发表论文目录 | 第81-82页 |
| 附录 | 第82-102页 |
