| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 第一章 绪论 | 第12-23页 |
| 1.1 黑曲霉概述 | 第12-14页 |
| 1.1.1 黑曲霉简介 | 第12页 |
| 1.1.2 黑曲霉工业运用简述 | 第12-14页 |
| 1.2 高通量测序及其在组学中的运用 | 第14-17页 |
| 1.2.1 高通量测序技术原理 | 第14-15页 |
| 1.2.2 高通量测序的优势 | 第15页 |
| 1.2.3 高通量测序在基因组中的应用 | 第15-16页 |
| 1.2.4 高通量测序在转录组中运用 | 第16-17页 |
| 1.3 黑曲霉研究现状 | 第17-21页 |
| 1.3.1 黑曲霉工业研究现状 | 第17页 |
| 1.3.2 黑曲霉基因组学研究现状 | 第17-20页 |
| 1.3.3 黑曲霉转录组学研究现状 | 第20-21页 |
| 1.4 本课题研究目的及内容 | 第21-23页 |
| 1.4.1 选题背景及研究目标 | 第21-22页 |
| 1.4.2 研究主要内容 | 第22-23页 |
| 第二章 材料与方法 | 第23-41页 |
| 2.1 实验设备和材料 | 第23-27页 |
| 2.1.1 主要实验仪器和设备 | 第23页 |
| 2.1.2 主要实验试剂 | 第23-24页 |
| 2.1.3 实验培养基配方 | 第24-25页 |
| 2.1.4 主要生物信息软件 | 第25-26页 |
| 2.1.5 菌种材料 | 第26页 |
| 2.1.6 参考基因组数据 | 第26-27页 |
| 2.2 实验方法 | 第27-41页 |
| 2.2.1 黑曲霉AS3.350 菌株的培养 | 第27页 |
| 2.2.2 基因组DNA的提取和测序 | 第27-28页 |
| 2.2.3 全基因组序列的组装 | 第28-29页 |
| 2.2.4 基因预测 | 第29-30页 |
| 2.2.5 基因功能注释 | 第30页 |
| 2.2.6 同线性区域分析 | 第30-31页 |
| 2.2.7 SNP以及Indel分析 | 第31页 |
| 2.2.8 基因组大片段结构变异分析 | 第31-34页 |
| 2.2.9 缺失片段PCR验证 | 第34页 |
| 2.2.10 分泌蛋白分析 | 第34-35页 |
| 2.2.11 转录组RNA提取和测序 | 第35-38页 |
| 2.2.12 转录本表达量分析 | 第38-41页 |
| 第三章 结果与讨论 | 第41-73页 |
| 3.1 黑曲霉AS3.350 基因组分析研究 | 第41-62页 |
| 3.1.1 菌株培养和DNA的提取 | 第41-42页 |
| 3.1.2 全基因组序列组装 | 第42-44页 |
| 3.1.3 基因预测与功能注释 | 第44-47页 |
| 3.1.4 同线性结果分析 | 第47-50页 |
| 3.1.5 大片段结构变异研究 | 第50-55页 |
| 3.1.6 缺失片段的PCR验证 | 第55-57页 |
| 3.1.7 SNP及Indel分析 | 第57-61页 |
| 3.1.8 分泌蛋白预测分析 | 第61页 |
| 3.1.9 小结 | 第61-62页 |
| 3.2 黑曲霉AS3.350 转录组分析研究 | 第62-73页 |
| 3.2.1 RNA提取和电泳检测 | 第62-63页 |
| 3.2.2 RNA-seq测序reads比对情况分析 | 第63-64页 |
| 3.2.3 黑曲霉AS3.350 在大豆培养基中转录表达分析 | 第64-67页 |
| 3.2.4 黑曲霉AS3.350 在麸皮培养基中转录表达分析 | 第67-70页 |
| 3.2.5 分泌蛋白在转录组中表达水平 | 第70-71页 |
| 3.2.6 小结 | 第71-73页 |
| 结论和展望 | 第73-76页 |
| 结论 | 第73-74页 |
| 本论文创新之处 | 第74-75页 |
| 展望 | 第75-76页 |
| 参考文献 | 第76-80页 |
| 附录 | 第80-89页 |
| 附录1 KOG分类明细 | 第80-82页 |
| 附录2 缺失基因功能列表 | 第82-89页 |
| 攻读硕士学位期间取得的研究成果 | 第89-90页 |
| 致谢 | 第90-91页 |
| 附件 | 第91页 |
